проблема эволюции

[Vladimirkox]

Цитата:

Мне казалось, что чем сложнее фермент, тем он, как катализатор, специфичнее. Это не так?

По ферментам есть неплохая база данных BRENDA, она упомянута в "Биологических и медицинских ресурсах интернета" БиМ. Что-либо конкретно утверждать - не берусь, но ситуация, на мой взляд, такая:
Ферментативный центр, от которого зависит специфичность конкретной реакции, занимает относительно небольшую площадь, на поверхности белковой глобулы. В ядре белковой глобулы, можно делать - что угодно, даже придавать белку искусственно созданную специфическую флюоресценцию ( возможно, зависимую от конформации), лишь бы - не менять поверхность глобулы.. Другие участки поверхности глобулы, частично перекрываясь, - несут другую функциональную нагрузку, т.е. - связывают аллостерические регуляторы, экспрессируют антигенные детерминанты; за счет белок-белковых взаимодействий обеспечивают самосборку мультиферментных комплексов, определяют компартаменизацию фермента; а кроме того на поверхности глобулы может образоваться ранее не свойственный ферментативный центр(пусть по началу не эффективный), и эволюция начнет работу по оптимизации работы Нью-ФЦ, буде о том запрос со стороны ЕО.
А - сложность, надо бы по-строже определить.... Не - понятно, толи речь о кол-ве а-к, толи - о кол-ве субъединиц, толи - о гетерогенности субъединиц и кофакторе...
Оно понятно , чем - сложней, тем - прогрессивней, но, к примеру, я ж - не всеми наворотами мобильника пользуюсь, не - к чему ПОТОМУ ЧТО (это - про фрактальность биоматерии).

[Munin]

Понятно, я всего этого не знал, думал, всё только ради ФЦ работает.

[myhand]

Munin в сообщении #377034 писал(а):

Я опираюсь на определение реакции из некоего учебника оргхимии, читанного ещё в студенческие годы, где внимание акцентировалось на элементарном акте возникновения, разрыва или перегруппировки связей.

Ну, понятно - сказали бы "связи" и недоумения не возникло бы. Что касается "кусков", которые я упоминал выше - это в Вашей картинке A, B, C, D. Речь, конечно, шла прежде всего о энергиях, характерных именно для упомянутых "элементарных актов". Пример порядков энергии я уже приводил для ковалентных связей и водородных. И нижняя граница - тепловая энергия на степень свободы при комнатной температуре.

Munin в сообщении #377034 писал(а):

Насчёт энергий. Я не очень помню в электрон-вольтах, но в кельвинах - тепловые энергии как нижний предел энергий биохимических реакций (кстати, за счёт кинетики и разности концетраций можно преодолеть и этот предел, но я не буду в это лезть) оценочно 300 К, а энергии фотонов видимого света как начальная точка (если считать, что биохим. циклы, хотя бы некоторые, развивались из утилизации / нейтрализации удара отдельного фотона по некоторой молекуле, например, пигменту) оценочно 6000 К. Я вижу здесь разницу на порядок, о чём и говорил.

Пожалуйста. Из вики можете посмотреть оценки энергий для видимого света. Это $1.6 \div 3.4\, {\rm eV}$. Порядка характерных энергий ковалентных связей.

Так что наличие прогресса в "измельчении" энергии - далеко не факт. Скорее всего, и на ранних этапах эволюции были самые разнообразные реакции, с энергиями связей в диапазоне от тепловой - до энергии ковалентных связей. Измельчение может быть полезно при повышении эффективности использования запасенной энергии в чем-то "стандартном", типа АТФ.

PS: Кстати, как Вы предлагаете преодолеть барьер тепловых флуктуаций для элементарных реакций? Приходят в голову, конечно, какие-то варианты метастабильных состояний - но явно не в духе "кинетики и разности концентраций". Пример (в существовании коего я сильно сомневаюсь) - был бы совсем кстати.

[Munin]

myhand в сообщении #377119 писал(а):

Так что наличие прогресса в "измельчении" энергии - далеко не факт. Скорее всего, и на ранних этапах эволюции были самые разнообразные реакции, с энергиями связей в диапазоне от тепловой - до энергии ковалентных связей.

При чём тут домыслы, когда молекулярные биологи восстанавливают конкретный вид биохимических циклов для разных этапов эволюции?

myhand в сообщении #377119 писал(а):

PS: Кстати, как Вы предлагаете преодолеть барьер тепловых флуктуаций для элементарных реакций?

Если продукты реакции постоянно убирать куда-то, то реакция будет идти за счёт разных концентраций.

myhand в сообщении #377119 писал(а):

Порядка характерных энергий ковалентных связей.

