Приоритет открытия

[madschumacher]

Osmiy в сообщении #1136510 писал(а):

А я думал что базис должен в отдельном файле быть, который указываешь в инпуте, а он (базис) прямо в инпуте и прописывается

так тоже можно. но для малых молекул проще, имхо, в лоб

-- 08.07.2016, 10:49 --

Почему никто не сказал, что в интеграле

madschumacher в сообщении #1127862 писал(а):

Не забываем, что еще есть и важны интегралы вида:
$J_{ij}=\int_{\mathbf{r}_{1}} \int_{\mathbf{r}_{2}} \frac{\varphi_i^*(\mathbf{r}_{1}) \varphi_j^*(\mathbf{r}_{2}) \varphi_j(\mathbf{r}_{1}) \varphi_i(\mathbf{r}_{2}) }{r_{12}} = \langle i j | \frac{1}{r_{ij}} | j i \rangle$

я забыл $d\mathbf{r}_{1} d \mathbf{r}_{2}$?! Вот же ш стыд мне

[Yuri Gendelman]

Osmiy в сообщении #1136476 писал(а):

А если я открытие сделал и написал его тут на форуме, то это зачтется в выяснении приоритета открытия? Или нобелевку получит тот, кто первым скопипастит продублирует открытие в рецензируемом журнале?

IMHO сообщение на форуме Вам не зачтется.
Но и тому, кто его скопипастит - тоже, т.к. Ваше сообщение появилось раньше.

[Osmiy]

Блин, облом не получится проверить с помощью расчетов

Цитата:

INITIAL GUESS ORBITALS GENERATED BY HUCKEL ROUTINE.
HUCKEL GUESS REQUIRES 244464 WORDS.

*** FATAL ERROR ***
THE INPUT BASIS SET CONTAINS A LINEAR DEPENDENCE.
INPUT BASIS DIMENSION= 200 SALC DIMENSION= 200
THE SMALLEST EIGENVALUE OF THE OVERLAP MATRIX IS 0.000000E+00
THERE ARE 168 EIGENVALUES LESS THAN 1.00E-10
THE NUMBER OF LINEARLY INDEPENDENT ORBITALS KEPT IS 32

IF THERE ARE ANY SMALL EIGENVALUES:
CHECK YOUR OUTPUT FILE FOR DUPLICATE ATOMIC COORDINATES, OR
FOR DUPLICATE BASIS FUNCTIONS, OR FOR ZERO CONTRACTIONS
COEFFICIENTS, IF FOUND, THEN RESUBMIT THIS JOB. OTHERWISE,
IF THE LINEAR DEPENDENCE IS A RESULT OF USING MANY DIFFUSE
BASIS FUNCTIONS, YOU ARE OUT OF LUCK, THE SCF NEVER WILL
CONVERGE WITH THIS DEGREE OF LINEAR DEPENDENCE

IF THE SALC SPACE DOES NOT MATCH THE INPUT BASIS DIMENSION:
CHECK TO BE SURE YOU SCRUPULOUSLY FOLLOWED THE CONVENTION
FOR AXIS ORIENTATION IN $DATA (ESP. PERPENDICULAR C2 AXES)
AND THEN RESUBMIT THIS JOB.

[madschumacher]

В таких случаях нужно приводить инпут, который Вы кормили GAMESS-у Мы же не прорицатели (а было бы неплохо )

[Osmiy]

(input)

 $CONTRL aimpac=.true. SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE coord=cart 
 ICHARG=0 maxit=100 pltorb=.t. NPRINT=4  $END                        
 $SYSTEM TIMLIM=5000 MEMORY=4000000 $END                   
 $BASIS  GBASIS=S-10 EXTFIL=.T.  $END        
 $GUESS  GUESS=HUCKEL $END                                 
 $SCF dirscf=.t. $END                                      
 $DATA
 OSMIYSOFT
 C1
 H    1.0   0.0  0.0  0.0
 H    1.0   1.0  0.0  0.0
 $END

