Theoristos писал(а):
система диф. уравнений движения получается в виде

,

.

тут пробегает все

обобщенных координат
А если двухмерная модель то

?
Упс, тут у меня опечатка :( Должно было быть "2n". Имелось в виду, что для каждой степени свободы 2 переменные - координата и импульс.
А уж степеней свободы по 3 на "трёхмерную" частицу и по 2 на двухмерную.
Там я найду обобщенные координаты, перейду к "обычным", и там уже изменю положения планет на рисунке?
Совершенно верно. Обобщенные так же верно и полно определяют состояние системы, но чтоб нарисовать - надо из них найти "настоящие".
То есть я изначально нахожу значение

и через него потом каждую

считаю ДУ и нахожу координаты?
Да, сначала определяете
вид функции 
, и частные производные от неё подставляете в уравнения движения для обобщённых координат и находите координаты на новый момент времени (как писал, нужны начальные условия). В этом смысл Гамильтонова формализма.
Повторюсь, что для "обычных" переменных получатся "обычные" силы и уравнения движения (странно, если б получилось что-то иное). Удобность его (как уравнений Лагранжа) в возможности безошибочно перейти к каким-то удобным переменным движения. Ну и в широкой области не связанной напрямую с решением задачи движения - от инвариантов и скобок Пуассона и до статистической и квантовой механик.