Т.е. опять все сводится к тому, большинство наблюдаемых - это абстракция, которую нам удобно вводить в теорию, но теория продолжает описывать вселенную исчерпывающе и без них (хотя и не так удобно).
Большинство наблюдаемых в физике -- это насущная необходимость, т.к. (здравствуй, КО) 
в экспериментах наблюдаются именно наблюдаемые, а не абстрактные вектора состояний. 
Большинство, но не все: с энергией не так все просто (а что это значит, видимо какой-то устоявшейся интерпретации нет).
Не с энергией, а с гамильтонианом, и с ним всё очень просто: через него собственно и записывается эволюция системы (векторов состояний или матриц плотности), например, в виде уравнения Шрёдингера, уравнений Гейзенберга (кст., тут оказываются нужны, например, именно координаты и импульсы), или уравнения Фон Неймана. 
На самом деле, в физическом смысле 
 "Единственная наблюдаемая, вещественность (эрмитовость) которой для нас принципиально важна, — гамильтониан."
чересчур сильное утверждение, т.к. стандартный способ построения гамильтониана физической системы (классический лагранжиан 

 классический гамильтониан 

 квантовый гамильтониан через замену наблюдаемых на их операторы) требует именно что операторов физических величин.
С помощью оператора-изоморфизма. Разве он как-то связан с оператором наблюдаемой?
На таком уровне рассуждений можете считать, что 
все (хорошие) 
операторы -- это или операторы наблюдаемых, или операторы эволюции, или тупо сами состояния системы. То, как, что и почему в конкретном случае -- это уже вопрос конкретного случая.
Собственно, применимо к Вашему начальному сообщению:
В книгах пишут, что 

 не есть осмысленное состояние.
Да, это не (всегда) осмысленное состояние, но всё из 

 и 

 мы можем вычислить какие результаты эксперимента возможны (
по правилу Борна). Для этого нужно найти собственные вектора/значения 

: 

 получая разрешённые значения наблюдаемой 

, а потом разложить это неосмысленное состояние по индивидуальным исходам 

, и при измерении нам вывалится результат наблюдения 

 с вероятностью 

. Собственно, это именно то, что необходимо для сопоставления теоретических вычислений и экспериментальных измерений.
Вот именно так "оператор-изоморфизма", как Вы выразились, и связан с наблюдаемыми. 
