Суть в том, что нам задан массив координат атомов. Установить, что атомы спарены - это уже наша задача.
Если относиться к такой постановке задачи формально, то спарены атомы при этом не будут. Не бывает атомов, которые объединены во что-то "просто так". Ну а если атомы еще могут взаимодействовать и т.п., то наличия координат и импульсов недостаточно, это попросту неполное описание микросостояния.
Этот весь разговор начался с того, что я предположил, что нечто, что кажется несущественным может оказаться существенным, и тогда начнутся открытия.
Только разделяете Вы "несущественное" и "существенное" произвольным образом, что, естественно, приводит к странным последствиям.
И в качестве примера я привел энтропию и "уровень организации" материи.
Ну это, простите, было просто ерундой. Условие неубывания энтропии является критерием направления эволюции только для полностью замкнутой системы, а все примеры, о которых Вы вспомнили, таковыми не являются. Тоже, кстати, типовое заблуждение, возникающее в результате чтения популярной литературы: именно для популяризации характерно изложение собственно утверждений, но потеря ("за несущественностью
) условий их применимости.