Но второй закон допустим не выполняется в некоторых случаях квантовой механики
Это в каких, нельзя ли поподробней? В случае уравнения Шрёдингера аналог второго закона Ньютона выполняется всегда, см. ЛЛ-3 § 19.
В то же время, второй закон имеет более менее интуитивно ясную философскую идею в отличие принципа минимума.
Она просто привычна со школы, вот и кажется, что она "более-менее интуитивно ясная". А принцип наименьшего действия знаком вам меньше времени. Если вы будете с ним иметь дело на протяжении лет пяти, он вам тоже будет интуитивно ясен.
Плюс, рекомендую заглянуть в фейнмановский интеграл по траекториям - он как раз объясняет возникновение принципа наименьшего действия аналогично возникновению принципа Ферма в оптике из принципа Гюйгенса и законов дифракции Френеля.
Человеческие органы чувств имеют определенный диапазон чувствительности, а сам человек тоже имеет вполне определенные размеры. Поэтому ему даны в ощущениях те вполне определенные приближения законов природы, которые он считает "базовыми".
На самом деле, даже они не очень-то "даны в ощущениях". Они вдалбливаются в школе, с многочисленными демонстрациями "ложной интуиции", а двоечниками - и не вполне усваиваются. Не изуродованная образованием интуиция гораздо наивнее. Например, её описывал Гарднер на примере американских студентов: отпущенный на ходу груз будет падать вниз, а не вперёд, раскрученный на нити и отпущенный груз полетит по кривой дуге, а не по прямой, и т. п. Это очень похоже на механику до Галилея и Ньютона, на представления Аристотеля и Буридана.
На самом деле, законы Ньютона очень неинтуитивны. Почему движение задаётся через производные по времени, а не по пространственным координатам? Так думали столетия до Галилея, и сам Галилей поначалу, и только потом нашёл ложное следствие из такой мысли. Почему внешние условия определяют вторую производную, а не первую? С этой проблемой работал Ньютон. Почему взаимодействия тел парные? Почему получающаяся система уравнений замкнутая? И т. д. и т. п.