amon, конечно, Вы правы: для каждой задачи надо выбирать соответствующее ей описание, и если рассматривается газ, то выбор

хорош.
Просто я попытался понять, как придать смысл вопросу топикстартера о нахождении "распределения вероятности для координат протона

в атоме водорода", и заодно о "распределении вероятности для координат электрона

в атоме водорода". Похоже, все, кто в этой теме откликнулись, сразу или позже, всё сразу же и поняли; и дали хорошие ответы.
Ну а я, поскольку плохо и с большим тау запаздывания соображаю "в уме", то люблю, когда высказанные устно простые ответы всё-таки лежат перед глазами в форме явных вычислений, и прошу позволить мне дописать их:
Распределение вероятности для координат протона

даётся диагональной частью матрицы плотности

протона (пусть протон у нас - частица "2", а электрон - частица "1"):

где

Аналогично, распределение вероятности для координат электрона

есть

Если мы выберем волновую функцию центра масс

в виде плоской волны, то получим

и оба интеграла дают:

Такой результат заранее ясен: если центр масс атома равновероятно обнаруживается в любом месте заданного нормировочного объёма, то тогда, конечно же, и входящие в состав атома протон и электрон обнаруживаются равновероятно в любом месте. Для описания газа атомов это годится, но это, видимо, не та задача, в которой хотел разобраться ТС.
Поэтому выберем

в виде покоящегося волнового пакета. И если считать не хочется, некогда, или не получается, то предположим, что

Тогда (за нормировкой не слежу):

Ну, и поскольку радиальная часть в

зависит от

с боровским радиусом

с приведённой массой, то получается, что в этом приближении "облака вероятности"

и

устроены одинаково, с той только разницей, что

зависит от

с "протонным боровским радиусом", а

зависит от

с "электронным боровским радиусом".
Присоединяюсь к предложению уважаемого
amon о том, чтобы ТС привёл свои выкладки и пояснил своё текущее отношение к вопросам этой своей темы.