Ну конечно, я в этом утонул. Но интереснее всего, конечно, не дополнительная информация, а замечания по методике и выводам, степени уверенности и стабильности.
Но увидев деревья с взвешенными длинами ветвей, я, кажется, начинаю понимать, в чём проблема. Точки ветвления у корня расположены очень тесно. Например, на Fig. S6 точки ветвления групп от Protostomia до Chordata. Они там почти сливаются по горизонтали. То есть, исходные точки этих ветвей все очень близки друг к другу. А нынешние конечные точки очень далеки от этой общей "точки схождения".
То есть, получается аналог того, как если что-то мелкое разглядывают издалека, в телескоп. Причём, сразу со многих сторон во много телескопов, от современных геномов проведено множество линий. Но все они на таком далёком расстоянии "работают" на пределе разрешающей способности, и показывают что-то очень смутное.
Я бы из этого сделал научный вывод, что во-первых, не надо так сильно зацикливаться на взаимной состыковке таксонов верхнего уровня, можно оставить их хотя бы временно в "неопределённом положении", раз уж не получается, объективно, из-за того, что реальные данные этому препятствуют. А во-вторых, может быть, конкретные детали, кто от кого происходит, и не слишком принципиальны. Раз геномные различия между последними общими предками разных групп столь невелики, возможно, что и сами эти LCA были биологически весьма схожи, а различия между ними, впоследствии игравшие ключевую роль, на том этапе были малозначащими. И может быть, стоит объединять их в некоторое "облако", скажем, примитивных Bilateria, и стремиться выяснить общие черты их биологии как группы.
Вообще, как мне кажется, биологов давно подводит преувеличенно серьёзное отношение к своему филогенетическому дереву. Давно пора понять, что это не высшая истина, к которой надо стремиться, а инструмент, помогающий разобраться в разнообразии живой природы. И относиться к нему надо свободнее, как к инструменту, который как захотим, так и заточим. Никто не сказал, что он должен изображать родственные связи, только родственные связи, и ничего кроме родственных связей. Никто не мешает строить градуалистское дерево вместо кладистического, явно это оговорив. Никто не заставляет рассовывать предков по тем таксонам, которые были выделены для потомков. Никто не заставляет вообще пытаться выразить разнородную информацию в одном дереве, почему бы не строить несколько параллельных, в чём-то близких, а в чём-то несовпадающих, например, кладистическое и градуалистское? Наверное, когда-то во времена Линнея подобная унификация и стандартизация помогала, но сейчас она иногда мешает. Например, сравнительно непродвинутые организмы, с неразнообразной экологией, оказываются вознесены на верхние этажи таксономии, просто потому, что их родственники случайно оказались сильно продвинутыми и разнообразными. Это просто несправедливо :-) В том смысле, что даёт им неадекватную оценку в системе знаний, и отвлекает акценты.
Впрочем, я эти взгляды высказывал в частном порядке, знакомые биологи кивали, и на этом всё заканчивалось :-)
-- 11.09.2012 18:51:03 --Да, про получение доступа к недоступным статьям. Не знаю, что на меня нашло, и я стал прятаться, но, оказывается, рецепт давно есть на dxdy.ru
Да, спасибо, я им и воспользовался, но в текст ещё не вчитывался. Вообще биологические тексты читать очень тяжко. Совершенно незнакомая терминология, перегруженная латинизмами, да ещё и устроенная иначе: множество частных слабо связанных терминов, вместо компактной плотно связанной системы. Предназначена для массового заучивания.
На неё ссылается предыдущая статья. Так вот, обратите внимание, что немертины с брахиоподами здесь являются сестринской группой моллюскам, а кольчецы для них внешняя группа. В элементовской статье они сестринская группа кольчецам, а моллюски внешние. И всё это с хорошей статистической поддержкой
Так ли важно, что там вдалеке: кольцо за Сатурном или Сатурн за кольцом? "Статистическую поддержку", значит, переоценивают. Жаль. Надо ждать, когда можно будет обработать не 100 видов (77, 94), а скажем, 1000.
Кстати, статья 2009 ссылается на Dunn et al. 2008, а статья 2011 - соответственно, на Hejnol et al. 2009 :-)
Чем они хуже приапулид, которых включили в исследование?
