Мне неясно как они вычислили "секретную экспоненту": 

А, ну так просто: 

, 

 мы знаем. Обратный элемент в кольце вычетов считаем по алгоритму Евклида. Вы не знаете, как считать обратный элемент? Если не знаете, то так:
Сравнение 

 с известными 

 и неизвестным 

 переписывается в виде уравнения 

 с неизвестными 

 и далее находим его решение с помощью (расширенного) алгоритма Евклида.
Там ведь все таки не 

 а 

Это нормально. В теории работа происходит с отношением сравнения 

, в программах вместо классов вычетов 

 используют представителей 

 с 

, и тогда одинаковость классов вычетов (или сравнимость элементов классов вычетов) равносильна равенству таких представителей.
(Оффтоп)
если как Вы пишите по первой ссылке "баг"
Я такого не писал. Я по ссылке не ходил.