Экспериментальные доказательства эволюции

[Munin]

В общем, "чрезвычайно спекулятивная" - это уже убийственная критика. Для тех, кто знает, это как матом.

[Veter]

Munin в сообщении #772270 писал(а):

В общем, "чрезвычайно спекулятивная" - это уже убийственная критика. Для тех, кто знает, это как матом.

Это критика другого порядка (не в плане ложность\истинность\бредовость\небредовость)
В любом случае это значения не имеет, поскольку говоря в одном предложении о возникновении жизни и квантовых эффектах я имел ввиду совсем другое нежели туннельные эффекты или квантовый перебор вариантов.

Если кратко, то... "Мы немедленно поймем насколько Вселенная проста, когда признаем насколько она странна.
Джон Арчибальд Уилер
"It from Bit or Bit from It?"
Это совершенно иной подход к пониманию устройства мира и некоторые интерпретации квантово-механических эффектов играют в этом понимании важную роль.

[Munin]

Veter в сообщении #772306 писал(а):

Это критика другого порядка (не в плане ложность\истинность\бредовость\небредовость)

Нет, я же сказал, для тех, кто знает - того же.

Veter в сообщении #772306 писал(а):

В любом случае это значения не имеет, поскольку говоря в одном предложении о возникновении жизни и квантовых эффектах я имел ввиду совсем другое нежели туннельные эффекты или квантовый перебор вариантов.

Ну и отлично. Тогда следует сказать, что именно.

Veter в сообщении #772306 писал(а):

Если кратко, то... "Мы немедленно поймем насколько Вселенная проста, когда признаем насколько она странна.
Джон Арчибальд Уилер
"It from Bit or Bit from It?"
Это совершенно иной подход к пониманию устройства мира и некоторые интерпретации квантово-механических эффектов играют в этом понимании важную роль.

Это, увы, ни о чём.

[Inari]

Veter в сообщении #772134 писал(а):

Прекрасная логика.
Про гипотезу самозарождения мышей в грязном белье читали? 1в 1 логика с вашей.
Если вчера мышей не было а вот сегодня появились, значит они самозародились. Но опровергли эту гипотезу, поскольку данная гипотеза допускала эксперимент, который мог опровергнуть эту гипотезу.
Только с абиогенезом такое опровержение не прокатит, ведь всегда можно сказать, что не все химические реакции проведены и не все условия опробованы. Правда?

Не корректное сравнение. Мы сейчас обсуждаем самозарождение жизни в замкнутой системе, каковой является Вселенная (по крайней мере до сих пор неизвестны случаи, чтобы кто-то извне ссыпал к нам всякую дрянь), а корыто с грязным бельем никак не ограждено от нашествия мышей.
Не передергивайте и не подменяйте замкнутую систему открытой и тогда никаких сомнений в логичности данного предположения у вас не возникнет.

-- Ср окт 09, 2013 15:09:55 --

Veter в сообщении #772217 писал(а):

Ссылку на академика Спирина уже давал, не поленюсь дать еще раз. Очевидно Спирин, директор института белка много лет занимавшийся рнк-миром тоже не разбирается во всех названных областях

Во-первых, вы как-то странно читаете все статьи. Ну не является Спирин ярым противником самозарождения. К тому же вы ссылаетесь на работу 2007г. Учитывая, что наиболее значимые открытия произошли позже, статья не может считаться серьезным аргументом.

[Veter]

Насколько я помню, то в указанной статье Спирин обосновывает невозможность не только возникновения, но и существования мира рнк ввиду парадоксов (водного и конформационного). Ничего существенного в открытиях нет и никак не опровергли указанные парадоксы.

[Inari]

Veter в сообщении #772080 писал(а):

Я критикую неверные представления о современном положении в абиогенезе (несколько белых пятен, а так все уже почти понятно).

Наверное это потому, что вы несколько утрировали мои хотя и оптимистические, но отнюдь не шапкозакидательские высказывания. Не забывайте, что мне приходилось оппонировать мнению,что , якобы, теория самозарождения не имеет никаких серьезных доказательств и откровенно буксует. И я доказываю, что не застряли на уровне теоретических рассуждений, а целенаправленно и неотвратимо открывают одну реакцию за другой.
Ситуация с абиогенезом повторяет ситуацию с ТЭ. Дарвину удалось увидеть общую картинку, что живые организмы развивались от простых к сложным, имея буквально несколько паззлов. Далее наука только и делала, что добавляла новые паззлы, при этом не обнаруживала ни единого примера, который бы не вписывался в общую картину и опровергал бы ТЭ. И теперь только слепцы не желают видеть насколько уже собрана картинка.
Так же и в абиогенезе паззл за паззлом укладываются в некую схему. Наверное не все еще могут угадать что на картинке, но кто-то уже видит.