(BASIS.LIB)

 $DATA
 
 H S-10
 S 1
   1 10000 1
 S 1
   1 9900,001 1
 S 1
   1 9800,002 1
 S 1
   1 9700,003 1
 S 1
   1 9600,004 1
 S 1
   1 9500,005 1
 S 1
   1 9400,006 1
 S 1
   1 9300,007 1
 S 1
   1 9200,008 1
 S 1
   1 9100,009 1
 S 1
   1 9000,01 1
 S 1
   1 8900,011 1
 S 1
   1 8800,012 1
 S 1
   1 8700,013 1
 S 1
   1 8600,014 1
 S 1
   1 8500,015 1
 S 1
   1 8400,016 1
 S 1
   1 8300,017 1
 S 1
   1 8200,018 1
 S 1
   1 8100,019 1
 S 1
   1 8000,02 1
 S 1
   1 7900,021 1
 S 1
   1 7800,022 1
 S 1
   1 7700,023 1
 S 1
   1 7600,024 1
 S 1
   1 7500,025 1
 S 1
   1 7400,026 1
 S 1
   1 7300,027 1
 S 1
   1 7200,028 1
 S 1
   1 7100,029 1
 S 1
   1 7000,03 1
 S 1
   1 6900,031 1
 S 1
   1 6800,032 1
 S 1
   1 6700,033 1
 S 1
   1 6600,034 1
 S 1
   1 6500,035 1
 S 1
   1 6400,036 1
 S 1
   1 6300,037 1
 S 1
   1 6200,038 1
 S 1
   1 6100,039 1
 S 1
   1 6000,04 1
 S 1
   1 5900,041 1
 S 1
   1 5800,042 1
 S 1
   1 5700,043 1
 S 1
   1 5600,044 1
 S 1
   1 5500,045 1
 S 1
   1 5400,046 1
 S 1
   1 5300,047 1
 S 1
   1 5200,048 1
 S 1
   1 5100,049 1
 S 1
   1 5000,05 1
 S 1
   1 4900,051 1
 S 1
   1 4800,052 1
 S 1
   1 4700,053 1
 S 1
   1 4600,054 1
 S 1
   1 4500,055 1
 S 1
   1 4400,056 1
 S 1
   1 4300,057 1
 S 1
   1 4200,058 1
 S 1
   1 4100,059 1
 S 1
   1 4000,06 1
 S 1
   1 3900,061 1
 S 1
   1 3800,062 1
 S 1
   1 3700,063 1
 S 1
   1 3600,064 1
 S 1
   1 3500,065 1
 S 1
   1 3400,066 1
 S 1
   1 3300,067 1
 S 1
   1 3200,068 1
 S 1
   1 3100,069 1
 S 1
   1 3000,07 1
 S 1
   1 2900,071 1
 S 1
   1 2800,072 1
 S 1
   1 2700,073 1
 S 1
   1 2600,074 1
 S 1
   1 2500,075 1
 S 1
   1 2400,076 1
 S 1
   1 2300,077 1
 S 1
   1 2200,078 1
 S 1
   1 2100,079 1
 S 1
   1 2000,08 1
 S 1
   1 1900,081 1
 S 1
   1 1800,082 1
 S 1
   1 1700,083 1
 S 1
   1 1600,084 1
 S 1
   1 1500,085 1
 S 1
   1 1400,086 1
 S 1
   1 1300,087 1
 S 1
   1 1200,088 1
 S 1
   1 1100,089 1
 S 1
   1 1000,09 1
 S 1
   1 900,091 1
 S 1
   1 800,092000000001 1
 S 1
   1 700,093000000001 1
 S 1
   1 600,094000000001 1
 S 1
   1 500,094999999999 1
 S 1
   1 400,096000000001 1
 S 1
   1 300,097000000002 1
 S 1
   1 200,098 1
 S 1
   1 100,099 1
 
 $END

-- 09.07.2016, 20:43 --

Yuri Gendelman в сообщении #1136541 писал(а):

Osmiy в сообщении #1136476 писал(а):

А если я открытие сделал и написал его тут на форуме, то это зачтется в выяснении приоритета открытия? Или нобелевку получит тот, кто первым скопипастит продублирует открытие в рецензируемом журнале?

