Довольно интересно, то есть "дно" здесь уподобляется таким словам, обозначающим субстанции, как "вода", "перо", и т. п. Но при этом дно - не субстанция, а геометрическая часть моря, реки... Какие ещё слова, для начала геометрические, могут уподобляться субстанциям? Не могу ничего придумать, кроме как "поверхность", "внешняя часть", "внутренность". "Сторона" уже не подходит, "фасад" тоже, "лицо" - только в выражении "в лицо", "тыл"... может быть.
Дно - это вряд ли субстанция. Субстанция - это больше вещество, материя. А дно - это скорее поверхность, двумерная граница... Но граница всеобъемлющая, универсальная. Дно - это место, глубже которого не утонешь. Дно - это поверхность, на которую ляжет всё спускающееся сверху. Дно - это некий базис, фундамент, опора - нулевая метка. Так что дно - скорее всего не химия (субстанция), а математика (ориентир или контрольная точка)...