Я так подозреваю, непонимание крутится в области того, что:
В 1 случае я могу представить что происходит со световой волной когда она проходит через кристалл, периодическую структуру, голограмму например.
- здесь речь идёт о волне большой длины, и о хиральной структуре (кристалле) тоже больши́х размеров, бо́льших, чем длина волны. Таким образом, можно представить себе хиральное взаимодействие структуры с волной на классическом уровне.
А в случае молекул, молекула по сравнению с длиной волны сама по себе крошечная, но всё равно её поворачивает! Здесь не обойтись без квантового уровня, представляя себе волну как фотоны, и взаимодействие молекулы с отдельными фотонами - только фотоны начинают молекулу "чувствовать".
Это примерно та же разница вопросов, как между отражением-поглощением от диэлектрика/проводника, и рассеянием/поглощением в среде, где каждая частица умеет отражать или поглощать фотоны света. Или скажем, как между давлением света на проводник, и давлением света на непрозрачный раствор в прозрачном растворителе.