Это может быть решением, но, пожалуйста, добавьте немного подробностей.
Какого рода подробности вам нужны? Я же не знаю, каков ваш опыт работы с виртуальными машинами. Да и у меня не особо богатый, на самом деле.
Если вкратце, то суть такова:
можно грабить корованы ставите, например, VirtualBox (он бесплатный), запускаете его, потом создаете там новую систему, проходите процесс инсталляции ОС - и вот уже у вас готова независимая от внешней системы внутренняя чистая ОС. Дальше создаете в VirtualBox столько систем, сколько вам нужно, они будут работать независимо (можно, кстати, не ставить каждый раз заново, а копировать уже готовые системы). Если оперативной памяти достаточно, то можно даже сразу несколько систем запускать.
Более-менее стандартное внешнее оборудование (дисководы, флешки и т. п.) подключается без проблем, что будет с вашей спецаппаратурой - не могу сказать, пробовать надо.
-- 26.07.2016, 14:55 --А, еще уточните заранее, умеет ли ваша программа определять, что запущена на виртуалке и отказываться от работы в таких условиях (некоторые программы так делают - и не из-за фундаментальных ограничений, а из-за вредности разработчиков).