Направленность биологической эволюции

[a.tom]

EUgeneUS в сообщении #1584102 писал(а):

Хотя под изменчивостью в любом случае лежит некий стохастический процесс.

В случае наследования белохвостости эти отношения явно отличаются от ожидаемых, о чём они упомянули, говоря, что ожидалось одно количество, а получилось другое.

Тут вот ещё новость: https://www.nanonewsnet.ru/articles/2023/otkryt-novyi-fundamentalnyi-mekhanizm-khraneniya-informatsii-v-dnk

Цитата:

Кроме того, открытое Никитиным явление позволило ему экспериментально показать и другой удивительный, не укладывающийся в современную парадигму молекулярной биологии факт: любая неструктурированная одноцепочечная ДНК может специфично регулировать экспрессию заданного гена безотносительно их взаимной комплементарности. Все зависит от наличия в среде или организме других олигонуклеотидов (также некомплементарных).

Ну и это не единственное. В итоге возможности обмена, передачи генетической информации сильно увеличиваются.

[EUgeneUS]

a.tom в сообщении #1584103 писал(а):

Тут вот ещё новость: https://www.nanonewsnet.ru/articles/202 ... tsii-v-dnk

Вы опять читаете какой-то мусор. "Они всё путают и имя, и названье".

Во-первых, "они" не могут правильно назвать центральную догму молекулярной биологии. Называют её "современная парадигма молекулярной биологии". Что вызывает сильные сомнения, что автор пересказа знает и понимает её содержание.

А во-вторых, работу выполнил Максим Никитин, а не некий "Михаил".

Максим Никитин - уважаемый учёный и отличный популяризатор. Его книгу "Происхождение жизни. От туманности до клетки" рекомендую всем, как и его лекции.
А пересказ... Да, это - *о*но.

-- 03.03.2023, 17:38 --

Кстати, предыдущий пересказ был здесь https://naked-science.ru/article/column ... amentalnyj
Там Максим Никитин называется Максимом, но всё ещё речь о каких-то "парадигмах".

[a.tom]

EUgeneUS в сообщении #1584139 писал(а):

А во-вторых, работу выполнил Максим Никитин, а не некий "Михаил".

Провёл поиск по странице: не нашёл даже сочетания "мих".

EUgeneUS в сообщении #1584139 писал(а):

Вы опять читаете какой-то мусор. "Они всё путают и имя, и названье".

В данном случае - про неверное имя - путаете вы. Причём довольно многословно.
А по существу что думаете?

[EUgeneUS]

a.tom в сообщении #1584143 писал(а):

В данном случае - про неверное имя - путаете вы. Причём довольно многословно.

Да, возможно

a.tom в сообщении #1584143 писал(а):

А по существу что думаете?

А по существу думаю такое:
1. Да, это выдающаяся работа.
2. Абстракт весьма впечатляющий.
Но прошу заметить в абстракте нет никаких "современных парадигм молекулярной биологии"
3. Автор честно заявляет:

Цитата:

I show potential pathways of gene regulation with strands of maximum non-complementarity to the gene sequence that may be key to the reduction of off-target therapeutic effects. This Article uncovers the information-processing power of the low-affinity interactions that may underlie major processes in an organism—from short-term memory to cancer, ageing and evolution.

То есть "потенциальные пути", и "могут лежать в основе". Реализуется ли это в организме или нет - это отдельный вопрос для дальнейших исследований.
4. Но пусть даже реализуется. И что? В контексте нашей беседы это ещё один регуляторный механизм экспрессии генов, ранее не известный (и это замечательно).

[a.tom]

EUgeneUS в сообщении #1584149 писал(а):

Но прошу заметить в абстракте нет никаких "современных парадигм молекулярной биологии"

Я умею осуществлять коррективный перевод терминов с научпопа если знаю тему.

EUgeneUS в сообщении #1584149 писал(а):

И что? В контексте нашей беседы это ещё один регуляторный механизм экспрессии генов, ранее не известный (и это замечательно).

Ещё один регуляторный механизм экспрессии генов - это хорошо, правда вариантов увеличилось. А этот вариант обмена информацией лежит вне догмы?

