цифровое моделирование эволюции

[kry]

diletto в сообщении #1487783 писал(а):

Сколько раз люди уже слышали, что полёт должен быть машущим, корабль - деревянным, а робот - двуногим...

Я не знаю, сколько раз и что кто-то там слышал, но, как биолог по образованию, я вынужден выступать в качестве Капитана Очевидность - моделирование биологической эволюции должно быть основано на знаниях эволюционной биологии, а иначе подобное моделирование будет иметь такую же ценность, как какая-нибудь покемонология.

[diletto]

mtz в сообщении #1487780 писал(а):

Мне кажется вы не оптимальный признак выбрали. Уже самом появление функции более эффективной в среде (вот как выше про эхолокатор в мутной воде) есть гарантированный признак победы в конкуретной гонке, т.е нет необходимости ждать количественного завершения симуляции.

А вот здесь я солидарен с kry: хоть что-то фундаментальное должно оставаться, иначе это принципиально другая штука, на естественную эволюцию не похожая совсем. Такой вот незыблемой фундаментальной вещью я считаю проверку конкурентной средой.

kry в сообщении #1487785 писал(а):

я вынужден выступать в качестве Капитана Очевидность - моделирование биологической эволюции должно быть основано на знаниях эволюционной биологии, а иначе подобное моделирование будет иметь такую же ценность, как какая-нибудь покемонология.

Абсолютно не очевидная вещь, если мы хотим понять общие принципы эволюции.

[kry]

diletto в сообщении #1487790 писал(а):

Абсолютно не очевидная вещь, если мы хотим понять общие принципы эволюции.

Общие принципы биологической эволюции уже прекрасно изучаются эволюционной биологией.

[mtz]

diletto в сообщении #1487790 писал(а):

А вот здесь я солидарен с kry: хоть что-то фундаментальное должно оставаться, иначе это принципиально другая штука, на естественную эволюцию не похожая совсем.

Хозяин (темы) - барин. Лично я вовсе не против. Но признаки вам все равно придется хоть какие-то задать для содержательного разговора. Пусть даже признаки будут количественные. Представим, количество компьютерной память=1, и это фундамент. Пусть начально программ-конкурентов =3. У каждой пусть =0,1 памяти. Тогда что признак победы в эволюции по вашей версии? Десять одинаковых программ завладели всей памятью, а два конкурента исчезли? Или все конкуреты размножились, но неодинаково, например 5,3,2? Ну и т.п. Хотелось бы понять в общих чертах тот продукт, который лично вы подразумевали под "цифровая модель эволюции".

[diletto]

kry в сообщении #1487791 писал(а):

Общие принципы биологической эволюции уже прекрасно изучаются эволюционной биологией

Возможно, прекрасно изучаются. Возможно, не совсем прекрасно. В любом разе слово "биологической" намеренно опущено в названии темы.
Меня здесь уже укоряли в том, что биологическая эволюция - по-видимому, единственная из известных мне. Вы, наоборот, хотите сказать, что никаких других - в чём-то, возможно, похожих, а в чём-то отличающихся - принципиально быть не может (или они принципиально не интересны)?

mtz в сообщении #1487795 писал(а):

Хозяин (темы) - барин. Лично я вовсе не против. Но признаки вам все равно придется хоть какие-то задать для содержательного разговора. Пусть даже признаки будут количественные. Представим, количество компьютерной память=1, и это фундамент. Пусть начально программ-конкурентов =3. У каждой пусть =0,1 памяти. Тогда что признак победы в эволюции по вашей версии? Десять одинаковых программ завладели всей памятью, а два конкурента исчезли? Или все конкуреты размножились, но неодинаково, например 5,3,2? Ну и т.п. Хотелось бы понять в общих чертах тот продукт, который лично вы подразумевали под "цифровая модель эволюции".

У меня нет сформировавшихся представлений об этом. Правильно поставленный вопрос - это иногда 50%, а иногда и 90% ответа.
Тема была открыта, прежде всего, с целью полюбопытствовать, какого рода попытки уже предпринимались в этом направлении.

Что есть признак победы в биологической эволюции? Некий вид, достаточно долго живущий (или проживший в прошлом), чтобы могли его обнаружить и описать. И удивиться: вот ведь какой чудо-зверь был, рыл норы размером и разветвлённостью почти как тоннели метро!