-- Ср окт 09, 2013 15:37:40 --

Veter в сообщении #772985 писал(а):

Насколько я помню, то в указанной статье Спирин обосновывает невозможность не только возникновения, но и существования мира рнк ввиду парадоксов (водного и конформационного).

Посмотрите более поздние его работы, там он предлагает как обойти эти парадоксы. Пленка из органики на глиняной поверхности.

[Veter]

Смотрел.
http://www.grostock.ru/f/i/lib/articles/ru/mir_rnk.doc

Цитата:

Конечно, вполне вероятной альтернативой этому сценарию может быть космическое происхождение жизни на Земле: примитивные клеточные формы жизни – скорее всего бактерии и/или археи – были занесены на Землю из ближнего или далекого космоса, возможно, как раз в период интенсивной метеоритной бомбардировки между 4,6 и 4 млрд лет назад, а в дальнейшем на Земле происходила лишь их эволюция в высокоразвитые многоклеточные организмы. В последнее время именно эта точка зрения приобретает все больше сторонников, так как само возникновение и существование безбелкового мира РНК на первобытной Земле сталкивается со многими, не разрешимыми пока, проблемами (Спирин, 2007). Тем не менее, это не снимает принципиального вопроса о возникновении клеточной формы жизни из мира РНК, а лишь переносит его на другие космические объекты.

То есть он мнения своего не изменил.

[Veter]

Чтобы было понятно о каких неразрешимых проблемах и на каком этапе говорит Спирин можно привести этапы предполагаемого абиогенного зарождения жизни через мир рнк:

1. Синтез и накопление простейшей органики и неорганики до приемлемых концентраций из которых могут образовываться биомономеры.

2. Накопление до приемлемых концентраций биомономеров. Этап включает появление азотистых оснований, D-(дезокси)рибозы, нуклеозидов,нуклеотидов, L-аминокислот

3. Появление первого репликатора (мир рнк)

4. Необходимое появление у первого репликатора системы репарации (без нее любая рнк живет недолго. несколько суток, а дальше кодирующая матрица превращается в шум)

5. Накопление энергетических молекул макроэргов типа АТФ

6. Накопление липидов и полупроницаемых мембран

7. Накопление биополимеров (проблема в том что в воде не идет синтез)
а) белков
б) нуклеиновых кислот

8. Переход от первых репликаторов на основе рнк к белковым репликаторам (как это возможно не предложил никто, Спирин называет это сказкой, Марков пишет что просто возникло и баста)

9. Появление генетического кода на основе ДНК (как это происходило тоже никто не может предположить, Марков пишет что просто возникло...).

10. Появление у репликатора механизма синтеза внешней мембраны (гадания на кофейной гуще)

11. Объединение всего что выше в структуру с внешней мембраной и зашивкой кода синтеза мембраны в днк (теоретически и экспериментально полный 0)

12. Переход от гетеротрофов к аутотрофам.

Синим цветом что то получается экспериментально (при искусственной концентрации и очистке от побочного мусора и ненужных стереоизомеров)
Красным-ничего не получается на практике и в половине случаев даже в теории.

Общие проблемы химии абиогенеза:
1. Сдвиг всех реакций в обратную сторону - в воде идет распад белков и НК, а не их синтез;, б-во реакций - эндотермические, да еще часто с dH>0, -TdS>0
В результате имееncz низкий выход реакции, ненормально высокие концентрации субстратов дают ненормально низкие концентрации продуктов.

2. Мусорные реакции, например, образование смеси нужных и ненужных стереоизомеров, или появление веществ, которые конкурируют или блокируют нужные реакции.

3. Эффект разведения, диффузии: реакции могут идти кое-как в запаянной колбе, но на открытом воздухе или воде - продукты реакции диффундируют во все стороны. В результате и так низкий выход реакций дополняется еще бjльшим уменьшением концентраций (до нуля).

4. Нестабильность (из-за УФ, ИК, итд.) большинства биомономеров и биополимеров (от минут-часов-дней, до столетий, что все равно мгновение по меркам эволюции, так что никакого "накопления" не происходит). В особенности - быстрое окисление, так что атмосферный кислород, следы которого должны появляться сразу же (УФ-фотолиз воды), убивает значительную часть органики.

