Т.е. этот вирус это одна молекула?

Да вроде никакой вирус не одна молекула. Там как минимум носитель информации и что-то, образующее капсид (белки всякие и что там ещё бывает). Если от одного атома этой громадины и можно будет достичь любого другого по достаточно сильным химическим связям, то это всё же немного скажет само по себе, потому что стоит этому попасть в клетку как оно будет себя вести хитро.
Или например ДНК в ядре эукариотов. Принято выделять молекулы нуклеиновой кислоты, но они часто химически связаны с разными белками — а что уж говорить про репликацию… И потому высказывания типа «<какая-то громадная хитрая биохимическая штука> — [не] одна молекула» на самом деле практически неинформативны и не стоят удивления и особого внимания. Специальные вопросы будут иметь и более конкретные ответы, или в каких-то контекстах, когда договорились о терминологии как следует, будет куда больше смысла разделить эти две возможности, но не в быту.