Т.е. есть много письменных языков, на которых нет литературы, а есть только всякие хозяйственные бумажки. А есть ли в этих языках орфографический канон, или все равно, писать "корова" или "карова"?
Наверное, норма, а не канон (канон - это некий набор текстов).
Для языков, обзаведшихся письменностью недавно (младописьменных), принято "писать так, как говорится и слышится".
Если у языка не возникло литературной традиции, или она мало известна в народе, то такая же практика может продолжаться столетиями, отражая изменения в языке. (Так, например, менялась орфография французского языка в Средние века, вместе с изменениями самого языка. Да и других европейских: литературная традиция была сосредоточена в латыни.)
Как я понимаю, чтобы заработали другие принципы орфографии: исторический и морфологический - носители языка должны много читать. Историческая орфография нужна, чтобы читать и писать так же, как в хорошо известных старых книгах. Морфологическая орфография - хм-м-м, вот тут я призадумался. Надо ещё подумать.
Так что, эти принципы работают уже при наличии литературной традиции.
----------------
Кроме того, есть такой важный фактор, что в языке обычно есть много диалектов, довольно сильно отклоняющихся от варианта, "назначенного быть нормой". В Вологодской области говорят "корова", а в Московской - "карова". Можно допускать разные варианты написания, и это не будет мешать взаимопониманию до какого-то предела (а в пределах одной области - и совсем не будет мешать). А можно загонять всё в более жёсткие рамки. Обычно наличие таких рамок связано всё-таки с государственным регулированием документооборота и образования.
Какому-нибудь полевому лингвисту, напротив, выгоднее всё записать как можно ближе к тому, как говорят носители конкретного диалекта.