[kry]

diletto в сообщении #1487797 писал(а):

В любом разе слово "биологической" намеренно опущено в названии темы.

Если Вы ведёте речь про моделирование какой-то другой эволюции, которая не является биологической, то я считаю, что это было необходимо указать напрямую в старттопике, а иначе многие участники темы, включая меня, были введены в заблуждение.

diletto в сообщении #1487797 писал(а):

Вы, наоборот, хотите сказать, что никаких других - в чём-то, возможно, похожих, а в чём-то отличающихся - принципиально быть не может (или они принципиально не интересны)?

Я хочу сказать, что надо чётко формулировать предмет обсуждения. Если Вы хотите обсуждать моделирование биологической эволюции, то значит так и надо писать. Если химической эволюции, то надо было сообщить. Если социальной или культурной эволюции, то об этом. Если об эволюции в философском контексте, то об этом. И так далее.

А говорите просто о какой-то абстрактной эволюции - это как обсуждать количество ангелов на кончике иглы. Бессмысленная ерунда.

[diletto]

kry в сообщении #1487798 писал(а):

Я хочу сказать, что надо чётко формулировать предмет обсуждения. Если Вы хотите обсуждать моделирование биологической эволюции, то значит так и надо писать. Если химической эволюции, то надо было сообщить. Если социальной или культурной эволюции, то об этом. Если об эволюции в философском контексте, то об этом. И так далее.

А говорите просто о какой-то абстрактной эволюции - это как обсуждать количество ангелов на кончике иглы. Бессмысленная ерунда.

Ну... "Надо четко формулировать - если считаем жён, так и надо писать. Если овец - тоже надо сообщить. Если ножи - то отдельно. А говорить о каких-то абстрактных числах - бессмыслица".
(Вообще-то, конечно, тема ближе всего к вопросам ранней биологической эволюции, это бесспорно).

[mtz]

diletto в сообщении #1487799 писал(а):

(Вообще-то, конечно, тема ближе всего к вопросам ранней биологической эволюции, это бесспорно).

Любопытно стало - а какую эволюцию считать поздней?
Если под биологической эволюцией понимать возникновение всех известных нам функций у живых существ, то получается кроме как ранней другой-то и не было никогда. По крайней мере ни кто из наших предков ни видел возникновение какой-то принципиально новой, ранее не существовавшей, функции у живого существа. Но вы наверно как-то по другому разделение проводите на раннюю/позднюю, поделитесь своими соображениями.

[kry]

diletto в сообщении #1487799 писал(а):

Ну... "Надо четко формулировать - если считаем жён, так и надо писать. Если овец - тоже надо сообщить. Если ножи - то отдельно. А говорить о каких-то абстрактных числах - бессмыслица".

А ещё, например, символом $S$ можно обозначить и энтропию, и серу, и площадь. Это не значит, что энтропия, площадь и сера имеют между собой что-то общее.

Вот и термин "эволюция" употребляется для обозначения разных процессов, и не надо строить универсальные модели эволюции, а то очень быстро окажется, что Вы смешали биологическую эволюцию, эволюцию форм государств, философскую эволюцию и эволюцию звёзд в единое целое.

diletto в сообщении #1487799 писал(а):

Вообще-то, конечно, тема ближе всего к вопросам ранней биологической эволюции, это бесспорно

Тогда без знания эволюционной биологии обойтись нельзя уж точно.

[diletto]

kry в сообщении #1487805 писал(а):

термин "эволюция" употребляется для обозначения разных процессов, и не надо строить универсальные модели эволюции, а то очень быстро окажется, что Вы смешали биологическую эволюцию, эволюцию форм государств, философскую эволюцию и эволюцию звёзд в единое целое.

С этим спорить не только трудно, но и бессмысленно... Я то же самое пояснял в начале темы.

kry в сообщении #1487805 писал(а):

Тогда без знания эволюционной биологии обойтись нельзя уж точно.

А что следовало бы считать ключевыми моментами? Вы полагаете, что необходима имитация поведения химических соединений, и без этого задача не имеет смысла, например?

[kry]

diletto в сообщении #1487809 писал(а):

А что следовало бы считать ключевыми моментами?

