Коронавирус

[EUgeneUS]

vicvolf в сообщении #1536771 писал(а):

Заявка была подана практически сразу без потери времени!

дада. И никто через две недели не заявил, что никакой заявки не было.

[ozheredov]

Dmitriy40 в сообщении #1536758 писал(а):

Вот наткнулся на пруф о "ускорении и утяжелении" дельты:

Если дельта ускорилась, то наверное это должно быть видно на открытых данных. Philipp попытался взять эти самые данные и (своими силами, как может) увидеть в них, что происходит на самом деле, вместо того, чтобы слушать очередные "говорящие головы" из телевизора ю-тьюба и рецензируемых журналов. Может, стоит ему помочь, учитывая, что данная деятельность для него не является профильной, а не закидывать его тухлыми помидорами?

[Dmitriy40]

ozheredov в сообщении #1536775 писал(а):

Может, стоит ему помочь,

Может, помогите. Я две страницы пытаюсь. Сначала помочь разобраться, потом не делать поспешных выводов.

ozheredov в сообщении #1536775 писал(а):

наверное это должно быть видно на открытых данных.

Вообще говоря не обязательно, к сожалению. Чтобы грамотно всё посчитать бывает недостаточно ни иметь калькулятор/компьютер, ни иметь некоторые открытые данные, ни знать мат.статистику: данных может быть тупо недостаточно. Как например было выше при моей оценке степени влияние некоего фактора на цифры статистики (и я вынужден был честно писать "предположительно", за что тоже получил помидоров) потому что не было подробного распределения по возрасту.
Когда мне захотелось прикинуть влияние вакцинации я же взял наиболее похожие волны, а не абы какие, или вообще все данные навалом. Да, можно тупо закинуть в коррелятор два массива и он честно выдаст результат, но его осмысленность никакой коррелятор не гарантирует, это забота человека. Отмазка что данных недостаточно не является причиной (повышения) достоверности результата.

(Самопроверка результатов)

Может далее я не прав, но как обычно оценивается адекватность получаемых результатов? Сверкой с реальностью, разве нет? Ну или формулировкой критерия строго до начала расчётов (знаменитая нулевая гипотеза) и проверке его для используемых данных и метода расчёта. Что обычно делается если не проходит? Или вовсе не публикуется, или публикуется с пометкой "результаты не позволяют сделать выводов". Когда я получаю явную чушь, то делаю паузу и пытаюсь понять где или я ошибся, или данные неверны, или метод некорректен (в данных условиях), ну или конечно же я открыл новый фундаментальный закон природы/математики.
В данном случае я сначала вообще смолчал, хотя графики были подозрительные изначально, слишком широкие максимумы. Но пусть, мало ли кто что как считает. Но потом странные графики повалились стаями, и что самое главное, из них стали делаться весьма и весьма странные (мягко говоря) выводы. Про "ковидный год" и сезонность ковида и т.д. Причём плохая достоверность исходных данных выявлялась даже самим автором. Однако это не помешало делать выводы, уже давно опровергнутые медицинской наукой. Зачем? Нет ответа.
Попросил объяснить как получились странные (не похожие на реальность) результаты. В ответ "такой метод". Снова указал что он даёт странно нереальные результаты и намекнул что может допуск/разброс слишком велик и даже привёл свою оценку лага. В ответ снова куча посторонней инфы без нормального ответа на вопросы. Потом продолжались попытки навести на мысль что если допуски превышают искомый эффект, то выводы неадекватны. Безуспешно.

[Red_Herring]

(Оффтоп)

EUgeneUS в сообщении #1536773 писал(а):

дада. И никто через две недели не заявил, что никакой заявки не было.

А предъявить этим бюрократам из ЕМА расписочку? Вот бы поплясали!

Так что ее нет? Потеряли? А как подавали? Письмом или через интернет? Если простым письмом, то почта самый вероятный виновник. Если заказным или с курьером, то расписочка должна быть. Если через интернет, то по-крайней мере страница "Ваша заявка получена тогда-то". За последние 20 лет при покупке онлайн 10 банок кошачьего корма и такая страница и емейл приходит. Распечатай ее да и дело с концом. Допустим, крешанулся портал. Так повторите еще раз. Какой-то праздник некомпетентности.

