Направленность биологической эволюции

[a.tom]

sergey zhukov в сообщении #1583939 писал(а):

Какую одну-единственную молекулу ДНК нужно "распаковать", чтобы получился потомок, у которого вот такие же метилированные (в каждом типе клеток по разному, между прочим) ДНК как у меня?

Тут я соглашусь. Из одной специализированной соматической клетки, которую провели через стадии плюрипотентной и яйцеклетки, вырастить полностью идентичный организм нельзя. У этой клетки если и был эпигенетически зафиксирован какой-то опыт, то он лишь такому типу клеток и сможет быть передан. Весь остальной организм, все другие специализированные клетки ничего не приобретут.
Чтобы все клетки будущего организма получили такую эпигенетическую память от клеток своего типа, то разного типа клетки родителя должны как-то сообщать гаметам о своих меняющихся транскрипционных факторах. Если ТФ могут проникать к гаметам от всех типов клеток, то могут быть учтены при созревании гамет. Но это в рамках предположения.

sergey zhukov в сообщении #1583939 писал(а):

Принципиальный вопрос - как все это "зашифровать" в ДНК, из которой при распаковке все это должно потом получиться в потомке.

Тут сложно, да. Вся информация ДНК для организма избыточна, используется лишь часть. Что, если другие, удачные в прошлом коды, не удаляются, не переписываются, а хранятся под спудом недоступными для транскрипции, актуальные же версии доступны для транскрипции. В случае изменения условий и невыполнении актуальным кодом своих задач, может происходить обращение к более ранним версиям (они могут быть и мутировавшими), обнаруживается новая актуальная версия, закрепляется для транскрипции, а старая "актуальная" отправляется в не транскрибируемый участок. Это то, что я называю упаковкой (чтобы отличать от компактизации). Есть смысл передать это "знание" потомку. Для этого необходимо в этой специализированной части ДНК гаметы, которая будет отвечать в будущем организме за полагаемую функцию, также переместить в архив (не транскрибируемая часть) старый код, а новый сделать доступным для транскрипции. Я описываю тот же механизм. Почему вам кажется, что он не способен зашифровать изменения?
Это как если бы распаковали (декомпактизировали) архив, изменили порядок чтения распакованных файлов, и сохранили (компактизировали) вновь. Порядок чтения обеспечивается не сменой имени файла, а доступностью для механизма транскрипции, что обеспечивается упаковкой на этом уровне. Самое доступное место сперва принадлежит кодам предка, затем оно может быть изменено, если коды перестанут быть актуальны.

[sergey zhukov]

a.tom
Видео с Анохиным я посмотрел. Где-то я эти мысли уже слышал (может даже и у него). Причем тогда мне это показалось оригинальным. А сейчас - не особо.

Мысль такая. Если группа особей впервые встречается с какой-то интеллектуальной задачей, то вначале им приходится как следует шевелить мозгами. Никаких рефлекторных, инстинктивных решений этой задачи у них нет. У кого-то из них мозг уже изначально случайно был "преднастроен" для этой задачи, у остальных - нет. Выигрывает "слегка преднастроенный", но ему, конечно, пришлось все же изрядно поскрипеть мозгами, хоть и "преднастроенными". Он размножается, а его потомки опять сталкиваются с этой же задачей (передачи информации методом научения в популяции нет). Происходит то же самое, снова выигрывает "слегка преднастроенный", но уже второго уровня. Многократное повторение этой ситуации приводит в тому, что $N$-ый потомок уже от рождения почти "настроен" и решает эту проблему без умственных усилий, инстинктивно.

Легко видеть, что ровно ничего нового, кроме эволюции по Дарвину, тут не происходит. Только речь об эволюции поведения. Анохин говорит: смотрите, сначала особи придумали что-то, а затем этот мыслительный конструкт "затвердел" в геноме и стал инстинктом. Т.е. мысль формирует гены, она первична.

Ну, может быть, конечно. Только мысль-то откуда взялась? Из тех же случайных мутаций методом отбора произошла, а не свалилась с неба.

