правильно ли я понимаю, что сокращение длины следует уже только из преобразования для времени (без учета преобразования координат) ? Именно относительность времени есть причина сокращения ?
Нет, неправильно.
В классической механике взаимное расположение точек в пространстве определяется величиной, которая не зависит от выбора системы пространственных координат - вектором. От выбора СК зависят лишь проекции вектора, а вот интересующая нас величина, связанная с понятием "длина" - модуль вектора - является инвариантной, т.е. не зависит от выбора СК (этим-то вектор и удобен).
Также измеряются временнЫе промежутки, но здесь измерение одно, да и направление "временнОго вектора" по современным представлениям всегда одно (хотя законы кинематики, вообще говоря, симметричны по отношению к направлению времени).
В отличие от классической механики в СТО пространственные и временнАя координаты уже не являются независмыми; более того, величину, аналогичную пространственному 3-вектору и временнОму 1-вектору классической механики, образуют уже все четыре компоненты, соединенные в 4-вектор. Поэтому нельзя говорить только о пространственной или только о временной компоненте 4-вектора, как о независимых - полная аналогия с проекциями 3-вектора.
Вывод: длина и временнОй промежуток в СТО есть проекции 4-вектора, соединяющего два события, на соответствующие оси. Проекции зависят от выбора системы координат, которая в СТО соответствует физическому понятию - системе отсчета. Две СО в СТО могут отличаться друг от друга не только расположением пространственных осей, но и временной оси, а физически последнее соответствует относительному движению двух СО.
наверно классический вопрос - если связать ИСО с фотоном...
Классический.

Нельзя связать ИСО с фотоном. Нельзя в качестве тела отсчета ИСО использовать объект, движущийся со скоростью

.
При движении тел в нем "сокращается " только материя или и само пространство (изменяется метрика) ?
Метрика от неускоренного движения не меняется - она зависит от наличия/отсутствия гравитации. СТО действует в случаях, когда гравитации нет (точнее, ею можно пренебречь или мы вынуждены пренебречь, смирившись с возникающей неточностью описания реальности). Метрика в этом случае всегда одна и та же, выбор соответствующих единиц измерения дает метрический тензор с ненулями лишь по диагонали:

(записывают и с обратными знаками, и с временнОй компонентой на последнем месте, но это не суть важно).
То есть то что грубо говоря находится между атомами тела (просто не знаю как правильно назвать) тоже "сокращается" ?
Грубо говоря - да. Точнее - "оно" изме
ряется в зависимости от движения наблюдателя, производящего измерения.
В формуле E=mc^2 входит только инертная масс или и гравитационная ?
С точностью до выбора констант в законах физики (единиц измерения) инертная и гравитационная масса равны друг другу. В рамках не рассматривающей гравитацию СТО, как и в рамках классической физики это - постулат, проистекающий из многочисленных опытов. В рамках ОТО постулат "чуть" иной: между этими двумя понятиями вообще нет различия.
В этой формуле

есть энергия покоя, т.е. энергия тела, измеренная/вычисленная в СО, в которой тело покоится. Для движущегося тела, для которого импульс

не равен нулю, формула имеет более общий вид:

. Воспользуйтесь этой формулой для покоящегося тела - получите приведенную Вами.