Вот кто то таки вывел теорию уровнем выше существующих, что это значит, его нейронные сети из атомов и молекул перешли в какое то состояние?
В плазму. Да, потому и не выводят сильно продвинутых теорий — жалко голову свою-то портить.
Постижимый мир - это такой мир, все устройство которого непосредственно может быть выведено из одной единственной основной идеи, которая должна выглядеть единственно возможной и неизбежной исходя из свершившегося факта нашего существования и существования вселенной.
Ой, ну это как-то (1) проще, чем Эйнштейн предлагал («Делайте всё настолько просто, насколько возможно, но не проще» — и, конечно, он тут даже не первый), (2) антропно и потому (3) плоско. Под постижимостью понимают обычно другое. Это возможность существования абсолютно точной теории, которая, опционально, уложима кому-нибудь в голову. Никакой одной единственной основной идеи (как собираетесь отделять одну идею от другой? А основность?) не нужно. Её даже в электродинамике нет, а дальше только хуже.
А тот факт, что термодинамически ни сам познавший истину мозг, ни последствия его деятельности почти ничем не характерны
Что значит «почти ничем не характерны»? Вы рассмотрели все входящие в это процессы? Далее, при чём тут «познавший истину»? Можно познать белиберду, и вот тут отличий от познаний не-белиберды действительно никаких термодинамических быть не должно. По крайней мере, не долгосрочных (судя по истории человечества, если только ужасно сильно долгосрочных).
может указывать на то, что мы еще очень мало знаем о реальности (или ни на что не указывать)
Во-первых, сразу второе. На степень соответствия наших убеждений реальности говорят соответствия их проведённым опытам. Результаты которых получаются с хорошо оцениваемыми погрешностями. Вот на погрешности и смотрите.
Во-вторых, «очень мало» — это оценочное суждение. Пока нет определения, что считать малым, а что большим, смысла это не несёт. Кому мало, а кому с головой хватит. Обычно тем, кто говорит «очень мало», как раз какие-то особо точные знания в жизни и не пригождаются. (В отличие от продуктов некоторых технологий, в которых особо точные знания нужны. Но в производстве по этим технологиям задействована очень малая доля человечества.)