IMHO сообщение на форуме Вам не зачтется.
Но и тому, кто его скопипастит - тоже, т.к. Ваше сообщение появилось раньше.

Примерно так же сам считаю.

[madschumacher]

Что это за ужасный базис?!!!!! Неудивительно, что GAMESS US шлёпнулся... Возьмите что-нибудь адекватное, хотя бы попсовый cc-pVTZ Принципиальной роли же базис редко играет (есть, конечно, BSSE, BSIE, но это уже именно артефакты, связанные с конкретными задачами)...

[Osmiy]

Норм. базис. Называется гауссовский ряд
Но видимо из-за близких значений экспонент алгоритм отказывается работать.
Нужны именно ряды.

[madschumacher]

Osmiy в сообщении #1136790 писал(а):

Норм. базис.

Судя по ругательству о сильной линейной зависимости (учитывая, что все стандартные базисы разрабатывались главным образом с учётом на вычислительную эффективность) Ваш базис вааще не торт.

Osmiy в сообщении #1136790 писал(а):

Называется гауссовский ряд

Просветите, плиз, мою дремучую необразованность (вааааще не в курсе). В вики нашёл только Ряд Гаусса, но это че т не то, вроде...

Osmiy в сообщении #1136790 писал(а):

Но видимо из-за близких значений экспонент алгоритм отказывается работать.

Ну если у Вас есть желание и возможности, то можете работать или ручками и точно, или пишите свой квант.хим. прогу, которая будет иметь точность вычислений (для этого стандартных даблов уже видимо не хватает) достаточную, чтобы с подобными базисами работать.

Osmiy в сообщении #1136790 писал(а):

Нужны именно ряды.

Так у нас всегда только ряды...

Вообще, все формулы и алгоритмы квантовой химии (кроме полуэмпирики и DFT, что тоже по-сути полуэмпирика) -- базисно независимые (т.е. базис -- это уже аспект приближения, а не фундаментальная штука). Можно работать c GTO (почти все квант-хим проги), STO (это может делать ADF), плоских волнах (почти все пакеты для кристаллов, например, WASP, плюс CP2K использует переход из GTO к плоским волнам, чтобы дешевле считать двухэлектронные интегралы), даже на сетках (но это в основном для QMC применяется. Методы при этом остаются теми же -- просто меняется вид аппроксимации волновых функций (какая разница как считать). Если у Вас базис -- что-то фундаментальное -- это повод задуматься о том, где что не так...

[Osmiy]

madschumacher в сообщении #1136823 писал(а):

Просветите, плиз, мою дремучую необразованность (вааааще не в курсе). В вики нашёл только Ряд Гаусса
, но это че т не то, вроде...

Это просто ряд из Гауссовых функций с различными значениями экспонент. Каждый примитив используется как базисная функция, чтобы можно было просчитать по отдельности каждый экспоненциальный множитель (так в принципе и подготавливают атомные базисы).

[madschumacher]

Osmiy в сообщении #1136825 писал(а):

Это просто ряд из Гауссовых функций с различными значениями экспонент. Каждый примитив используется как базисная функция, чтобы можно было просчитать по отдельности каждый экспоненциальный множитель

Это вообще-то в обиходе (в квантовой химии) называется GTO (Gaussian Type Orbital) базис... И GAMESS US, насколько я знаю, с другими базисами не умеет работать.

