Вроде условия одинаковые, а воруют по разному?
Условия отнюдь не одинаковы. Если шарики изначально соприкасались, т.е. если расстояния между точками подвеса было чуть-чуть, но меньше диаметра шариков, то процессы сминания контактных участков для разных пар шариков накладываются друг на друга по времени. Начинаются они, говоря формально, одновременно (естественно, в пренебрежении временем распространения одной волны вдоль шарика, которое много меньше времени существования контакта). А заканчиваются по очереди: сначала примерно останавливается первый шарик, потом второй и т.д. Причём останавливаются именно лишь примерно: в рамках этой модели остаточные скорости будут вполне заметно ненулевыми, хотя и гораздо меньшими, чем скорости крайних шариков.
Если же изначально между шариками были хоть маленькие, но зазоры (а если их не было, то уже после первой серии столкновений они неизбежно появятся по вышеуказанным причинам), то передачи энергии будут не полными хотя бы потому, что столкновения не идеально центральны. И дальше неполнота будет лишь усиливаться (т.е. энергии средних шариков увеличиваться, крайних уменьшаться) хотя бы по чисто статистическим причинам -- примерно тем же, по которым стремятся к максвелловскому распределению скорости молекул идеального газа.
И всё это даже если пренебречь неупругостью столкновений.