Вместе им не ужиться?

[Dmitriy40]

Можно попробовать и самый простой подход: использовать программы типа "Песочницы" (например https://ru.wikipedia.org/wiki/Sandboxie), если их задействовать уже на этапе установки нужной программы, то все файлы, все драйверы и всё-всё-всё будет положено не в папку винды, а отдельно. Повторив установку с сохранением в другое место получим две (три, 4, ...) независимые копии программы. Наверное. Я не уверен, надо пробовать на конкретной программе.