В этой истории, мне кажется, есть такая интересная мысль. Получив сложный мозг и опыт жизни, индивид получает возможность строить в своем мозгу модель этого мира, и проигрывать на этой модели разные варианты развития событий и своего поведения. Причем проигрывать часто быстрее, дешевле и безопаснее, чем если бы он попробовал сделать все это на самом деле. Это самый настоящий "вычислительный эксперимент". Не нужно все пробовать, теряя ресурсы, время и, может даже, жизнь. Многое можно быстрее и проще промоделировать и отбросить лишнее. Поведение такого индивида может быть внешне очень сложным и экономным, т.к. оно достигается не реальными видимыми пробами и ошибками, а скрытыми виртуальными. Часть процесса эволюции начинает происходить у него в голове, причем быстрее, а естественному отбору остается меньше работы.

-- 02.03.2023, 00:36 --

a.tom в сообщении #1583941 писал(а):

Почему вам кажется, что он не способен зашифровать изменения?

Из самых общих соображений. Зашифровать то он может и способен, только нет явного пути, как этот шифр получить. А если такого пути нет, то все манипуляции с ДНК, происходящие под действием "геммул" ничем не лучше случайных изменений в ней. "Распаковка" ДНК (т.е. выращивание особи) - необратимая операция. Это по определению значит, что иначе, как перебором, нельзя получить для заданной особи ДНК, из которой она выросла. Нельзя и все. Вот этот перебор в природе и происходит. Берем свою ДНК (гарантия того, что из нее вырастет по крайней мере моя копия, т.е. что она вообще работает), слегка ее меняем (слегка - чтобы не сильно отклониться от заведомо работающего варианта) и выращиваем. А как ее поменять так, чтобы получить нужный результат? Нам это совершенно неизвестно и никак это узнать нельзя. Главное - поменять немного, чтобы фатально все не ухудшить, вырастить несколько вариантов, и надеятся, что какой-то из них будет ближе к тому, что нам нужно, чем мы сами.

[talash]

sergey zhukov в сообщении #1583939 писал(а):

Есть концентрированная, упакованная информация, сжатый, архивированный файл - это ДНК. Скрученная, перекрученная, свернутая, метилированная, упакованная, намотанная, завязанная в узел - все равно. Мы можем "распаковать" ее, т.е. вырастить организм.

А можно ли из двух половых клеток вырастить организм без гарантированного участия эпигенетики?

-- 01.03.2023, 23:00 --

Вот эксперимент запланирован:

Цитата:

Ученые задумали воскресить вымершего сумчатого волка
https://tech.onliner.by/2022/08/18/uche ... -millionov

Эпигенетики от сумчатых волков не осталось. Значит, если в ДНК хранится вся важная информация, то он может быть удачным. Если нет, и не будет проведено других экспериментов, подтверждающих, что высший многоклеточный организм может развиться из двух соединённых половых клеток, то эта СТЭ-шная гипотеза так и будет оставаться гипотезой. И нужно быть внимательным, не выдавать гипотезу за научный факт. А то странная традиция повелась со времён неодарвинизма.

[sergey zhukov]

talash в сообщении #1583943 писал(а):

А можно ли из двух половых клеток вырастить организм без гарантированного участия эпигенетики?

Да может и нельзя. И что тогда?

[talash]

sergey zhukov в сообщении #1583947 писал(а):

talash в сообщении #1583943 писал(а):

А можно ли из двух половых клеток вырастить организм без гарантированного участия эпигенетики?

Да может и нельзя. И что тогда?

То есть, Вы не уверены, почему тогда пишете в форме утверждения, а не предположения? Здесь:

sergey zhukov в сообщении #1583939 писал(а):

Есть концентрированная, упакованная информация, сжатый, архивированный файл - это ДНК. Скрученная, перекрученная, свернутая, метилированная, упакованная, намотанная, завязанная в узел - все равно. Мы можем "распаковать" ее, т.е. вырастить организм.

[sergey zhukov]

talash
А что тут написано? Есть ДНК со всей ее эпигенетической структурой. Можем ее вырастить.

Это не так нужно понимать, что "без разницы, как она там скручена, лишь бы нуклеотиды в нужной последовательности шли". Я хотел сказать, что как бы ни выглядела эпигенетическая часть информации - это такая же информация, как и в нуклеотидной последовательности. Она тоже важная, просто нет смысла как-то разделять генетическую и эпигенетическую информацию в этом примере. Вот что я хотел сказать.

