В доказательствах от противного предполагается, что противоречивый объект существует, затем показывается, что такой объект приводит к противоречиям. В теории множеств и логике предлагается такой противоречивый объект запрещать с помощью аксиом, правил (типа нельзя смешивать язык и метаязык). Т.е. его рассмотрение ограничивают и запрещают и тем самым снимают противоречия.
Ничего подобного. Если в теории некоторый объект существует, то его нельзя запретить.
Например, противоречия в теории Кантора обнаружились, когда Фреге ввёл так называемый неограниченный принцип свёртывания: каждому свойству соответствует множество всех объектов, обладающих этим свойством. Тогда свойству, определяемому формулой

, в теории множеств соответствует множество

всех множеств, которые не являются своими элементами.
Как показал Рассел, это множество противоречиво: если мы предположим, что

, то по определению множества

получим

; если же предположим, что

, то по тому же определению получим

.
Если добавим аксиому, что такое множество

не существует, то противоречие никуда не денется: во-первых, если от неограниченного принципа свёртывания мы не отказались, то мы всё равно можем определить это множество, и сразу получится противоречие с новой аксиомой; а во-вторых, дополнительная аксиома — это дополнительное средство доказательства, и если мы что-то могли доказать без новой аксиомы, то с ней тем более докажем.
Фактически пришлось от принципа Фреге отказаться, хотя в ограниченном виде он используется как аксиома выделения: если есть формула

и множество

, то существует множество

всех элементов множества

, для которых формула

выполняется.
Поэтому при формулировании формальной теории идут не по пути запретов, а по пути ограничения возможностей языка.
Смешения теории и метатеории это тоже касается: переменные и постоянные в теории могут быть именами объектов теории, но не именами формул. Мы не смешиваем теорию и метатеорию не потому, что это запрещено какой-то специальной аксиомой, а потому, что переменная по определению языка не может быть именем формулы. Например, в теории множеств в формуле

переменные

и

обозначают множества, а не формулы.
В двоичной логике наверное пользы бы было мало, а в троичной - нельзя было бы делать абсурдных выводов или они бы и классифицировались как абсурд.
Вы имеете какое-то представление о многозначных логиках? Или это просто ваши фантазии?
Вообще говоря, математики напридумывали великое множество всевозможных логик. По моим впечатлениям, помимо общеупотребительной классической логики, сколько-нибудь серьёзное применение имеет разве что интуиционистская логика. Не пытайтесь по её названию угадать, чем она отличается от классической. А если захотите в ней разобраться, то для начала всерьёз изучите классическую логику по тем книгам, которые Вам уже рекомендовали.