На любой стадии до появления мембраны которая отграничивает благоприятную среду от внешних факторов идёт постоянное разрушение органики а не её синтез и накопление.
именно поэтому многие специалисты приходят к выводу, что клетка является минимально возможным кирпичиком живого. Как автономный завод по производству таких же заводов в котором убери любой элемент и ничего не получится а распадётся за годы, столетия.
Я уже приводил аналогию с болтами и мерседесом. Успехи которые на сегодня достигнуты это получены болты и их самопроизвольное накручивание друг на друга в деле доказывания самозарождения мерседеса последней модели.

[Munin]

Veter в сообщении #773305 писал(а):

Чтобы было понятно о каких неразрешимых проблемах и на каком этапе говорит Спирин можно привести этапы предполагаемого абиогенного зарождения жизни через мир рнк

Вот только в этом списке номера могут стоять в другом порядке. И внезапно появляются возможности вполне логичного их протекания в этом другом порядке.

Например:

Veter в сообщении #773305 писал(а):

4. Необходимое появление у первого репликатора системы репарации (без нее любая рнк живет недолго. несколько суток, а дальше кодирующая матрица превращается в шум)


Может быть весьма поздним нововведением. Для этого достаточно, чтобы темпы размножения первых РНК были по порядку величины меньше суток, часы и минуты - тогда просто ошибки не успевают накопиться против процесса создания копий. (Некоторые копии, разумеется, получают ошибки, но их меньшинство по сравнению с общим числом потомков, и они просто отсеиваются, как проигравшие борьбу за выживание.)


Veter в сообщении #773305 писал(а):

6. Накопление липидов и полупроницаемых мембран
10. Появление у репликатора механизма синтеза внешней мембраны (гадания на кофейной гуще)
11. Объединение всего что выше в структуру с внешней мембраной и зашивкой кода синтеза мембраны в днк (теоретически и экспериментально полный 0)


Могло происходить одновременно или в другом порядке (достаточно появиться механизму синтеза мембраны, и он автоматически насинтезирует много мембран, достаточно для любых применений).

Многие пункты "Накопление" могут происходить как просто побочный результат жизнедеятельности мира РНК.

Впрочем, я гляжу, вы по всем проблемам не желаете принимать во внимание идеи по их разрешению.

[Veter]

Munin в сообщении #773402 писал(а):

Впрочем, я гляжу, вы по всем проблемам не желаете принимать во внимание идеи по их разрешению.

Идеи есть. результатов нет. Все предложенные идеи не работают.
Если с чем то не согласны (красноты) исправлюсь, если что.

Касаемо порядка стадий, то не принципиально.

По "Накоплениям" - это концентрация необходимая для того чтобы пошла реакция. При этом органика все время распадается. То есть для химии абиогенеза характерно что не успев сконценрироваться уже распалось на составные части. Тут интересный момент-время работает против абиогенеза, а сторонники абиогенеза любят многомиллионнолетний аргумент.
Сазерленд кстати брал чистые исходники в нужной концентрации, а не проводил то что называется получение требуемых нуклеотидов с нулевого цикла. И в промежуточных реакциях тоже очищал искусственно резко меняя условия и концентрировал. Причём условия зачастую были противоположными.

[Inari]

Veter в сообщении #773305 писал(а):

L-аминокислот

проблема решена

Veter в сообщении #773305 писал(а):

Появление первого репликатора (мир рнк)

частично решена.
Учитываем, что технологии, позволяющие работать с рибозимами появились считанные годы назад, но успехи в этом направлении просто потрясающие.

Все остальное скорее имеет отношение к биологической эволюции, а не к абиогенезу, и является лишь методами совершенствования первых живых (полуживых ?) образований.

-- Чт окт 10, 2013 15:47:57 --

Veter в сообщении #773305 писал(а):

12. Переход от гетеротрофов к аутотрофам.

Наоборот. И что тут сложного? Вместо куска органики или неорганического корма, какая-то крупная бактерия смогла проглотить мелкую, вот вам и превращение аутотрофа в хиЧного гетеротрофа.

-- Чт окт 10, 2013 15:55:45 --

Veter в сообщении #773305 писал(а):

На любой стадии до появления мембраны которая отграничивает благоприятную среду от внешних факторов идёт постоянное разрушение органики а не её синтез и накопление.
именно поэтому многие специалисты приходят к выводу, что клетка является минимально возможным кирпичиком живого.