Они все там "порядка характерных энергий". Однако в пределах этого "порядка" набирается один десятичный порядок с мелочью.

[myhand]

Munin в сообщении #377124 писал(а):

При чём тут домыслы, когда молекулярные биологи восстанавливают конкретный вид биохимических циклов для разных этапов эволюции?

И? Вы можете доказать, что на древнейших этапах эволюции, скажем, характерные энергии элементарных процессов (причем не конкретной цепочки реакций, а вообще всех) ограничены снизу, скажем $1\,{\rm eV}$, а "потом" (опять таки, условно) $0.1\,{\rm eV}$. Я вот лично уверен, что водородные связи были существенны минимум как только жизнь стала использовать белки. И Вы меня не убедите в том, что молекулярные биологи умеют убедительно восстановить то, что было до этого.

Munin в сообщении #377124 писал(а):

Если продукты реакции постоянно убирать куда-то, то реакция будет идти за счёт разных концентраций.

Тут проблема проще, мне кажется. Как может быть устойчива связь, что запросто разобьют тепловые флуктуации? Тут просто о чем-то "разном" (для чего есть отдельные концентрации) - говорить-то бессмысленно.

Munin в сообщении #377124 писал(а):

Они все там "порядка характерных энергий". Однако в пределах этого "порядка" набирается один десятичный порядок с мелочью.

Ну вот. Так или иначе - получаем достаточно узкий диапазон энергий, "освоенный" более-менее сразу. Я понимаю, что все это, конечно, достаточно тривиально и не запрещает "экзотики" с несколько другой химией (типа "глиняного мира"). А вот что-то на "микроуровне" кардинально отличное (к-л процессы в космической плазме, нехимические варианты), с аналогичной избирательностью, дискретностью - очень сильно ограничивает. Эволюции это не переползти.

[Munin]

myhand в сообщении #377147 писал(а):

И? Вы можете доказать

Вынужден вам напомнить первый абзац post375496.html#p375496 (под спойлером).

myhand в сообщении #377147 писал(а):

И Вы меня не убедите в том, что молекулярные биологи умеют убедительно восстановить то, что было до этого.

Чего не утверждал, в том и убеждать не собираюсь.

myhand в сообщении #377147 писал(а):

Тут проблема проще, мне кажется. Как может быть устойчива связь, что запросто разобьют тепловые флуктуации?

Я уже говорил: речь не о том, что связь имеет низкую энергию, речь о том, что стадия реакции имеет низкую энергию. Разбив установление связи на множество стадий, можно создавать высокоэнергетические связи низкоэнергетическими шагами.

myhand в сообщении #377147 писал(а):

Так или иначе - получаем достаточно узкий диапазон энергий, "освоенный" более-менее сразу.

Хотите считать, что сразу - считайте, что сразу. См. post375496.html#p375496 .

myhand в сообщении #377147 писал(а):

А вот что-то на "микроуровне" кардинально отличное (к-л процессы в космической плазме, нехимические варианты), с аналогичной избирательностью, дискретностью - очень сильно ограничивает. Эволюции это не переползти.

Это всё ваше личное мнение.

[2w_ink]

(Оффтоп)

Munin в сообщении #375186 писал(а):

Готов даже признать, что наименование уравнения Шрёдингера имеет физиологическое отношение к мышлению об этом уравнении, поскольку все знают, что этим наименованием обозначается, и при упоминании этого наименования вспоминают суть. Ну а то, что оппоненту невдомёк о существовании сути и о мышлении о ней, мне уже безразлично.

Оппоненту вдомёк, что некоторые полагают реальным существование некоей "мыслящей личности" (пошло от Ильенкова: "философия — это наука о мышлении, о его законах и категориях". ) Живучее оказалось представление, для тех кто верит в эту шнягу: мозг не мыслит, мыслит личность (с помощью мозга), личность языковая, социальная, деятельностная.
Все не так. Мыслит мозг, его активность формирует функциональную
неоднородную систему - память, личность резедирует в памяти мозга,
в динамической памяти-процессора.
А то ведь(по Ильенкову) личность не в мозге, а на форуме сидит :)
А вот и нет, личность она в мозге-памяти о форуме формирует модели информологического плана: восприятие + реконструкция в текстах сообщений.
======================================

Vladimirkox в сообщении #375194 писал(а):

Выпейте 100гр (так делал Павлов).

