Общепринятая позиция --- что естественное преобразование всегда считается данным вместе со своими началом и концом. 
У преобразования 

 из примера начало --- это 

, а конец 

. Естественное преобразование --- это не просто коллекция стрелок 

. В принципе, может быть, что 

 --- четыре функтора, причем 

, 

 для каждого объекта 

, а 

 --- некоторая коллекция морфизмов в 

, причем являющаяся естественным преобразованием как между 

 и 

, так и между 

 и 

. Почему бы и нет? Правда, мне этакие примеры никогда не встречались. Короче, вполне аналогично тому, что отображения 

 и 

, переводящие каждый элемент в нуль --- это таки разные функции.