amon, конечно, Вы правы: для каждой задачи надо выбирать соответствующее ей описание, и если рассматривается газ, то выбор 

 хорош.
Просто я попытался понять, как придать смысл вопросу топикстартера о нахождении "распределения вероятности для координат протона  

 в атоме водорода", и заодно о "распределении вероятности для координат электрона 

 в атоме водорода". Похоже, все, кто в этой теме откликнулись, сразу или позже, всё сразу же и поняли; и дали хорошие ответы.
Ну а я, поскольку плохо и с большим тау запаздывания соображаю "в уме", то люблю, когда высказанные устно простые ответы всё-таки  лежат перед глазами в форме явных вычислений, и прошу позволить мне дописать их: 
Распределение вероятности для координат протона  

 даётся диагональной частью матрицы плотности 

 протона (пусть протон у нас - частица "2", а электрон - частица "1"):

где 

Аналогично, распределение вероятности для координат электрона  

 есть

Если мы выберем волновую функцию центра масс 

 в виде плоской волны, то получим 

 и оба интеграла дают: 

Такой результат заранее ясен: если центр масс атома равновероятно обнаруживается в любом месте заданного нормировочного объёма, то тогда, конечно же, и входящие в состав атома протон и электрон обнаруживаются равновероятно в любом месте. Для описания газа атомов это годится, но это, видимо, не та задача, в которой хотел разобраться ТС.
Поэтому выберем 

 в виде покоящегося волнового пакета. И если считать не хочется, некогда, или не получается, то предположим, что 

Тогда (за нормировкой не слежу):

Ну, и поскольку радиальная часть в 

 зависит от 

 с боровским радиусом 

 с приведённой массой, то получается, что в этом приближении "облака вероятности" 

 и 

 устроены одинаково, с той только разницей, что 

 зависит от 

 с "протонным боровским радиусом", а 

 зависит от 

 с "электронным боровским радиусом".
Присоединяюсь к предложению уважаемого 
amon о том, чтобы ТС привёл свои выкладки и пояснил своё текущее отношение к вопросам этой своей темы.