"Равные объекты" - это "один и тот же объект". Равенство - это формализация понятия "одно и то же". В формальной теории, наверное, ничего другого и не придумать. Не забывайте ещё, что в формальной теории мы имеем дело не с самими объектами, а с их именами, просто мы обычно имеем в виду некоторую более или менее содержательную интерпретацию (модель), и проецируем всё на эту интерпретацию.
Если бы речь шла об именах, то все было бы легко и просто. Есть один объект и у него различные имена. Но Френкель отстаивает именно позицию двух множеств:
Он рассмотрел в книге "Set Theory and Logic" множество

и множество

всех степеней алгебраических уравнений разрешимых в радикалах. Очевидно, что

. Но также справедлива фраза "в восемнадцатом веке было неизвестно, что множество

равно множеству

". А заменив в этой фразе букву
D на букву
F, получаем абсурд (absurdity).
Это в "Set Theory and Logic" на странице 5. А теперь представим себе, что выше приведенный пример переделан так, что множества

и

пусты, тогда по смыслу их должно быть два. Это я и имел в виду.
Теперь к Вашей фразе: «В формальной теории, наверное, ничего другого и не придумать.» А почему вместо рассмотрения равных множеств не рассмотреть неравные? Например, так:
Определение IIа'.

называется отличным от

(

) тогда и только тогда, когда существует

для которого

и

, или

и

, то есть существует множество, которое содержит одно из множеств

или

, но не содержит другое. И если

не отличен от

, то

называется равным

(

) (или множества

и

называются равными).
В существовании двух неравных множеств сомневаться не приходится, а то, что называется «равными множествами» объявить «в точности» одним множеством.
Но у меня есть и более радикальная идея. Рассмотрим, что вводится в системе

до определения равенства и аксиомы объемности. «В нашей системе, которую мы отныне будем называть

, имеется, таким образом, лишь один конкретный <specific> неопределяемый предикат(ный символ)

Все ее атомарные предложения имеют вид

Вместо

мы будем обычно писать
Определение I ... Если для всех

влечет

мы будем говорить, что

есть
подмножество 
(или
включено в

если к тому же есть по крайней мере одно такое

что

но

то мы будем говорить, что

есть
собственное подмножество 
(Отношение включения.) Соответствующие символы суть

и
Из определения I немедленно следует
Теорема. Каждое множество есть подмножество самого себя

и

влечет

Иными словами, отношение

рефлексивно и транзитивно. В то же время отношение

иррефлексивно, асимметрично и транзитивно» Абрахам Френкель, Иегоша Бар-Хиллел "Основания теории множеств". Издательство "Мир" Москва 1966. Страница 46.
Практически введен предикат принадлежности и рассмотрены его немедленные последствия. Причем множеств у нас ещё нет и даже, определив их равенство, и, введя аксиому объемности, мы все еще не увидим ни одного множества.
А теперь вместо определения равенства и аксиомы объемности введем аксиому выделения. Докажем с её помощью теорему о существовании общих элементов и с помощью пересечения множеств рассмотрим в какие возможны соотношения множества.«Аксиома (V) выделения <Axiom of subsets>. Для любого множества

и любого одноместного предиката

имеющего смысл («определенного» <definite>) для всех членов

множества

существует вполне определенное множество, содержащее в точности те члены

множества

которые удовлетворяют предикату

(для которых выполнено условие

» "Основания теории множеств". Страница 55.
По-моему эта аксиома может быть введена первой и от четырех предыдущих не зависит (поправьте меня, если я вру).
А теперь теорема об общих элементах. «Теорема 3. Для любых двух множеств

и

существует вполне определенное множество членов, содержащихся как в

так и в

...
Доказательство.

может быть определено как подмножество множества

соответствующее условию

в аксиоме V.» "Основания теории множеств". Страница 61.
Для доказательства в две строчки ничего кроме аксиомы выделения и предикатного символа принадлежности не понадобилось.
И теперь можно определить неравные множества как множества
и
по крайней мере в одном из которых найдется хотя бы один член, не входящий в их пересечение. Если же такого не найдется, то пересечение и есть множество
и
одновременно (один и тот же объект).