генотип современных сельскохозяйственных растений существенно отличается от генотипа их предков
Вопрос, что такое "геном существенно отличается", нетривиален.
Возьмем исходный геном

.
Получим из

новый геном

с помощью мутационной селекции. В нем образовалось 300 аллелей, кодирующих новые белки. Аллель, напомню - это вариант гена, отличающийся немногими нуклеотидными заменами/выпадениями/вставками. Это 300 новых белков, но каждый из них очень похож на предковый.
Теперь получим из

новый геном

с помощью генной инженерии. В геноме

появился один новый ген, кодирующий совершенно новый для растения белок.
Какой геном -

или

- сильнее отличается от исходного генома

? Какое растение надо тщательнее проверять на пищевую безопасность? Какое из них, оказавшись в дикой природе без ограничений на размножение, может вызвать большие экологические последствия? А если в геноме

не 300 новых аллелей, а полиплоидия, что как раз характерно для многих культурных растений?
Я не знаю ответа. И подозреваю, что универсального ответа просто нет, все зависит от деталей.
Однако замечу, что экологические страхи могут быть преувеличены. Вольно обобщая No Free Lunch Theorem, можно сказать, что одно и то же изменение вряд ли оптимизирует геном по нескольким независимым измерениям. И если мы нацелены на урожайность или пищевую ценность растения, то вряд ли мы случайно повысим еще и выживаемость в дикой природе. Что и подтверждается многовековым опытом традиционной селекции и уже без малого вековым опытом мутационной: это поля нужно тщательно защищать от сорняков, а не наоборот.
Да, проблема инвазивных видов существует. Но почти всегда это
дикие виды, случайно или намеренно занесенные в другую экосистему, а не одичавшие культурные виды. Единственное исключение, которое я сходу могу вспомнить - кошки в Австралии.