Osmiy в сообщении #1136825 писал(а):

(так в принципе и подготавливают атомные базисы)

если Вы об этом знаете, то зачем берёте такую непонятную отсебятину?! Стандартные базисы (типа Попловских или Даннинговских) имеют оптимизированное число примитивов, между некоторыми из них (примитивных Гауссиан) имеется связь (contracted basis sets), я уже молчу, что у Вас нет функций с бОльшими значениями орбитального момента ($L \geqslant 1, 2, 3, \ldots$ )... В чём тайный смысл подобной самодеятельности -- непонятно...
Проще (и логичнее) взять что-то более стандартное и адекватное...

[Osmiy]

Стандартное не прокатит.
Тайный смысл... тсссс... произвести прецизионный расчет простейших систем. Так сказать посмотреть куда стремиться так называемый Х-Ф предел.
И стандартные базисы не катят тут. Ибо реальные волновые функции представимы только бесконечными рядами других простейших функций. Даже слетеровские орбитали хоть и ближе к реальности, чем ГТО, но и то способны только тоже приближенно описать их. Вот.

-- 10.07.2016, 01:40 --

Я тут подумал и решил, что выложу тут в Физике своё доказательство. Как время будет сделаю это.
Я уверен что есть тут такие люди, которые разберутся в нем и скажут правильное оно или нет.

-- 10.07.2016, 01:44 --

Точнее я хотел сказать быстро разберутся в нём и сразу скажут правильно или нет.

[madschumacher]

Osmiy в сообщении #1136853 писал(а):

Стандартное не прокатит.

Звучит как то странно...

Osmiy в сообщении #1136853 писал(а):

Тайный смысл... тсссс... произвести прецизионный расчет простейших систем.

нуууу.... хмммм..... ок. просто, тсссс.... до Вас это много раз проделывали, см. тут, например, там сравнивают прецезионные расчеты с экспериментальными данными по вращательным постоянным

Osmiy в сообщении #1136853 писал(а):

Так сказать посмотреть куда стремиться так называемый Х-Ф предел.

Х-Ф предел -- это частный случай предела CBS (complete basis set). И, например, Даннинговские cc-pV$n$Z ($n = $ D, T, Q, 5, 6 -- дают равномерное приближение к этому пределу (а модифицированные версии типа cc-pCV$n$Z и cc-pwCV$n$Z разработаны для ускоренной сходимости к этому пределу CBS)... Попловские -- да, не имеют подобной строгой "иерархии", но базисы def1 и def2 тоже, например, под это заточены. Не хотите буржуйское заграничное, у нас есть свои Левши Д.Н. Лайковы, которые забабахали свои базисы под номенклатурой $\Lambda$ Они тоже, насколько мне известно, хорошо сходятся к CBS.

Так что все более-менее новые базисы (cc-pV$n$Z для 2го периода и водорода -- это одна из самых цитируемых статей в JCP и она 1989 года ) делаются, в том числе, и из принципа возможной экстраполяции к CBS пределу (и достаточно быстрой сходимости к нему)... Зачем быть ханжой, типа

Osmiy в сообщении #1136853 писал(а):

И стандартные базисы не катят тут.

я, лично, не понимаю...

Osmiy в сообщении #1136853 писал(а):

Даже слетеровские орбитали хоть и ближе к реальности, чем ГТО, но и то способны только тоже приближенно описать их.

Базисы -- это инструмент для аппроксимации. Вы думаете, что будет какая-то разница, если я буду аппроксимировать функции на отрезке $[-1;1]$ используя полиномы Чебышёва или же синусы-косинусы (если считать количество необходимых функций для аппроксимаций с выбранной точностью выбранного класса функций за второстепенный факт)? Вот так же и с базисами. Я Вам привел 4 стандартных (т.е. реализованных в коде) варианта аппроксимаций электронных волновых функций (GTO, STO, плоские волны и сетки) тут:

madschumacher в сообщении #1136823 писал(а):

GTO (почти все квант-хим проги), STO (это может делать ADF), плоских волнах (почти все пакеты для кристаллов, например, WASP, плюс CP2K использует переход из GTO к плоским волнам, чтобы дешевле считать двухэлектронные интегралы), даже на сетках

И для всех них сделаны соответствующие выводы по поводу сходимости к CBS пределу (и теоретические и численные). Точных Вы всё равно, кроме простейших случаев, не получите решений.