Речь видимо идет о специалистах, не имеющих представления что в неравновесных системах, то есть в системах, через которые непррывно протекает поток энергии возможно спонтанное повышение структурной сложности системы и её упорядоченности. Неравновесная термодинамика все же один из наиболее сложных разделов физики, а вопросами возникновения жизни часто пытаются заниматься люди с биологическим образованием. Видимо им не хватает знаний.

[Toucan]

Veter в сообщении #773305 писал(а):

3. Появление первого репликатора (мир рнк)

Veter, замечание за использование красного цветовыделения.

Forum Administration в Правилах форума писал(а):

Не разрешается использование красного выделения, зарезервированного для обозначения модераторами предупреждений, замечаний и наказаний

Цветовыделение удалено.

[Munin]

Veter в сообщении #773420 писал(а):

Идеи есть. результатов нет.

Это нормальный промежуточный результат для любой науки, в которой идут исследования. Особенно если исследования в самом начале пути.

Veter в сообщении #773420 писал(а):

Все предложенные идеи не работают.

А вот передёргивать не надо.

Veter в сообщении #773420 писал(а):

Касаемо порядка стадий, то не принципиально.

Принципиально, если может на много порядков повысить реалистичность сценария.

Veter в сообщении #773420 писал(а):

По "Накоплениям" - это концентрация необходимая для того чтобы пошла реакция.

Да я в курсе.

Veter в сообщении #773420 писал(а):

При этом органика все время распадается.

Ах какая она бяка-закаляка. А с какой скоростью? А сравнить это со скоростью синтеза? Купите селёдку, и ей морочьте голову.

Inari в сообщении #773443 писал(а):

Наоборот. И что тут сложного? Вместо куска органики или неорганического корма, какая-то крупная бактерия смогла проглотить мелкую, вот вам и превращение аутотрофа в хиЧного гетеротрофа.

Извините, бактерия, которая умеет питаться органикой - уже гетеротроф.

[Veter]

Inari в сообщении #773443 писал(а):

Речь видимо идет о специалистах, не имеющих представления что в неравновесных системах, то есть в системах, через которые непррывно протекает поток энергии возможно спонтанное повышение структурной сложности системы и её упорядоченности. Неравновесная термодинамика все же один из наиболее сложных разделов физики, а вопросами возникновения жизни часто пытаются заниматься люди с биологическим образованием. Видимо им не хватает знаний.

Вы про уборку квартиры огнемётом? Тогда да, знаний действительно не хватает.

-- Чт окт 10, 2013 18:52:57 --

Inari в сообщении #773443 писал(а):

частично решена.
Учитываем, что технологии, позволяющие работать с рибозимами появились считанные годы назад, но успехи в этом направлении просто потрясающие. .

частично в данном случае это рибозим который умеет делать копии короче себя в 2 раза с точностью 99,12% и которому нужен праймер и который сам распадается за 1-5 часов в щелочной среде а в других средах быстрее. То есть непонятно как появился но появившись умрет в считанные часы с потомками уродами не способными вообще ни к какой репликации.

У рнк-репликаторов есть нерешаемые проблемы о чем и говорил Спирин и который ставил существование мира-рнк под сомнение. Они не способны к копированию самих себя с одновременной хорошей способностью к саморазложению.

-- Чт окт 10, 2013 18:59:31 --

Inari в сообщении #773443 писал(а):

Все остальное скорее имеет отношение к биологической эволюции, а не к абиогенезу, и является лишь методами совершенствования первых живых (полуживых ?) образований..

Современные вирусы не считаются живыми.
Так что вы не правы.
Да собственно это не важно поскольку проблема от смены названия никуда не денется. Но если почитать Маркова, то действительно проблем нет. У него палочки выручалочки это мутации+миллион лет.

-- Чт окт 10, 2013 19:02:20 --

Inari в сообщении #773443 писал(а):

проблема решена

ссылку дадите?

[Veter]

Inari в сообщении #773443 писал(а):

Veter в сообщении #773305 писал(а):

12. Переход от гетеротрофов к аутотрофам.

Наоборот. И что тут сложного? Вместо куска органики или неорганического корма, какая-то крупная бактерия смогла проглотить мелкую, вот вам и превращение аутотрофа в хиЧного гетеротрофа.

нет не наоборот. вспоминаем чем питались первые репликаторы.
Абиогенез в изложенной последовательности подразумевает возникновение вначале гетеротрофа, то есть системы которая питается органикой и только потом она перестраивается на питание исходной неорганикой (соли, вода, солнечный свет)и учится строить органику внутри себя из неорганики.
Аутотрофы сложнее чем гетеротрофы.