Хорошо, а разве философия не может быть математической, т.е. сформулирована на математическом языке?
Философия — это же не только «логическое рассуждение», это ещё и естественным образом присущая рассуждению как виду деятельности тематика (темы общего характера, к согласию в которых можно прийти просто через обмен мнениями), которая, в свою очередь, сама собой подразумевает естественный язык. Поэтому если эти условия соблюдены и математика только дополняет суждения на естественном языке (или речь идёт о самой математике, как области знания), то это философия, а назвать ли её просто философией или математической философией — это на усмотрение автора, по-моему. Если не соблюдены, то это математика. Но вообще точные границы может быть сложно провести.
Если вы так это понимаете, то, нет, наука работает иначе. Дерево остаётся деревом, но в некоторых условиях может катиться по ветру.
Остаётся явление (например тяготение), которое описывает старая теория, то есть остаётся сам мир, который описывают все теории. Но описание его меняется. Было дерево, стал бизон. Бизон дерево не уточняет, так как это существенно новое представление о мире. Но бизон уточняет границы применимости дерева — теперь они стали более узкими, потому что теперь нам понятно, что дерева нет — это был бизон, просто пока мы сильно на него не давили, мы этого не замечали. В то же время пока мы сильно не давим, бизона можно для простоты продолжать считать деревом.
И точно так же бизон не опровергает дерево, так как никакое знание не истина. А «не истина» может быть только большей или меньшей. Соответственно новые теории просто лучше удовлетворяют потребности, чем старые, и потому кажутся нам более разумными.
У физиков понятие реальности немного иное, и никакой "субъективной реальности" не существует вообще, поэтому, нужно различать термины из различных областей.
Математика абстрактна, наука конкретна. Это их и достоинство, и недостаток. Философия в этом смысле не так абстрактна, как математика, и не настолько конкретна, как наука, но в результате она позволяет исследовать явления, для изучения которых эксперимент или в принципе неприменим, или, может быть, пока неприменим. В последнем случае философия аккумулирует знания, нарабатывает идеи, подготавливая почву для науки.
И субъективная реальность как раз пример того, как философия, работающая уже на уровне общих представлений и минимума конкретных знаний, уже занимается тем, к чему наука или пока не знает как подступиться, или вообще не сможет это сделать. Я о том, что субъективный мир есть, но какова его физическая основа — как эмоции и ощущения возникают «в нейронах», совершенно непонятно. Собственно из-за чего «субъективной реальности» и не существует в физике, как вы справедливо заметили.