- поклёп на И.П. Павлова не надо возводить, он то в физиологии был дока и любимым напитком был чай, знаменитый чай по Павлову: 1 часть хорошего черного чая (цейлонского либо индийского) + 1 часть валерианы лекарственной. Заваривать кипятком в состоянии "белый ключ". Павлов доверял мозгу решать, какие его(мозга) потребности возобладают, требуется возбуждение скажется действие кофеина, требуется торможение скажется действие изовалерьяната.
Вобщем от печалей и забот пейте чай и все пройдет

Vladimirkox в сообщении #375194 писал(а):

после изменения мышления, убедитесь, что абсолютизиронанная модель коннективизма - не работает. Внесинаптические взаимодействия в НС привносят дисбаланс.

- я вам уже не раз советовал и здесь на форуме, и на форуме нейросайенс, не писать на темы в которых вы не в зуб ногой

Ранее в пылу обсуждения различными участниками были допущены излишне краткие, неясные, неточные и даже оскорбительные высказывания. Не надо продолжать обсуждение в таком стиле. Пожалуйста, пишите о предмете дискуссии, а не её участниках. Пожалуйста, пишите в развернутой и доброжелательной форме. Это просьба ко всем участникам темы. / GAA, 20.11.10

[myhand]

Munin в сообщении #377167 писал(а):

myhand в сообщении #377147 писал(а):

И? Вы можете доказать

Вынужден вам напомнить первый абзац post375496.html#p375496 (под спойлером).

Речь шла не о цепочке реакций, не об организме в целом и т.п. Об энергии связи, об элементарном. Мне кажется, Вы по-прежнему не хотите понять все буквально.

Munin в сообщении #377167 писал(а):

myhand в сообщении #377147 писал(а):

Тут проблема проще, мне кажется. Как может быть устойчива связь, что запросто разобьют тепловые флуктуации?

Я уже говорил: речь не о том, что связь имеет низкую энергию, речь о том, что стадия реакции имеет низкую энергию. Разбив установление связи на множество стадий, можно создавать высокоэнергетические связи низкоэнергетическими шагами.

Ну так Вы не о том, а я о том. Ваши "высокоэнергетические связи" ограничены теми самыми $3-5\,{\rm eV}$ для ковалентной связи. Ну а снизу - как минимум тепловой энергией на степень свободы. Энергия, которая затрачивается/высвобождается на элементарной стадии реакции (т.е. разрыв-появление связи) - больше тепловой.

Munin в сообщении #377167 писал(а):

myhand в сообщении #377147 писал(а):

Так или иначе - получаем достаточно узкий диапазон энергий, "освоенный" более-менее сразу.

Хотите считать, что сразу - считайте, что сразу. См. post375496.html#p375496 .

Ну вот. Опять тычем мне в нос совершенно другим. Все то, что Вы описали имеет отношение, условно, к КПД сложного процесса, включающего образование связи, а не к ее отдельном акту, когда рвется/создается конкретная связь между тем-то и тем-то атомом. Цепочки реакций, конечно, усложнились со временем, но качественно это никак не изменило биохимию.

Вообще интересно, конечно, с каких пор ее можно достоверно считать таковой (ну, принципиально неотличимой от современной). Думаю, со времен самых древних известных останков жизнедеятельности (строматолитов), это 3.5 млрд. лет (а уже $4.1\div 3.8$ - это период поздней массивной бомбардировки). Их идентификация как продукта биоты основана прежде всего на сходстве с современными цианобактериальными матами.

Munin в сообщении #377167 писал(а):

myhand в сообщении #377147 писал(а):

А вот что-то на "микроуровне" кардинально отличное (к-л процессы в космической плазме, нехимические варианты), с аналогичной избирательностью, дискретностью - очень сильно ограничивает. Эволюции это не переползти.

Это всё ваше личное мнение.

Во-первых, это не только мое "личное мнение". Во-вторых, лично я свое мнение таки потрудился обосновать.

[Vladimirkox]

(флейм)

Цитата:

Цитата:

Vladimirkox в сообщении #375194 писал(а):
Выпейте 100гр (так делал Павлов).

- поклёп на И.П. Павлова не надо возводить, он то в физиологии был дока и любимым напитком был чай, знаменитый чай по Павлову: 1 часть хорошего черного чая (цейлонского либо индийского) + 1 часть валерианы лекарственной. Заваривать кипятком в состоянии "белый ключ". Павлов доверял мозгу решать, какие его(мозга) потребности возобладают, требуется возбуждение скажется действие кофеина, требуется торможение скажется действие изовалерьяната.
Вобщем от печалей и забот пейте чай и все пройдет

Э-э-э.... Дык, Вы просто - не смотрели художественный фильм про великого физиолога.....
Там есть эпизод, когда И.П. Павлов, в молодые годы, перед зеркалом выпивает графинчик водки, записывая в журнал последствия воздействия этанола. Итоговое резюме "эксперимента на себе" , типа: "Водка -гадость".

