Полная энергия равна сумме энергий, допустим, покоя и кинетической. (Очень надеюсь, что закон сохранения энергии в силе.)
В формуле (1) также рассматривается сумма квадратов энергии покоя и импульса.
Так вот , если рассмотреть эти два уравнения как систему, то она верна только при v = 0.
Или я не прав?
Нет, конечно, не правы.
В этой формуле _слева_ стоит аналог "суммы квадратов" в теореме Пифагора.  Энергия (которая сумма энергии покоя и кинетической) - это 

, импульс - это 

 (три компоненты обычного "трехмерного" импульса).  Это компоненты физической величины, которая называется 4-вектором энергии-импульса.  Лоренцевы преобразования для такого 4-вектора - аналог вращений для радиус-вектора, определяющего положение точки в евклидовом пространстве.
Геометрия пространства Минковского отлична от привычной Вам трехмерной геометрии евклидового пространства.  Потому там минус.  А квадрат 4-вектора энергии-импульса - это инвариант, он равен тому, что справа - т.е. квадрату энергии покоя частицы.