И, главное, евробюрократы не стали бы рисковать со враньем, когда есть гораздо более простые и безопасные методы потянуть.

Так что здесь я им верю. А вот российским бюрократам--увы, нет. Ну и в любом случае, это 2 недели. Заявили через 2 недели, так и переподай сразу. Так ведь даже в этом случае затянули с переподачей.

А тут отстали на месяц. Причем не от Пфайзера, Модерны, АстраЗенеки, а от Новавакса, которая тоже не успела. Ну ладно, это ЕМА. А как насчет ВОЗ?

Вы уже спорите не в защиту вакцины или ее разработчиков, а в защиту неизвестных вам чиновников

[ozheredov]

Dmitriy40 в сообщении #1536784 писал(а):

Вообще говоря не обязательно, к сожалению.... данных может быть тупо недостаточно.

Тогда непонятно, для чего публикуются данные, если из них не сделать простейшие выводы (об эффективности вакцины, о приходе более злючего штамма, о том, что мы фсе умрём и т.п.)?

Dmitriy40 в сообщении #1536784 писал(а):

Да, можно тупо закинуть в коррелятор два массива и он честно выдаст результат, но его осмысленность никакой коррелятор не гарантирует

Если коррелятор без танцев с бубнами вокруг доверительных интервалов ничего не показывает (а он таки не показывает - Вы правы, пики слишком широкие), то каким образом врачи на основе "личного полевого опыта" сделали вывод об уменьшении интервала "заболел - умер"?

Dmitriy40 в сообщении #1536784 писал(а):

Однако это не помешало делать выводы, уже давно опровергнутые медицинской наукой.

Возможно, на имеющихся в Яндексе данных (условно назовём её) "функция правдоподобия" имеет примерно одно и то же то же значение как на подтвержденных, так и на опровергнутых выводах?

Dmitriy40 в сообщении #1536784 писал(а):

Когда я получаю явную чушь, то делаю паузу и пытаюсь понять где или я ошибся, или данные неверны, или метод некорректен

Я разумеется против "великих открытий", обусловленных шумами, аутлаерами, неверными предположениями и т.д. Но я не менее против манипуляций из уст известных личностей и рецензируемых журналов, дабы не попасть в ситуацию 90-х годов, когда привыкшая безоговорочно верить напечатанному в газете или произнесенному по телевизору слову толпа понесла деньги в МММ, а банки с водой - к телеэкрану с Аланом Чумаком.

[Philipp]

Когда я выкладывал первую ссылку по среднему лагу от диагноза до смерти, меня меньше всего интересовали результаты, полученные членами научного сообщества или озвученные спикерами разных рангов. Перед глазами официальные результаты, оценена их достоверность, местами сомнительная, но по всему периоду удовлетворительная, и проведена оценка рабочим методом. Который безусловно не лишен недостатков, но как оценочный годится.

https://bmcmedresmethodol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12874-021-01314-w

Поскольку развернулась оживленная дискуссия, всем участникам которой я благодарен, пришлось заглянуть в анналы. По первой ссылке Австралия, 2020 год, 2 волны; но ввиду изолированности континента первая волна практически не в счет, она мала в сравнении со второй, т.ч. все данные ниже считай по 2-й волне. Сравниваем с Москвой. Пик 2-й волны в Австралии по заражениям 10 августа 2020, в Москве порядка 7 декабря 2020 (порядка оттого как 2 близких пика, между ними).
График заражений Австралия



Results

It was found that age-specific CFR rose from 2.9% at age 65 years (95% CI:2.2 – 3.5) to 40.0% at age 95 years (CI: 36.6 – 43.6). The estimated mean time between diagnosis and death was 18.1 days (CI: 16.9 – 19.3) and showed no evidence of varying by age (heterogeneity P = 0.97). The estimated 90% percentile of time to death was 33.3 days (CI: 30.4 – 36.3; heterogeneity P = 0.85). The final age-specific model provided a good fit to the observed age-stratified mortality patterns.

Среднее время от диагноза до смерти Австралия 18,1 дня (у нас по Москве 2-я волна 18 дней), доверительный интервал CI 16,9-19,3. 90% всех случаев смерти уложились в срок до 33,3 дня.

Ниже собственно распределение смертей по Австралии



Максимум на 11 днях, но вследствие скошенности СА как писано выше 18,1 дня.