(о точных решениях в физике)

Вообще в физике не так уж и много точно решаемых задач. В классмехе/квантмехе: свободная частица, вращающееся ТТ, гармонический осциллятор. Этот список покрывает уж $\geq$ 50 % задач. Есть специфические, типа осциллятора Морзе в квантмехе. А есть те, для решений которых специально ввели новые функции (типа функций Матье).

Так что, Ваше утверждение немного (сильно, на самом деле ) спорное

[Osmiy]

madschumacher в сообщении #1136859 писал(а):

до Вас это много раз проделывали, см. тут
, например, там сравнивают прецезионные расчеты с экспериментальными данными по вращательным постоянным

Т.е. они там пишут что методы, которые не учитывают корреляцию, дают такие же результаты как и методы, которые учитывают корреляцию?

madschumacher в сообщении #1136859 писал(а):

я, лично, не понимаю...

Да что тут не понятного?!
Я говорю что методы, про которые считают, что они не учитывают корреляцию, на самом деле учитывают. Для этого надо произвести прецизионный расчет этим методом и сравнить с экспериментом. То что ряды уже использовали в прошлом веке в фартри-фоковском методе я в курсе, но у меня нет этих данных. Самое элементарное это взять базис в виде ряда и использовать в любой готовой проге. Но не прокатило.

[madschumacher]

Osmiy в сообщении #1136869 писал(а):

Т.е. они там пишут что методы, которые не учитывают корреляцию, дают такие же результаты как и методы, которые учитывают корреляцию?

Где Вы такое взяли?! положите бяку на место и больше её не трогайте Ни в одном глазу -- чем лучше учесть корреляцию -- тем лучше сходится расчет с экспериментом. (иногда, конечно, бывает веселуха -- например MP2 работает лучше MP3 (скачать бесплатно с зайцев.нет ) чисто из-за компенсации ошибок в первом )...

Osmiy в сообщении #1136869 писал(а):

Я говорю что методы, про которые считают, что они не учитывают корреляцию, на самом деле учитывают.

Правда?! А сравнения с экспериментом говорят обратное... Я познал истину, пойду зарублю пару расчетов... Что лишнее компьютерное время тратить

Osmiy в сообщении #1136869 писал(а):

Для этого надо произвести прецизионный расчет этим методом и сравнить с экспериментом.

Вы правда думаете, что этим никто никогда не занимался и не занимается сейчас?! (да даже я такой фигней страдаю, в конце то концов )

Osmiy в сообщении #1136869 писал(а):

То что ряды уже использовали в прошлом веке в фартри-фоковском методе я в курсе, но у меня нет этих данных.

Стандартные базисы -- это те самые ряды, только не от балды взятые, а построенные с учетом большого числа ударов граблями накопившегося теоретического и вычислительного опыта... Чтобы было долго, дорого, дешево, быстро, ох...фигенно

Osmiy в сообщении #1136869 писал(а):

Самое элементарное это взять базис в виде ряда и использовать в любой готовой проге.

Взяли бы стандартные базисы. Они почти в любой проге встроены (в т.ч. и в GAMESS US)

Osmiy в сообщении #1136869 писал(а):

Но не прокатило.

[Osmiy]

madschumacher в сообщении #1136877 писал(а):

Где Вы такое взяли?!

Цитата:

Comparisons with the experimental data and tests for the internal consistency of the calculations show that the equilibrium structures generated using Hartree–Fock vibration–rotation interaction constants have an accuracy similar to that obtained by a direct minimization of the CCSD(T) energy.