[sergey zhukov]

EUgeneUS в сообщении #1584071 писал(а):

4. Также нужно понимать, что сами механизмы передачи, записи и реализации информации являются объектами эволюции

Мы говорим, что естественный отбор выбирает те гены, которые лучше других размножились в данных условиях. Но если это повторять очень долго, так что всевозможные условия повторяются множество раз, то не исключено, что преимущество получат такие гены, которые лучше других размножаются в среднем на всем множестве условий. И это будут такие гены, действие которых не отличимо от ламаркизма: потомки будут иметь опыт предков, поскольку этот опыт не приобретенный, а на самом деле неявно уже был заложен в генах предков при рождении.

Что-то подобное не выглядит невозможным.

[EUgeneUS]

EUgeneUS в сообщении #1584139 писал(а):

А во-вторых, работу выполнил Максим Никитин, а не некий "Михаил".

Блин
Михаил Никитин - это автор книги "Происхождение жизни. От туманности до клетки"
А Максим Никитин - автор работы.
Разные люди.

Всем приношу извинения.

-- 03.03.2023, 18:47 --

a.tom в сообщении #1584151 писал(а):

А этот вариант обмена информацией лежит вне догмы?

В абстракте есть такое:

Цитата:

This Article uncovers the information-processing power of the low-affinity interactions that may underlie major processes in an organism—from short-term memory to cancer, ageing and evolution.

Но из абстракта не очень понятно, какая информация имеется виду. И речь об обработке информации, а не об обмене. Действительно (судя по доступным превью рисунков из статьи) там показано, что на этом механизме можно реализовать булевы функции и даже элементы памяти.
Но тут нужно саму статью читать, а доступа нет
Но в любом случае, речь о ДНК и РНК. А центральная догма молекулярной биологии не запрещает передачу информации между ними в любом направлении.

[Anton_Peplov]

EUgeneUS
телеграм-бот @libgen_scihub_rebellibrarian_bot находит полный текст статьи по DOI.

[sergey zhukov]

Еще немного по поводу направленности биологической эволюции.

Как мне кажется, теория Дарвина отвечает на вопрос "Почему мы наблюдаем вокруг себя не хаос, а сложную, но явно согласованную систему?". И ответ Дарвина в том, что даже если начать с полного хаоса (что бы под этим ни подразумевалось), то все несогласованное отмирает (отрицательная обратная связь), а согласованное - распространяется (положительная обратная связь). В итоге оказывается, что самосогласование происходит само собой, оно не требует ни объяснения, ни каких-либо особых условий и контроля со стороны. Т.е. странно было-бы на самом деле ожидать чего-то другого.

Т.е. Дарвин говорит: случайные преимущества размножаются, случайные недостатки умирают, поэтому вокруг нас все не случайно, а состоит из одних аккумулированных преимуществ, из которых отсеяны все недостатки. Это понятно. Но как воспользоваться этим наблюдением для прогноза эволюционного процесса? Ведь все эти преимущества и недостатки принципиально определяются уже задним числом по числу потомков.

Похоже, что никаких особых инструментов для прогноза эволюционного процесса теория Дарвина вообще не дает, все в итоге сводится просто к прямому численному моделированию. От Дарвина (если все же использовать понятие "гены") тут только "Гены наследуются" и "Происходят случайные мутации". Принцип "Выживают наиболее приспособленные" не используется, т.к. кто окажется наиболее приспособленным, как раз выясняется в конце моделирования. При помощи этого принципа нельзя как-то обойти прямое моделирование всего процесса.

[EUgeneUS]

sergey zhukov в сообщении #1584425 писал(а):

Т.е. Дарвин говорит: случайные преимущества размножаются, случайные недостатки умирают, поэтому вокруг нас все не случайно, а состоит из одних аккумулированных преимуществ, из которых отсеяны все недостатки. Это понятно. Но как воспользоваться этим наблюдением для прогноза эволюционного процесса? Ведь все эти преимущества и недостатки принципиально определяются уже задним числом по числу потомков.

Похоже, что никаких особых инструментов для прогноза эволюционного процесса теория Дарвина вообще не дает, все в итоге сводится просто к прямому численному моделированию.