Понятно что исследование было целевым, и располагая всей статистикой оценивались СА, доверительный интервал и строилось распределение, которое аппроксимировалось гамма-распределением.

Совпадение данных по Москве с данными по Австралии для одной и той же волны (второй) и одного вируса (уханьского) повышает доверие к сделанной оценке данных по Москве 1-я волна 13 дней и 3-я волна 12,5 дней (все СА).

Относительно доверительных интервалов СА. По Австралии определено СА +/-1,2. Но в Австралии пик смертей по 2 волне 150 в неделю, порядка 22 в день. В Москве по 1-2 волнам пик смертей 70-75 (офиц. данные), по третьей 105, по 2-й ~ в 3,3 раза больше чем в Австралии, т.е. точность доверительного интервала лучше чем в Австралии в 1,8 раза за счет большей выборки. Итого доверительный интервал по Москве на всех 3 волнах порядка +/-0,7 от СА или лучше. Разница между 13 и 18 значима.

[Dmitriy40]

ozheredov в сообщении #1536808 писал(а):

Тогда непонятно, для чего публикуются данные, если из них не сделать простейшие выводы (об эффективности вакцины, о приходе более злючего штамма, о том, что мы фсе умрём и т.п.)?

Простейшие выводы как раз сделать можно: больше или меньше заражается в день, растёт волна или падает, больше люди умирают или меньше, есть вирус в стране или победили, много ли людей вакцинировались, как быстро растёт это число, ...
А вот про вакцины вопрос уже совсем не простейший! Для грамотного сравнения вакцин или их эффективности нужно учесть: пол, возраст, "расу", место жительства, род занятий, пищевое поведение, место работы, наличие хронических заболеваний, применяемое лечение (не ковида), загруженность госпиталей в месте проживания, поездки каждого за пределы города, ... Часть из этих данных являются личными и публиковаться в принципе не могут. Не все они одинаково важны конечно, что-то можно усреднить (с потерей точности оценки). Если усреднить всё вообще и пользоваться только общими открытыми цифрами по городу/стране, то и точность будет "почти никакая" — т.е. возможно (это моё предположение!) зависеть от неучтённых факторов больше чем от используемых данных и выводы могут получиться совершенно любыми.
Но вопрос сравнения вакцин или их эффективности вообще говоря и не вопрос для дилетантов и обывателей, этим должны заниматься специалисты, которые как раз и имеют доступ (ограниченный и контролируемый, не "качай что хошь") ко всем этим данным.
О приходе более злючего штамма обычно делаются публичные заявления, этого достаточно. Если копнуть чуть глубже, есть открытые сервисы отслеживания штаммов в стране (отдельно по городам кажется нету). Т.е. этот вопрос легко выяснить любому желающему.
А вот вопрос с раскладкой данных (любых) по возрастам выяснить гораздо-гораздо сложнее, неизвестно почему они не публичны. Отрыжка секретности. Приходится пользоваться данными других стран, не столь закрытых.
Ну и хоть что-то публиковать должны же, иначе население взвоет (и обрушит экономику паническими закупками например) и ОМОН не справится с арестами. Пытаются найти устраивающий их (чиновников) баланс между секретностью всего и вся и демонстрацией демократии и открытости.

ozheredov в сообщении #1536808 писал(а):

то каким образом врачи на основе "личного полевого опыта" сделали вывод об уменьшении интервала "заболел - умер"?

Так ведь они то используют не вот эти открытые данные по Москве/РФ, а вполне наблюдаемые (ими) данные по конкретным госпиталям где они работают (посмотрите на заявления главврачей). Ну а Минздрав объединяет эти данные по всем госпиталям в стране и иногда публично что-то заявляет. Или учёные получают доступ к тем же внутренним данным госпиталей и уже сами обрабатывают статистику по стране и получают выводы. Но нам эта статистика недоступна. Дружно говорим спасибо любимым чиновникам.

ozheredov в сообщении #1536808 писал(а):

Возможно, на имеющихся в Яндексе данных (условно назовём её) "функция правдоподобия" имеет примерно одно и то же то же значение как на подтвержденных, так и на опровергнутых выводах?