[talash]

sergey zhukov в сообщении #1583950 писал(а):

talash
А что тут написано? Есть ДНК со всей ее эпигенетической структурой. Можем ее вырастить.

Эпигенетика это совокупность наследственных факторов помимо ДНК. Разве эти факторы как-то привязаны пространственно к ДНК? Они могут не содержаться в клетке изначально, а попадать туда извне и влиять на работу генов.

-- 02.03.2023, 00:30 --

sergey zhukov в сообщении #1583950 писал(а):

Я хотел сказать, что как бы ни выглядела эпигенетическая часть информации - это такая же информация, как и в нуклеотидной последовательности. Она тоже важная, просто нет смысла как-то разделять генетическую и эпигенетическую информацию в этом примере. Вот что я хотел сказать.

Да, я понял. Но всё-таки, если существуют факты (наблюдения/эксперименты), которые не получается объяснить неодарвинизмом(небольшие случайные изменения плюс естественный отбор), то наверное надо хотя бы признать трудности этой гипотезы? Микробиологическое копание вглубь (СТЭ) ведь никак не отменяет изначальную неодарвинистскую гипотезу.

[Amw]

talash в сообщении #1583952 писал(а):

...если существуют факты (наблюдения/эксперименты), которые не получается объяснить неодарвинизмом(небольшие случайные изменения плюс естественный отбор), то наверное надо хотя бы признать трудности этой гипотезы?

Или трудности объяснения... Никто не обещал, что будет легко объяснить. Закрепление признаков через, как нам кажется, обучение может означать, что особи, обладающие этим случайным полезным изменением (мутацией) просто легче обучаются. Далее - естественный отбор.

[sergey zhukov]

talash
Все равно проблема односторонней функции не уходит. Хоть бы мы даже признали, что организм начинает расти не из одной голой молекулы ДНК, а из целой клетки (из готовой клетки ведь он растет все таки).

Трудности конечно есть. Даже заранее известно, что СТЭ неполна. Вот, например, в книжке "Дарвинизм в XXI веке" указывается, что она вообще никак не учитывает феномен симбиоза. Там же приводятся и другие примеры, которые не нашли еще удовлетворительного объяснения в СТЭ.

Но часто бывает так, что человек только и ищет, за что бы зацепиться и сказать: ну вот видите, ваша СТЭ - это ерунда. Так вот такой подход, безусловно, неправильный. СТЭ - это очень хорошая и многократно проверенная теория, у которой, как вообще у любой теории, есть, конечно, и трудности.

Вообще, люди, часто спорят по такой схеме:

Скептик: Почему вот это?

Знаток: Потому, что $A$.

Скептик: Может быть, $B$?

Знаток: Я же сказал $A$. Ваше $B$ не имеет смысла. Учите матчасть.

Скептик: Да откуда такая категоричная уверенность? Вот я тут сейчас в гугле по запросу "Почему $B$, а не $A$" нашел вот такие ссылки. Видите, полной уверенности быть не может.

Знаток: С вами говорить бессмыслено. До свидания.

И каждый думает:

Знаток: Вот еще один диванный эксперт, которого хлебом не корми, дай лишь поспорить. Ни одной книжки по вопросу не прочел, выхватил по случаю из сети какие-то разрозненные сомнительные утверждения в подтверждение своего бреда, а изучить вопрос систематически у него желания нет вообще никакого. Как же они меня достали.

Скептик: Зомби упертый. Ясно же, что ни в чем не может быть абсолютной уверенности, а он заладил одно и то же, как будто это истина в последней инстанции, и доводов никаких не слушает. Такое высокомерие, как будто он Господь Бог и сам лично все устроил.

Я думаю, тут оба неправильно ведут диалог. Знаток не заинтересован в том, чтобы Скептик разобрался в вопросе, поскольку (часто) сам Скептик в этом тоже не заинтересован, и это ощущается довольно легко. Но иногда Скептик все же действительно хочет понять, тогда Знаток может объяснить все более терпеливо и в менее категоричных выражениях.

