То есть молекулы жидкости при постоянных давлении и температуре находится не на равновесном расстоянии?
Да!
Прямым образом - силы притяжения и отталкивания возникают вследствие взаимодействия электронных оболочек, которые изменяются при этом взаимодействии.
В общем, это верно, но можно рассматривать как усложнение модели, а модель можно исследовать и в простейшем варианте, и она уже будет показывать много интересного. Например, данная модель (с парным потенциалом, не зависящем от тройных и

-кратных взаимодействий) естественно обобщает газ Ван дер Ваальса, и в ней тоже есть жидкая и даже кристаллическая фаза, фазовые переходы, и чего нам ещё хочется.
Полагаю, что именно эта модель достаточно хорошо описывает вещества с атомными и молекулярными кристаллами и жидкими фазами.