Коронавирус

[Yadryara]

Да, пришёл очень заразный, но зато очень низколетальный омикрон.

[Dmitriy40]

Не слишком надейтесь на низкую летальность: если он заразнее в $5$ раз, а летальность ниже в $3$ раза, то умрёт в $5/3=1.67$ раз больше. Пересилит ли снижение летальности повышение заразности ещё большой вопрос.
В Италии, Испании, Франции, Израиле, Аргентине, Англии смертность таки пошла вверх на фоне всплеска заражений омикроном. А в Германии, Турции, да и США не пошла.

[EUgeneUS]

Osmiy в сообщении #1546567 писал(а):

А что происходит?

"Яжеговорил"
Несколько страниц назад делал прогнозы про подъем во второй половине января-феврале из-за омикрона.

-- 20.01.2022, 17:30 --

Yadryara в сообщении #1546584 писал(а):

, пришёл очень заразный, но зато очень низколетальный омикрон.

Слова "низколетальный омикрон", подразумевают, что пониженная летальность - это свойство омикрона.
Однако, это далеко не факт. Фиксирумая низкая летальность может оказаться свойством популяции хозяев.

[wrest]

Dmitriy40 в сообщении #1546592 писал(а):

А в Германии, Турции, да и США не пошла.

В США - пошла. Но не резко. Отдельно в штате Нью-Йорк тоже пошла вверх, и резче чем в целом по стране.

До Германии и Турции омикрон ещё толком не добрался, они примерно в нашей "фазе".

Вообще такое впечатление, что волна омикрона хотя и с очень крутым фронтом, но продолжительность будет существенно меньше предыдущих и спад тоже будет крутым.

[GraNiNi]

wrest в сообщении #1546599 писал(а):

Вообще такое впечатление, что волна омикрона хотя и с очень крутым фронтом, но продолжительность будет существенно меньше предыдущих и спад тоже будет крутым.

Посмотрев на динамику изменения Rt по регионам, осторожно скажу, что есть предпосылки к началу спада, который проявится в ближайшие дни.

Но здесь есть некоторая неоднозначность.
Как я уже ранее отмечал, как и в прошлом году, в начале января начался рост количества инфицированных (старым штаммом) за счет новогодних контактов и "переселения народов" в праздники. Но если в прошлом году эта вспышка затухла к концу января, то в этом году на нее наложилась новая волна о-микрона.

В связи с этим непонятно как проявится падение волны предыдущего штамма (дельты) на фоне нового (о-микрон). То есть, возможно, что ожидаемый перегиб и спад - это региональное явление так как соотношение старого и нового штамма в разных регионах - разное и изменение его во времени происходит по-разному.

[wrest]

Скажите какой вообще механизм "вытеснения" одного штамма другим? Чем должны отличаться штаммы для вытеснения? Может ли быть так, что после волны омикрона через полгода опять придёт волна дельты?

[Dmitriy40]

wrest в сообщении #1546696 писал(а):

Скажите какой вообще механизм "вытеснения" одного штамма другим?

Эволюционное преимущество в скорости распространения в конкретной популяции. Не обязательно всегда связана со свойствами самого вируса, так же зависит и от свойств популяции.
Быстрее распространяются те варианты, которые либо более заразны, либо хуже блокируются/убиваются иммунитетом, либо быстрее воспроизводятся в клетках хозяев, либо комбинации всего этого. Чем больше вирионов конкретного варианта выжило и передалось дальше, тем быстрее он захватывает популяцию, не оставляя свободных хозяев другому варианту (если они конкурируют за одних и тех же хозяев, что с омикроном не совсем так).

wrest в сообщении #1546696 писал(а):

Чем должны отличаться штаммы для вытеснения?

Скоростью распространения или ареалом возможных хозяев. А вот на это может влиять многое как в самом вирусе, так и в популяции хозяев.
В вирусе: уход от антител (разными способами), повышенная скорость воспроизводства в клетках, более лёгкое проникновение в клетки, ещё что-то. Летальность (не слишком высокая) впрямую не влияет, лишь косвенно через поведение хозяев.
У хозяев: доля иммунных, карантинные меры.

wrest в сообщении #1546696 писал(а):

Может ли быть так, что после волны омикрона через полгода опять придёт волна дельты?