[EUgeneUS]

a.tom
Я уже не очень пониммаю, какие тезисы Вы пытаетесь отстаивать.
Но вроде бы, Вы предполагаете большую роль эпигенетическкого наследования в эволюции видов. Вот и посомтрим, что на эту тему пишут. Хотя бы из википедии:

1.

Цитата:

Эпигенетическое наследование в соматических клетках играет важнейшую роль в развитии многоклеточного организма. Геном всех клеток почти одинаков, в то же время многоклеточный организм содержит различно дифференцированные клетки, которые по-разному воспринимают сигналы окружающей среды и выполняют различные функции. Именно эпигенетические факторы обеспечивают «клеточную память»[15].

2. Но с другой стороны (болд мой)

Цитата:

Хотя эпигенетику в основном рассматривают в контексте соматической клеточной памяти, существует также ряд трансгенеративных эпигенетических эффектов, при которых генетические изменения передаются потомкам. В отличие от мутаций эпигенетические изменения обратимы и, возможно, могут быть направлены (адаптивны)[15]. Поскольку большинство из них исчезает через несколько поколений, они могут носить характер лишь временных адаптаций. Также активно обсуждается вопрос о возможности влияния эпигенетики на частоту мутаций в определенном гене[21]. Было показано, что семейство белков цитозин-дезаминаз APOBEC/AID принимает участие как в генетической, так и в эпигенетической наследственности, используя схожие молекулярные механизмы. У многих организмов было обнаружено более 100 случаев трансгенеративных эпигенетических явлений[22].

О какой, хоть сколько-нибудь значимой роли в эволюции видов, можно говорить при таких условиях? Всего около 100 известных примеров (на всё многообразие живых существ), при том что, большинство исчезает через несколько поколений.

-- 02.03.2023, 09:45 --

talash в сообщении #1583943 писал(а):

Вот эксперимент запланирован:
Цитата:

Ученые задумали воскресить вымершего сумчатого волка https://tech.onliner.by/2022/08/18/uche ... -millionov

Может уже не нужно приводить ссылки на развлекательные сайты? Это снижает уровень дискуссии и повышает градус неадеквата.
Тем более, там есть ссылка на источник более близкий к исходному.

talash в сообщении #1583952 писал(а):

Но всё-таки, если существуют факты (наблюдения/эксперименты), которые не получается объяснить неодарвинизмом(небольшие случайные изменения плюс естественный отбор), то наверное надо хотя бы признать трудности этой гипотезы?

Трудности никто не замалчивает. Начиная с Дарвина. Это и обеспечивает развитие теории.
Кстати, а что Вы называете "гипотезой" в данном случае?

-- 02.03.2023, 09:48 --

talash в сообщении #1583943 писал(а):

Если нет, и не будет проведено других экспериментов, подтверждающих, что высший многоклеточный организм может развиться из двух соединённых половых клеток,

Эти "эксперименты" (по получению высшего многоклеточного организма из двух соединенных половых клеток) каждый день ставятся миллионами, а если не только человека брать, то и миллиардами

-- 02.03.2023, 09:52 --

talash в сообщении #1583952 писал(а):

Эпигенетика это совокупность наследственных факторов помимо ДНК.

Не "помимо ДНК", а помимо нуклеотидной последовательнос ДНК.

talash в сообщении #1583952 писал(а):

Разве эти факторы как-то привязаны пространственно к ДНК? Они могут не содержаться в клетке изначально, а попадать туда извне и влиять на работу генов.

С одной стороны, так часто и происходит - когда регуляторы поступают в клетку извне.
Но с другой стороны, если после прекращения поступления регуляторов извне клетка (и её потомки) продолжают сохранять признаки (например, признак - быть клеткой печени), то явно что-то поменялось в ДНК (но не обязательно неклеотидная последовательность).

[a.tom]

EUgeneUS в сообщении #1583966 писал(а):

Я уже не очень пониммаю, какие тезисы Вы пытаетесь отстаивать.

Тезис такой: существует эпигенетический механизм приспособления с помощью выбора из наследованных (приобретённых) признаков с возможностью передачи от родителя к потомкам результатов отбора - преадаптация, может так назвать?, - который действует на потомство быстрее и обширнее основного эволюционного механизма, но использует результаты его работы.

