Цилиндр только путается под ногами, выбросьте его пока
Так в этом был весь вопрос - почему несвязанные точки двигаются по другому, чем связанные.
Вот в носу (или в передней ракете) стоит двигатель и в корме (задней ракете) стоит двигатель, тяга (сила) их одинаковая. Масса носа и кормы одинаковые, следовательно ускорения - одинаковые, если нет связи.
Что тогда привносит связь между носом и кормой? Если нет связи - расстояние постоянное, а если есть связь (веревка) , то она "подтормаживает переднюю ракету, и подгоняет заднюю"
Значит в веревке возникает напряжение. Заменим веревку пружиной. Пружина будет растягиваться, чтобы подтормаживать переднюю ракету, и подгонять заднюю.
Если жесткость пружины равна 0, то она будет без усилий растягиваться и не будет подтормаживать, то есть связи вообще нет. А если жесткость конечная, то пружина растянется на некоторую величину. После окончания ускорения пружина сократится и подтянет тела на исходное расстояние.