Точно этого пока непонятно, что омикрон может придти вслед за дельтой это да, а вот наоборот ... Пока статистики слишком мало для уверенных выводов. Некоторые основания для такого развития событий есть, но достаточно ли их увидим через пару-тройку месяцев (или типа в течение месяца по лабораторным исследованиям именно этого вопроса, активности антител к омикрону против дельты, пока это вопрос второго плана, важнее обратный вопрос, про антитела к дельте против омикрона).

Почему омикрон приходит после дельты: он расширил себе "кормовую базу" за счёт заражения иммунных (привитых или переболевших прошлыми вариантами). Пока дельта идёт по неиммунным, омикрон быстренько её обгоняет сбоку через иммунных. Дельта же может придти после омикрона только если антитела к омикрону не будут хорошо узнавать и дельту. Таких хороших исследований пока не припомню.

[Red_Herring]

wrest в сообщении #1546696 писал(а):

Может ли быть так, что после волны омикрона через полгода опять придёт волна дельты?

Заметим, что Дельта хорошо блокируется существующими вакцинами. Т.ч. вряд ли--в хорошо вакцинированных странах.

[ozheredov]

Dmitriy40 в сообщении #1546758 писал(а):

вирус мутировал во вполне определённой внешней среде (в человеке или ограниченной тесной популяции с подавленным иммунитетом, например ВИЧ, но не обязательно именно им, может и онкобольного под терапией, просто в Африке ВИЧ сильно больше онкобольных потому и такая вероятность выше). Даже гипотеза про промежуточное животное сильно менее убедительна. Только про эти указания не говорят и не пишут в общих СМИ, это весьма специфичные знания в вирусной биологии и мутагенезе

Получается, что носитель ВИЧ все же опасен даже для тех, кто не имеет половых связей с этим носителем? Как инкубатор для размножения всякой мутирующей заразы. Если мне не изменяет память, всегда говорили об обратном (т.е. об абсолютной неопасности ВИЧ-инфицированных в отсутствии полового контакта).

[Dmitriy40]

ozheredov в сообщении #1546772 писал(а):

Если мне не изменяет память, всегда говорили об обратном (т.е. об абсолютной неопасности ВИЧ-инфицированных в отсутствии полового контакта).

Вероятно так говорили про передачу конкретно СПИД/ВИЧ. Но люди с ВИЧ ведь тоже болеют и другими заболеваниями, с чего бы им не участвовать в цепочках передачи других вирусов или бактерий ... А об опасности возможного ускорения эволюции вируса в таких людях говорили давно, это как бы очевидно для биологов.

Насколько они реально опасны в плане инкубатора других вирусов/бактерий вопрос сложный, я сказать не готов. Ведь иммунитет может и убить вирус, получаемое лечение может его убить (заодно со своей целью), человек может находиться в больнице и не иметь путей передачи вируса, он может помереть (не обязательно от ВИЧ) не передав вируса дальше, другие вирусы могут заметить врачи и полечить и их тоже, и т.д. Куча возможных вариантов. Но и поле деятельности огромно — чуть не вся Африка с частью Азии.
Конкретно про ковид ещё в 2020 были случаи многомесячного присутствия вируса в организме человека с подавленным иммунитетом (не помню ВИЧ или что-то другое), в развитых странах, в больнице конечно. Писали про 9 месяцев, потом как-то вектор интереса сместился и новости поутихли. Так что ничего в этом удивительного нет.
С омикроном сложились сразу несколько несчастливых факторов: и лечили (если вообще лечили) недостаточно хорошо, и контактов долго не было (не видели промежуточных штаммов), и иммунитет ослаблен "в плепорцию" и чтобы не убить вирус и чтобы не позволить ему убить носителя, и мутации с повышенной летальностью или не образовались или не выжили. И всё это в течение года или больше. Можно считать не повезло (нам всем), а можно считать сами допустили такую возможность (медленной вакцинацией, дали время ему накопить много мутаций, перепробовав миллиарды вариантов мутаций во всей популяции).