Я не знаю. Зависит от функции. Именно этой оценки я и пытался добиться от автора, потому что усомнился в его выводах. Просто если это так, практически одинакова, то очевидно что вывод сделать нельзя (неизвестно есть ли зависимость).

ozheredov в сообщении #1536808 писал(а):

Но я не менее против манипуляций из уст известных личностей и рецензируемых журналов,

Ну, тут наверное надо различать пропаганду и научные данные. Ланцет, Натуре, ВОЗ, CDC, FDI — вряд ли они будут заниматься пропагандой (хотя ВОЗ изредка за этим замечена). Только надо различать личные мнения чиновников из этих организаций и официальную позицию организаций, иногда это очень разные вещи.
Телевизору лучше не доверять, по крайней мере без перекрёстной проверки по нормальным источникам. Меня например регулярно смешит как при падении Rt они радостно кричат об успехах, а при росте Rt дружно молчат, хотя колебания происходят каждую неделю из-за особенностей статистики Роспотребнадзора (о чём уже многократно говорилось).
Вопрос о выборе кому доверять сложный и затратный в смысле времени и усилий. И многократно разобранный. Тут у каждого путь свой.
Могу разве что поделиться своим (насколько вспомню прошлое): есть такой "Учёные против мифов", мне понравился самой идеей, соответственно выступающим там доверяю (если они не противоречат кардинально друг другу или научным представлениям); есть комиссия против лженауки при РАН, входящим в неё тоже доверяю (это как бы одна из лучших рекомендаций считаю); доверяю также и рекомендованным ими другим людям, если те не противоречат слишком сильно сложившейся картине (могу ведь и ошибаться); ну плюс официальные рекомендации ВОЗ. В принципе уже этого достаточно чтобы сформировать представление о текущих научных представлениях в медицине (и не только в ней). Не слушать кого-то одного, а объединять несколько источников в общую картину. И со всех кто ей противоречит требовать очень убедительных доказательств. Даже повторю: очень убедительных! (Может ещё и поэтому так прицепился к автору "ковидного года" и сезонности ковида, ведь это противоречит науке.)

PS. Хоть и отвечал на лично Ваши вопросы, но отвечал в общем для всех, получилось излишне много, но пусть — очень уж хорошие Вы вопросы задали, правильные.

[wrest]

Philipp
Мне кажется, вам стоило бы привести картинки где заражения и смерти на одном графике, и видно глазами задержку. Просто коэффициент корреляции это число бездушное, а графики это наглядно. Или, если у вас есть файлик, можно текстовый типа csv, с тремя столбцами: дата, число смертей по РФ, число смертей по Москве -- можете поделиться? Или показать на место, где он есть, чтоб добыть без бубнов?

И ещё -- а можно вас попросить сделать тож самое для Нью-Йорка (штата).

-- 29.10.2021, 11:07 --

Dmitriy40 в сообщении #1536844 писал(а):

Для грамотного сравнения вакцин или их эффективности нужно учесть: пол, возраст, "расу", место жительства, род занятий, пищевое поведение, место работы, наличие хронических заболеваний, применяемое лечение (не ковида), загруженность госпиталей в месте проживания, поездки каждого за пределы города, ...

Вы просто пишете объяснение, что любой сравнение заведомо будет неграмотным. Ну а неграмотным и доверия нет :)

[Dmitriy40]

ozheredov
Вот снова прекрасная иллюстрация о чём говорил: графику про Австралию верю даже без перепроверки (потому что похож на правду, а не потому что из научной статьи), выводам ниже про Москву — нет.

Philipp
А что говорит ваш Пирсон насчёт этого штата Австралии за тот же период? График похож на ваш московский или вот на этот из статьи?

Philipp в сообщении #1536841 писал(а):

Итого доверительный интервал по Москве на всех 3 волнах порядка +/-0,7 от СА или лучше.

Как-то слишком уж лихо. Не уверен что $\pm1.2$ получаются именно из величины выборки в $816$ случаев. Можете это пояснить? Если это общеизвестно то просто ткнуть куда смотреть.

wrest в сообщении #1536845 писал(а):

Вы просто пишете объяснение, что любой сравнение заведомо будет неграмотным.

Ну да, так и будет. Но дальше дополняю же что можно обобщать, но с потерей точности. Большой или малой — как уж получится (вплоть до "средней температуры по больнице"). Хочешь поточнее — предпринимай усилия для уменьшения погрешности. Вовсе не зря доверия учёным больше чем "любому с калькулятором". Что здесь такого ...