Цитата:

Из статьи с "Элементов": Часто эпигенетическая природа наследования может быть опознана по неменделевскому характеру расщепления анализируемого признака в потомстве: носителей нового признака оказывается в потомстве больше, чем должно было бы быть по классической схеме генетического наследования. Еще один признак того, что мы имеем дело с эпимутациями, а не с истинными мутациями — что индуцированная специфическими условиями фенотипическая вариация постепенно «затухает» в ряду поколений, если индуцирующие условия в дальнейшем не поддерживаются.

"Быстрее и обширнее основного", потому что "неменделевский характер расщепления признаков" и "носителей нового признака оказывается в потомстве больше, чем должно было бы быть по классической схеме генетического наследования". Быстрое затухание означает, что в отсутствии прежнего внешнего условия выбор идёт в пользу другого.
Такой механизм выбора из унаследованных признаков способен ускорить приспособляемость и выживаемость особей, а значит способствует и эволюции в целом. Т.е. эволюционные процессы постепенно находят решения, а этот механизм довольно быстро производит выбор из них. Описан возможный механизм реализации такой преадаптации.

[sergey zhukov]

a.tom
Нужно разделять "передачу приобретенных признаков по наследству" и просто "передачу какой-то эпигенетической информации". Второе не оспаривается, а вот первое под вопросом. Если я отрастил себе полезную мускулатуру, а у моего потомка из-за этого моего старания она уже от рождения усиленная - да, есть повод задуматься. А если я отрастил себе мускулатуру, а в результате именно этого у моего потомка выросло шесть пальцев вместо пяти - то передача эпигенетической информации есть, а передачи приобретенных признаков по наследству - нет.

[a.tom]

sergey zhukov в сообщении #1583977 писал(а):

Если я отрастил себе полезную мускулатуру, а у моего потомка из-за этого моего старания она уже от рождения усиленная - да, есть повод задуматься

Она скорее всего будет более приспособлена к росту, но вам надо и нагрузку потомку передать, а то организм штука экономная, без нагрузки любой качок "сдуется" довольно быстро.

sergey zhukov в сообщении #1583977 писал(а):

А если я отрастил себе мускулатуру, а в результате именно этого у моего потомка выросло шесть пальцев вместо пяти - то передача эпигенетической информации есть, а передачи приобретенных признаков по наследству - нет.

А вы не занимайтесь с радиоактивной штангой :) Признак здесь не прокачанная мускулатура, а биомеханизмы обеспечивающие её ускоренный рост, переработку пищи и лучшее усвоение белка и т.п... Такой признак может быть передан, но он сможет проявить анаболический эффект лишь при нагружении упражнениями. Если нагрузки не будет, то и версии качковых генов уступят место экономным потому что "индуцированная специфическими условиями фенотипическая вариация постепенно «затухает» в ряду поколений, если индуцирующие условия в дальнейшем не поддерживаются".

[EUgeneUS]

a.tom в сообщении #1583975 писал(а):

Тезис такой: существует эпигенетический механизм приспособления с помощью выбора из наследованных (приобретённых) признаков с возможностью передачи от родителя к потомкам результатов отбора - преадаптация, может так назвать?, - который действует на потомство быстрее и обширнее основного эволюционного механизма, но использует результаты его работы.

Надо привести пример, хотя бы.

a.tom в сообщении #1583975 писал(а):

Описан возможный механизм реализации такой преадаптации.

Где и кем описан?

Возражение против какой-либо значимой роли эпигенетики в образовании видов может быть таким:

1. "Кошмар Дженкинса" был разрешен только с помощью менделевского ("дискретного") наследования.
2. В случае неменделевского наследования этот кошмар встаёт в полный рост.
3. Что и обуславливает пропадание признака, наследованного эпигенетически в ряду поколений.

И, конечно, слово "приобретенных" тут совершенно излишнее.

[zykov]

EUgeneUS в сообщении #1583980 писал(а):

"Кошмар Дженкинса"

"Кошмар Дженкина" (Fleeming Jenkin)