Я думал наоборот, есть система координат, на ней вводятся вектора и пр.
Если у вас есть геометрические аксиомы, например, Гильберта, в которых векторы не упоминаются, то векторы (фиксированные) можно определить через упорядоченные пары точек

. Свободные будут фактор-множеством по отношению эквивалентности

(вроде так). Базисы и системы координат вводятся потом.
Если начинать с аксиом линейного пространства, векторы уже есть, но базисы и системы координат всё равно вводятся после.
Задание координат концов это неупорядоченная двойка вроде, в отличие от порядка задания координат.
Нет, упорядоченная. Неупорядоченная у фиксированных ээ… отрезков. Хотя, нефиксированные отрезки пока мне не встречались.

Раз упорядоченная, получается

, если точки разные. (На свободные это переносится тоже.) Потом можно показать, что

— это трактуется как то, что у них противоположные направления.
Беда в классической (или как она зовётся?) геометрии в том, что одно и то же может называть разные вещи: отрезок — это только концы или множество точек прямой через них, находящихся между? угол — это лучи или ещё и какая-то из двух частей плоскости? треугольник — это вершины, вершины с рёбрами или ещё и внутренность? Обычно из контекста ясно, что имеется в виду, но…
А как доказать существование квадрата?
Существованием четырёх различных точек, существованием четырёх отрезков между ними, равенством их длин, прямостью соответствующих углов. Думаю, это очень нудно и много расписывать. Такое доказательство для квадрата с любой положительной стороной должно быть, да и для вырожденного квадрата

тоже — там только доказать существование одной точки

.