Цитата:

Цитата:

Vladimirkox в сообщении #375194 писал(а):
после изменения мышления, убедитесь, что абсолютизиронанная модель коннективизма - не работает. Внесинаптические взаимодействия в НС привносят дисбаланс.

- я вам уже не раз советовал и здесь на форуме, и на форуме нейросайенс, не писать на темы в которых вы не в зуб ногой

2w_ink! "А судьи - кто?"

Вам указано, что этанол, не имеющий рецепторов к себе, оказывает мощное психотропное воздействие. Поэтому, выложенное Вами "пошло - туда, вернулось - от туда" - несколько ушербно: ТУДА - может не дойти, а если и дошло - возвращаться не обязано (это я о серии ПД). Если Вам не очевидно существование системы внесинаптических взаимодействий, управляющей весами синапсов, - выражаю глубокое сожаление . Вы лучше - не раздувайтесь для важности , а - фактами, аргументами ( Ну... как принято в хороших домах).
Кстати про форум нейросаенса, Вы там, вроде как, не смогли филогенетическое дерево распознать, и - слились ....
Дык, недавно мне свежую инфу их Великобритании выдали, "про гликаны" - рекомендую ознакомиться, тема - "Эволюция Ig и ЦНС".
Кстати, 2w_ink
, на мембранах нейронов имеются рецепторы и FcIg, есть версия об их функциональном значении?

Цитата:

я вам уже не раз советовал

ОН - любит раздавать советы , а, возможно, - делает пассы перед монитором .

Дык - советуйте, но - в рамках своей компетенции , дабы - не выглядеть глупо.

За разжигание флейма, несмотря на просьбу модератора этого не делать, Vladimirkox блокируется на три дня. / GAA

[Леван]

alekcsandr в сообщении #248629 писал(а):

Я не знаю фактов, однозначно указывающих, что жизнь (живая материя) возникла случайно из ничего нет эволюции чисто по Дарвину. Все объясняется, если принять, что все развивается по уже имеющейся программе - как зародыш. Есть только адаптивная эволюция. Религия здесь не причем.

Во-первых, из "ничего" ничего возникнуть не может. "Ничего", т.е. пустоты в природе не бывает. "Природа не терпит пустоты" (Гераклит, Аристотель и самые современные ученые). Все есть материя. Во-вторых, слово "эволюция" - это всего лишь плавное изменение, а вот куда, именно, это вопрос. Эволюция материи может иметь направление в сторону развития (прогресса, понижения энтропии), а может иметь и прямо противоположное направление - в сторону деградации (регресса, повышения энтропии). Крайние состояния материи: физического вакуума и сверхплотного состояния мало изучены. А вот промежуточные состояния мы наблюдаем реально.
1. Уровень простого случайного взаимодействия элементов неживой материи (ЭНМ).
2. Уровень упругого случайного взаимодействия ЭНМ.
3. Уровень устойчивого долговременного взаимодействия ЭНМ с образованием структуры и системы. Устойчивость системы, в этом случае, обеспечивается отрицательными обратными связями.
4. Уровень устойчивого долговременного взаимодействия ЭНМ с объектами живой материи (ОЖМ), обладающими индивидуальной устойчивостью к воздействиям среды обитания, памятью на воздействия и на самовоспроизводство. Это соответствует автотрофной жизни, синтезирующей органику из неорганики (фотосинтез).
5. Уровень устойчивого взаимодействия ОЖМ с ОЖМ и ЭНМ.
Эти уровни состояния могут эволюционировать как от 1 к 5 (развитие), так и от 5 к 1 (деградация). Развитие идет спонтанно под действием естественного отбора. Сначала (уровни 1 и 2) по закону Голицина и Петрова, потом (уровень 3) по закону И.Пригожина и, наконец (уровни 4 и 5) - по закону Дарвина и по законам и обычаям социумов (человеческий уровень). Деградация идет в результате отсутствия естественного отбора. Спонтанно.

[Deiv]

alekcsandr в сообщении #249241 писал(а):

Я хотел акцентировать внимание на том, что вся Вселенная и живая материя вней появились и развиваются (а не эволюционируют - есть только адаптивная эволюция) по заранее имеющейся программе - как растение из зародыша. В каком то смысле это и самоорганизация (например по Пригожину). Я хочу апробировать точку зрения, что и эта саморганизация тоже уже запланированная.

Тогда и видообразование идет далеко совсем не по Дарвину и синтетической теории

Эволюция, и возникновение видов,процессы диаметрально противоположные: при первом исходный вид раскраивает свой вариационный потенциал, при втором скачкаобразно изменяется конфигурация генов группы Нох(рекомбинация) последняя и ответственна за возникновение.