Наука по своей природе не является противником религии.
Научная методология является противником религиозной методологии. Они принципиально несогласны в отношении к знанию, и в источниках знания. Наука считает знание выше веры, а религия - веру выше знания.
Врага веры из науки сделали идеологи Просвещения
Да хоспади, никто никого ни из чего не делал. Просто когда учёные начали выдавать рациональный взгляд на мир, эти идеи стали распространяться среди народа, и церковь столкнулась с трудностями в продвижении своих идей. А уж ораторы сделали это противостояние явным позже, когда оно уже достаточно далеко зашло, причём обе стороны постарались. Первоначально у науки (в том числе у идеологов эпохи Просвещения) была вполне благочестивая цель: Божье Творение и Божий Замысел познать Разумом (тоже дарованным Богом).
Если король - помазаник божий, то для обоснования буржуазной революции проще всего заявить, что Бога нет.
Большинство буржуазных революций совершалось вместе с переходом к протестантизму, а не к безбожию. Собственно, к нему вообще никто не перешёл.
Настоящий учёный должен всегда сомневаться, для него очередная теория не может стать доказательством несуществования сверхестественного существа, поскольку наука не изучает сверхестественное.
По-моему, вы позицию настоящего учёного понимаете неправильно, путаете её с позициями скептика и агностика. На самом деле, агностицизм - полная противоположность науке. Наука поклоняется знаниям, а не их отсутствию. Напротив, непознаваемость - это главнейший признак религии, центральный атрибут чуда. Наука
развенчивает "сверхъестественное", а не отходит вежливо в сторонку.