Возможно, моё впечатление о той теме (
Элементарная алгебра для отстающих) поверхностное, так как полностью её не читал, но выскажу предположение, что одна из главных причин затруднений у той девушки-топикстартерши - незнание правил определения порядка действий в алгебраических выражениях.
Про пример с синусами
Dedekind так ей и ответил: "Это просто приоритет выполнения операций." UPD: об этом там написал и
Лукомор.
В той теме много отвечающих, я туда не буду вмешиваться, но посоветовал бы отвечающим детально продумать подходящий текст и чётко и подробно написать всё о порядке действий. Т.е. ТС должна усвоить, что речь даже не "просто" о приоритете операций в данном частном случае, а что в алгебре вообще приняты строжайшие правила, которые надо выучить в первую очередь, железно помнить, и применять
во всех примерах.
Пока же ТС, по-видимому, смотрит на формулы как на слова обычного языка: просто читает буквы слева направо. Надо ей на примерах объяснить, что главное это скобки, т.е. надо сначала смотреть, есть ли скобки, и что есть внутри них. Скобки бывают внутри скобок внутри скобок и т.д., и действия внутри самых внутренних скобок выполняются в первую очередь. Простой одиночный аргумент функции часто пишется без скобок лишь для экономии типографских знаков, но скобки подразумеваются; а когда аргументом является сложное выражение, то скобки строго необходимы. Считается, что функции вычисляются до того, как с ними выполняются остальные действия, такие как умножение, сложение и т.п. И для этих действий тоже установлен строгий порядок: если не написаны скобки, то сначала делается возведение в степень (что можно рассматривать и как вычисление функции), затем умножение или деление, затем сложение или вычитание.
Это я написал сумбурно, навскидку, но надо бы подобного рода текст и примеры хорошо продумать и согласовать с изложением в школьных учебниках. Может быть, если такого рода правила подробно перечислить в той теме, да с разнообразными примерами, то это и будет почти вся школьная алгебра; а ТС, если их выучит, то из "отстающих" сразу превратится в "успевающую" :)
Калькулятор, конечно, не годится для пояснений; это чёрный ящик. А "счётные палочки", или, что намного удобнее для самостоятельных экспериментов, - клетки на школьной тетрадной бумаге "в клеточку", - очень даже годятся. И для рисования графиков, и для иллюстрации несложных действий. Пример:

Вспомнился ещё наглядный пример из какой-то книги, которая попалась на глаза в молодости (и сразу тогда поверил, что суммы бесконечного количества слагаемых бывают конечными; тем самым парадокс Зенона об Ахиллесе и черепахе отпал :)
Вообще визуализации не только полезны, а и, наверное, необходимы для освоения математики на простом физическом уровне понимания: "тригонометрический круг", график параболы в связи с корнями квадратного уравнения, вообще графическая иллюстрация решений уравнений, ученик должен обязательно строить и изучать графики функций (в этом деле калькулятор может быть полезен). В дальнейшем - производная функции как "наклон касательной к графику", определённый интеграл как "площадь под кривой". Векторы - как "стрелочки" на чертежах, со своими правилами действий. Комплексные величины тоже допускают наглядное представление - "стрелочки" на плоскости.