Буквально вчера встретил у Дробышевского (в "Палеонтологии антрополога", в конце третьего тома) такое утрированное определение (по памяти): "эволюция - это всего лишь статистика размножения"). Здесь очень верно делается акцент на статистике. Потому что процессы, лежащие в основе, принципиально стохастические, однако, на них накладываются внешние условия и происходит отбор.
Вас же не смущает, что мы не можем предсказать, какой гранью выпадет честный шестигранный кубиик при каждом броске. Но о статистике выпадания таких кубиков мы можем сказать очень много.
Также можно представить НЕчестный кубик, вероятность выпадение у которого различна для разных граней.
А к "популяции" таких кубиков можем прикрутить отбор - будем удалять наример, все кубики, у которых выпала единица, а у которых выпала двойка будем удалять только половину. И мы всё ещё можем узнать и спрогнозировать очень многое по тому, что будет происходить с популяцией таких кубиков.

Другой важный принцип: нельзя сделать что-то из нечего. То есть для развития чего-либо нужны преадаптации. Также отсюда следует необходимость всяких разных "промежуточных звеньев", что также является пердсказаниями теории.

[Amw]

EUgeneUS в сообщении #1584545 писал(а):

Потому что процессы, лежащие в основе, принципиально стохастические, однако, на них накладываются внешние условия и происходит отбор.
Вас же не смущает, что мы не можем предсказать, какой гранью выпадет честный шестигранный кубиик при каждом броске. Но о статистике выпадания таких кубиков мы можем сказать очень много.

Но не о той "статистике", которая УЖЕ реализована.
Возьмем $6^1^0 = 60466176$ человек, попросим их кинуть честный кубик, затем оставим в группе только тех, у кого выпала шестерка. Повторим это десять раз и перед глазами изумленной публики предстанет человек, у которого десять раз подряд выпала шестерка на честном кубике. А причин удивляться тут нет никаких.
Так же следует относиться и к результатам эволюции. Так же, как к любой уже реализованной случайности.

[mihaild]

Amw в сообщении #1584553 писал(а):

Так же, как к любой уже реализованной случайности.

Не к любой. Если у нас будет человек, у которого шестерка выпала 1000 раз подряд, то это повод посчитать либо кубик кривым, либо человека фокусником.

Точно так же, хотя и мыслимо появление современных организмов сразу чисто случайно, любая теория, которая приписывает этому появлению вероятность сильно большую, чем просто совпадение, должна выиграть.

sergey zhukov в сообщении #1584425 писал(а):

Но как воспользоваться этим наблюдением для прогноза эволюционного процесса?

Например можно сказать, что будут почти исключительно накапливаться признаки, дающие преимущество сразу и конкретно носителю. А, например, мутация, позволяющая оленю меньше повреждать корни при поедании травы, за счет чего трава быстрее восстанавливается, скорее всего, не закрепится, потому что эту быстрее восстановившуюся траву с тем же успехом может съесть другой олень, у которого нет этой мутации - поэтому эта мутация преимуществ носителю перед остальными членами популяции не дает. Хотя, конечно, популяция с этой мутацией будет больше, чем без неё.

[EUgeneUS]

mihaild в сообщении #1584576 писал(а):

например, мутация, позволяющая оленю меньше повреждать корни при поедании травы, за счет чего трава быстрее восстанавливается, скорее всего, не закрепится, потому что эту быстрее восстановившуюся траву с тем же успехом может съесть другой олень, у которого нет этой мутации - поэтому эта мутация преимуществ носителю перед остальными членами популяции не дает. Хотя, конечно, популяция с этой мутацией будет больше, чем без неё.

Если олени разошлись по группам, и ведут территориальную конкуренцию за ресурсы между группами. То есть на одной территории кормится только одна группа, но территория может переходить от одной группы к другой.
То такая мутация даст преимущество одной группы перед другой.

[mihaild]

EUgeneUS в сообщении #1584577 писал(а):

То такая мутация даст преимущество одной группы перед другой.

Но отбор как раз не смотрит на конкуренцию между репродуктивно изолированными группами. Чтобы мутация закрепилась, нужно чтобы она давала преимущество по сравнению с другими членами своей популяции.

[Amw]

mihaild в сообщении #1584576 писал(а):

...любая теория, которая приписывает этому появлению вероятность сильно большую, чем просто совпадение, должна выиграть.

Да нельзя считать вероятность события, которое уже произошло. Тем более, что эксперимент невозможно повторить.
Прятаться в воронку от снаряда имеет смысл не потому, что снаряд дважды в одно место не попадает - с этого примера начинается изучение теории вероятностей.