[Philipp]

wrest в сообщении #1536845 писал(а):

Philipp
Мне кажется, вам стоило бы привести картинки где заражения и смерти на одном графике, и видно глазами задержку. Просто коэффициент корреляции это число бездушное, а графики это наглядно. Или, если у вас есть файлик, можно текстовый типа csv, с тремя столбцами: дата, число смертей по РФ, число смертей по Москве -- можете поделиться? Или показать на место, где он есть, чтоб добыть без бубнов?

И ещё -- а можно вас попросить сделать тож самое для Нью-Йорка (штата).

Заражения и смерти на одном графике, Москва



Файлик. Это Москва, но там все регионы и страны

https://drdo.ru/koronavirus-rossiya/moskva/

Нью-Йорк принимается, позднее.

-- 29.10.2021, 15:47 --

Dmitriy40 в сообщении #1536850 писал(а):

Как-то слишком уж лихо. Не уверен что $\pm1.2$ получаются именно из величины выборки в $816$ случаев. Можете это пояснить? Если это общеизвестно то просто ткнуть куда смотреть.

Откуда же мне знать, как это австралийцы получили? Я даже статью толком не читал, прошелся по диагонали, только Results и графики с подписями. Полюбому у меня же нет доступа к их исходным данным. CI это доверительный интервал для СА, симметричный. А по Москве должен быть точнее как корень квадратный из выборки, при прочих равных условиях. Выборка больше, насчет условий не знаю. Тогда по умолчанию условия равны. Штамм вируса один, биологический вид тоже, разве погода чуть разная.

[Александрович]

Philipp в сообщении #1536851 писал(а):

Заражения и смерти на одном графике, Москва

Корреляция видна. Влияние вакцинации как-то не проглядывается.

[Philipp]

Dmitriy40 в сообщении #1536844 писал(а):

Меня например регулярно смешит как при падении Rt они радостно кричат об успехах, а при росте Rt дружно молчат, хотя колебания происходят каждую неделю из-за особенностей статистики Роспотребнадзора (о чём уже многократно говорилось).

Я за этим слежу, по Вестям ФМ. Они иногда действуют наоборот, молчат при падении и озвучивают при росте. О неработоспособности индикатора они знают, как и про наличие альтернативного робастного к скачкам. Вот ниже пример



А вот извлечение из ответа РПН за подписью зама РПН Ежловой, август 2020.



откуда следует, что к составлении отписки даже студента-второкурсника мехмата не привлекли. Полная безграмотность.

1. Наличие недельных изменений признается, но влияние их на показатель по 4 дням не признается. Это что? Тем более что 4 дня - примерно половина цикла, сравните синус с разницей фаз 180 градусов;
2. Непонимание того, что оценка что по 4 дням, что по 7 основаны на неизменном инкубационном периоде 4 дня, соответственно не меняется средняя оценка. Да и на графике выше это видно, разница в разбросе.
3. За достоинство индикатора (высокую чувствительность) выдается элементарный разброс за счет образа жизни населения (выходные) и особенностей работы и отчетности учреждений здравоохранения. Какое это может иметь отношение к принятию решений на основе индикатора, если от минимума до максимума 3-4 дня (половина цикла), а размах достигает 0,5; при 0,3 самое обычное явление. Так оно и велось - 17 октября Rt 1,42, а 21 октября уже 0,99. Вирус бы враз умер, если бы знал, что с ним так круто можно расправляться. При этом альтернативный изменился всего с 1,17 до 1,13. Очень объективно, рост замедляется (после заявления Собянина неделю назад, что проходим пик).

[Dmitriy40]

Philipp в сообщении #1536851 писал(а):

Полюбому у меня же нет доступа к их исходным данным.

А они выложены открыто. И в статье есть туда ссылка. Правда её содержимое я уже не проверял, но написано что все данные свободно доступны.

Philipp в сообщении #1536851 писал(а):

А по Москве должен быть точнее как корень квадратный из выборки, при прочих равных условиях. Выборка больше, насчет условий не знаю.

