Из моего опыта работы с Windows мне кажется, что каждая из двух окошек будет считать своим родным диском C, а остальные диски - как б*г на д*у положит. То есть, диск С не есть аналогом какого-нибудь /dev/sda1, и я не видел ещё свежеустановленной (без манипуляций с переносами системных папок) Windows, которая была бы установлена не на С:.
Тут я Вас не понял. У меня один жесткий диск с двумя разделами, C и D. На C уже установлена Windows, я хочу установить ещё одну. Программа установки спрашивает, куда будем устанавливать. Я, естественно, указываю D. Установка проходит нормально, и мы имеем свежеустановленную Windows на D.
Кстати, моя вредная программа, когда я попытался её установить в той Windows, что на D, поместила, ни о чем не спрашивая, часть файлов в C:\Program Files\Extra, часть в D:\Program Files\Extra. Вполне возможно, что и половина dll ушла в C:\Windows\System32, а половина в D:\Windows\System32.