В пересечениях множеств уже содержатся какие-либо элементы,разве нет?
Может быть да. Может, нет. И что?
Формула не о множествах, а о количестве элементов в них.
Пусть есть три множества A,B,C

Берем формулу включений/исключений

То есть,сначала складываются множества по отдельности,затем вычитаются попарные пересечения,затем прибавляется тройное пересечение
Заменим множества на элементы в них
То есть:

Отсюда видно что некоторые элементы учтены несколько раз(1,6,8,9)
Значит вычитаем попарные пересечения:

Теперь осталась пустая зона тройного пересечения {1}
Добавляем ее:

Получается:

Формула включений/исключений работает на множества и на элементы в них