Вовсе не должен. Во первых потому что $\sqrt{816}\approx28.6\gg1.2, \sqrt{18.1}\approx4.3>1.2$ и значит CI зависит не только от объёма выборки (не понимаю почему для Вас это не очевидно), во вторых потому что сами признали:

Philipp в сообщении #1536851 писал(а):

Откуда же мне знать, как это австралийцы получили?

Хотя в статье про это написано, я вот заинтересовался и нашёл.

Т.е. Вы не хотите сравнить свой метод с правильным и так убедиться в корректности своего.
В итоге: Вы вообще плохо понимаете смысл что считаете и с какой достоверностью. Чисто жонглирование цифрами/методами. Как минимум иногда ошибочное. Пусть будет ИМХО.

[wrest]

Philipp в сообщении #1536851 писал(а):

Заражения и смерти на одном графике, Москва

Спасибо! Ну вот глазом видно, что пики волны июня 2021 разнесены на примерно 12 дней, а задние фронты - на примерно 18 дней.
Задние фронты волны января 21 года разнесены на примерно 27 дней.
Пики волны мая 20 года разнесены на 20 дней.

Про текущую волну (сентябрь 21 года) сказать труднее, но передние фронты разнесены на 13 дней.

Смотреть конечно удобней по фронтам или выраженным пикам.



Я так полагаю, что должны быть причины по разному запаздыванию переднего и заднего фронтов волны, которые хорошо видны на вашей картинке. Поэтому и Пирсон не уверен насчет среднего лага и даёт не острый пик коэффициента корреляции, а размазанный. Передний фронт на графиках показывает смертность самых слабых, кто быстро умирает. Задний фронт отодвигается самыми стойкими -- кто долго борется, поэтому задний фронт смертности сильнее отстает от заднего фронта выявлений. Дисклаймер для Dmitriy40 : это конечно не единственная причина размытия коэффициента корреляции, но вероятно одна из лежащих на поверхности.

Так же, из общих соображений ясно, что лаг между заражением и смертью весьма сильно разбросан из-за разных условий по здоровью заболевших, а так же получаемого ими лечения (ибо от лечения лаг тоже зависит: если не хватило ИВЛ, или на пике закончились лекарства/врачи/койки -- то умер раньше).

Какой-то "характерный" лаг для каждой волны/штамма надо смотреть, на мой взгляд, по переднему фронту. Вот он должен уменьшаться если штамм более злой, и к этому никто не готов.

[Philipp]

Dmitriy40 в сообщении #1536855 писал(а):

Вовсе не должен. Во первых потому что $\sqrt{816}\approx28.6\gg1.2, \sqrt{18.1}\approx4.3>1.2$ и значит CI зависит не только от объёма выборки (не понимаю почему для Вас это не очевидно), во вторых потому что сами признали:

Существенна выборка по смертям. Австралия 22 в день, Москва 70. Корень из отношения и есть увеличение точности. Процесс пуассоновский, дисперсия равна матожиданию.

-- 29.10.2021, 16:36 --

wrest в сообщении #1536856 писал(а):

Ну вот глазом видно, что пики волны июня 2021 разнесены на примерно 12 дней, а задние фронты - на примерно 18 дней.
Задние фронты волны января 21 года разнесены на примерно 27 дней.
Пики волны мая 20 года разнесены на 20 дней.

Про текущую волну (сентябрь 21 года) сказать труднее, но передние фронты разнесены на 13 дней.

Так корреляция шла вбивалась вся волна (1, 2 или 3, это 4, 5 и 4 месяца). Т.е. усреднялось все по фронтам и пикам в пределах каждой волны. А как иначе? Сегодня умираем через 10 дней, а завтра через 15?

-- 29.10.2021, 16:40 --

Dmitriy40 в сообщении #1536855 писал(а):

Т.е. Вы не хотите сравнить свой метод с правильным и так убедиться в корректности своего.

Цифры одни, метод описан корифеями. Ван дер Варден, Крамер, Кендалл, статьи Прохорова в энциклопедии. Я ж для себя считал, а не для Ланцета.

-- 29.10.2021, 16:45 --

wrest в сообщении #1536856 писал(а):

Так же, из общих соображений ясно, что лаг между заражением и смертью весьма сильно разбросан из-за разных условий по здоровью заболевших, а так же получаемого ими лечения

Так по Австралии и видно: при экстремуме 11 дней СА 18,1 дня, и у 10% умерших лаг свыше месяца.