[ozheredov]

Dmitriy40
Я собственно вот почему спрашиваю. Есть например прокаженные, которым запрещено бывать на людях. И есть вичи, на которых вроде бы особых ограничений нет. В общепит может их и не возьмут, но в общем случае я могу стоять-сидеть-здоровкаться с вичом, и по общепринятым (поправьте, если не так) концепциям это нормально и я вне опасности - не сплю же я с ним, и ладушки. Поэтому вичей особо не изолируют. Но тут вдруг всплывает Ваша информация, согласно которой (опять же если я правильно понял) вич может и не опасен как вич, но может выступать в роли hardware, на котором вовсю работает эволюционный алгоритм выращивания убер-приспособленного и ничем не берущегося вируса с возможно весьма неприятными последствиями. Следует ли из этого, что вичей нужно на самом деле строго изолировать, и все такое?

[Dmitriy40]

ozheredov
Следует ли изолировать ВИЧ положительных я не скажу: это вопрос не медицинский, а больше политический (этический, моральный, экономический, юридический, ещё какой).
Но Вы не забыли ли что этих вот ВИЧ+ миллионы и миллионы? И не только в далёкой и страшной Африке, но и в РФ к примеру. Это первое.
Второе, вовсе не факт что хоть сколько то из них всех реально представляют угрозу. Ведь для этого надо совпадение многих условий (включая и отсутствие здравоохранения и несоблюдение ограничительных мер). В результате реально опасным может быть к примеру один из десятков/сотен миллионов ... Но его изолировать не получится потому что непонятно кто из них, этих миллионов, опасен. В РФ же медики работают не столь плохо как в Африке и может оказаться что таких условий для вируса не сложится вообще (во всяком случае ни один из десятков наших эндемичных штаммов заметного распространения за пределами страны так и не получил).
В третьих, кроме ВИЧ+ есть ещё онкобольные под терапией, есть с пересаженными органами, есть ещё кто-то с подавляемым иммунитетом. Многие из них как бы здоровы, их то за что изолировать.
В четвёртых, эволюция вируса идёт быстрее не только в иммунодефицитных людях, но и в частично иммунной популяции, хоть и медленнее чем в одном человеке, зато вирус приобретает больше вредных для нас свойств (учится лучше передаваться, меньше проявляться до пика заразности, дольше сохранять заразность) — а РФ пока ещё как раз и является такой популяцией. Так что ещё вопрос кто опаснее, несколько ВИЧ+ человек в стране в подходящих условиях или вся полуиммунная страна.
В общем трудно сказать насколько эта опасность реальна и превышает другие. Омикрону очень сильно повезло, как и бете с дельтой (хоть им и не так сильно).
Впрочем можно считать всё это моими дилетантскими соображениями.

[EUgeneUS]

wrest в сообщении #1546696 писал(а):

Скажите какой вообще механизм "вытеснения" одного штамма другим? Чем должны отличаться штаммы для вытеснения? Может ли быть так, что после волны омикрона через полгода опять придёт волна дельты?

Все "быстрые" заболевания, то есть которые оканчиваются за время, небольшое относительно времени жизни носителя, элиминацией патогена, как правило, имеют или волнообразный характер распространения, или характер вспышек.
Поэтому встаёт вопрос: спад заболеваемости одним патогеном (скажем, "дельтой") как-то связан с ростом заболеваемостью другим патогеном (скажем, "омикроном"), или это независимые процессы?
Говорить о "вытеснении" можно только, если спад заболеваемостью "неудачника" был как-то ускорен распространением "более успешного".
Это может происходить (и скорее всего происходит в данном случае), например, если иммунитет после одного патогена увеличивает защиту от другого (забыл, как называется это явление).
Тогда оба патогена конкурируют за одну и туже не иммунную долю популяции, а более успешный "выедает" не только свою "кормовую базу", а и "кормовую базу" конкурента.

[vpb]

EUgeneUS в сообщении #1546793 писал(а):

если иммунитет после одного патогена увеличивает защиту от другого (забыл, как называется это явление).

Называется, что довольно естественно, "перекрестный иммунитет" ("cross immunity", по-ихнему).

[EUgeneUS]

vpb

(Оффтоп)

vpb в сообщении #1546863 писал(а):

Называется, что довольно естественно, "перекрестный иммунитет" ("cross immunity", по-ихнему).

Да, согласен, этот термин подходит. Я что-то зациклился на названии свойства антител.