Направленность заключается в том, что, систематически не долечиваясь, мы предоставляем устойчивым к антибиотикам болезнетворным бактериям репродуктивное преимущество (о котором, кстати, шла речь в пункте 1), по сути, искусственно создаём им экологическую нишу, которой при отсутствии лечения антибиотиками не было бы.
"Направленность" заключается не в том, что кто-то нарушает предписания врачей или занимается самолечением.
"Направленность" заключается в том, что среда изменилась, и репродуктивное преимущество теперь получают особи не со среднем значением признака. Что приводит к движущему, он же направленный, отбору.
А уж по каким причинам среда изменилась - это, "применительно к макроэволюции" особого значения не имеет.
Конечно, если мы хотим как-то на эти процессы повлиять, то выяснение этих причин уже имеет большое значение. Но это совсем другая история.