Для начала изучить университетские учебники по эволюционной биологии. Куча вопросов отпадёт автоматически. А затем можно углубиться во что-то более актуальное для текущей темы, к примеру, есть отличная книга "The Adaptive Landscape in Evolutionary Biology" Svensson E., Calsbeek R. 2012 года, я её ранее на форуме рекомендовал, но это не начального уровня книга.

[diletto]

kry в сообщении #1487812 писал(а):

Для начала изучить университетские учебники по эволюционной биологии. Куча вопросов отпадёт автоматически. А затем можно углубиться во что-то более актуальное для текущей темы, к примеру, есть отличная книга "The Adaptive Landscape in Evolutionary Biology" Svensson E., Calsbeek R. 2012 года, я её ранее на форуме рекомендовал, но это не начального уровня книга.

Это идеальный путь, и он, вероятно, будет реализован условным мною в одной из вселенных мультиверса... Но попробуйте снизойти с вершин и поставить некоторые рамки (очевидные для профессионала, как я понимаю из намеков) здесь и сейчас. Вот хотя бы на уровне определений:
- Под биологической эволюцией - следует понимать только такую, которая происходит исключительно на наблюдаемой нами здесь, на Земле, химической основе? Да/нет?

-- 19.10.2020, 03:57 --

mtz в сообщении #1487803 писал(а):

Любопытно стало - а какую эволюцию считать поздней?
Если под биологической эволюцией понимать возникновение всех известных нам функций у живых существ, то получается кроме как ранней другой-то и не было никогда. По крайней мере ни кто из наших предков ни видел возникновение какой-то принципиально новой, ранее не существовавшей, функции у живого существа. Но вы наверно как-то по другому разделение проводите на раннюю/позднюю, поделитесь своими соображениями.

Вот это уж точно лучше спрашивать у профи...
В моём понимании ранний этап - это когда только-только появились репликаторы. (Насколько я понимаю, это самое "только-только" заняло больше времени, чем вся эволюция многоклеточных.)
Сам термин "репликатор" - довольно условный. Мы подсознательно наделяем его намерением самокопирования. На самом же деле копирование "просто происходит". Как в самой простой автокаталитической реакции. Поэтому упомянутое "только-только" может охватывать чудовищно долгий и извилистый путь усложнения.
Насчет принципиально новых функций - ну, это ведь тоже вопрос терминов. Кому-то умение ездить верхом - новая функция (она у нашего вида свеженькая совсем, десять тысяч лет примерно). Кому-то подавай не меньше чем крылья отрастить. А ещё кто-то скажет, что это всё мелочи, и по-настоящему новыми были только вещи уровня возникновения эукариот.

[kry]

diletto в сообщении #1487816 писал(а):

Это идеальный путь, и он, вероятно, будет реализован условным мною в одной из вселенных мультиверса...

Простите, а в нашей бренной Вселенной Вам что мешает прочитать любой современный учебник по эволюционной биологии? И почему это не мешает Вам обсуждать тематику, связанную с моделированием эволюции?

diletto в сообщении #1487816 писал(а):

Но попробуйте снизойти с вершин и поставить некоторые рамки

Дело не в вершинах и низинах, а в том, что эволюционная биология - серьёзная научная дисциплина, и даже при всём моём желании Вам помочь я не могу пересказать её в паре сообщений на форуме.

diletto в сообщении #1487816 писал(а):

Под биологической эволюцией - следует понимать только такую, которая происходит исключительно на наблюдаемой нами здесь, на Земле, химической основе? Да/нет?

Нам достоверна неизвестна жизнь за пределами Земли, но если она там есть, то таковая безусловно по определению подвержена биологической эволюции и имеет химическую основу, так как жизнь - это "самоподдерживающаяся химическая система, способная к дарвиновской эволюции".

diletto в сообщении #1487816 писал(а):

Насколько я понимаю, это самое "только-только" заняло больше времени, чем вся эволюция многоклеточных.

Видимо, это не так. Я уже приводил свой старый пост, но повторюсь:

kry в сообщении #1370653 писал(а):

Видимо, даже с расплавлением всё не так просто. В Nature тут недавно вышла статья (на Sci-Hub есть полная версия, если будет вдруг интересно), в которой авторы на основе самых продвинутых на сегодняшний день моделей и методов молекулярных часов* получили, что LUCA жил примерно 4,48 миллиарда лет назад. Результат, конечно, интересный, особенно, с учётом того, что столкновение Земли с Тейей произошло где-то 4,52-4,53 миллиарда лет назад, а последующее охлаждение её поверхности в среднем ниже 100 градусов заняло, по разным оценкам, от 20 до 100 миллионов лет. Это достаточно сильно отличающиеся цифры от тех, что считались общепринятыми, когда я учился на биофаке - говорилось, что абиогенез случился 4,1-4,2 миллиарда лет назад, а LUCA жил между 3,7 и 3,9 миллиардами лет назад.

Если адекватность результатов подтвердится, то это приведёт к существенному пересмотру картины происхождения жизни и ранних этапов биологической эволюции, так как либо будет свидетельствовать, что мы недооценивали быстроту и лёгкость возникновения жизни и её развития в процессе биохимической и биологической эволюции от РНК-организмов до LUCA (а у него, как минимум, была сотня белков, рибосома, липидная мембрана, асидокальциосома, десяток кофакторов и т.д.), что вполне возможно и разделяется многими специалистами (например, Михаил Никитин считает, что редкость жизни во Вселенной скорее объясняется не редкостью абиогенеза, а редкостью эукариогенеза и появления многоклеточности), либо абиогенез и ранние этапы биологической эволюции происходили не на Земле (казалось бы выкинутая на свалку истории панспермия передаёт нам привет). В любом случае это хорошее указание, что жизнь может существовать (а то и появиться) и даже развиваться в условиях значительного расплавления поверхности планеты и её последующего остывания.

*Авторы учитывали возможность того, что молекулярные часы могут идти неравномерно. Учёт соответствующих эффектов реализован, например, в одной из разновидностей этого метода, названной ослабленные молекулярные часы (relaxed molecular clocks), а также в ряде иных моделей, которые называются шутливо моделями резиновых молекулярных часов. Увы, эти модели не лишены недостатков, так как в этих моделях обычно используется бесконечное время в прошлое, а наша Вселенная как космологический объект существует с БВ и вечная и безначальная инфляционная мультивселенная не спасает ситуации, так как переноса жизни между инфляционными доменами быть не может. Так что модели не без дефектов.

Таким образом, так как на данный момент нет информации, указывающий на панспермию, то, судя по всему, репликаторы появились крайне быстро. А вот многоклеточность впервые появилась где-то в районе 2,1 млрд. лет назад, периодически то пропадая, то появляясь несколько сотен миллионов лет, а уж 1,2 миллиарда лет назад многоклеточные появились на Земле окончательно.

[mtz]

(Оффтоп)

Жаль что разговор перешел в биологическую плоскость. (По мне так тему в таком направлении можно хоронить. Ничего содержательного и нового из такого разговора не вынести, это проверено сотнями таких разговоров).
Вот когда разговор шел в плоскости функционала и энтропии, была возможность хоть как-то формализовать, математизировать, привести тему к вещам хорошо известным физике и изученым в поведении, а значит далее дающим возможность программного моделирования на абстрактном уровне. Как минимум это было интересно, ново, креативно.
Но если биология берется за моделирование, то всё заканчивается философией про вещи, которые, может и интересны кому-то, но совершенно не моделируемы.
Такое вот я мнение имею. Подобной темой интересуюсь (как любитель, конечно) не один год, и даже не одну пятилетку, так что мнение не совсем уж на пустом месте.

[kry]

mtz в сообщении #1487831 писал(а):

привести тему к вещам хорошо известным физике

Вот только биологической эволюцией занимается биология, а не физика.

mtz в сообщении #1487831 писал(а):

Но если биология берется за моделирование, то всё заканчивается философией про вещи, которые, может и интересны кому-то, но совершенно не моделируемы.

Биологические объекты изучения значительно сложнее тех же самых физических, поэтому и моделированию они поддаются значительно хуже.

mtz в сообщении #1487831 писал(а):

Такое вот я мнение имею. Подобной темой интересуюсь (как любитель, конечно) не один год, и даже не одну пятилетку, так что мнение не совсем уж на пустом месте.

Доверия этому мнению никакого, учитывая то, что Вы на полном серьёзе не знали примеров нового видообразования, произошедшего при недавней жизни человечества.