Коронавирус

[realeugene]

Dmitriy40 в сообщении #1464718 писал(а):

а их практически совпадение намекает

Не намекает, а напоминает. Нумерологию.

[kry]

Росстат продолжает обрабатывать статистику за апрель. За апрель пока общее число учтённых смертей выходит по стране -4,3% к апрелю 2019 года, но при этом в Москве +19,6%, в Ленинградской области +15,2%, в Московской области +13,4%, в Санкт-Петербурге +3,5%. При этом в ряде регионов юга система сбора и учёта демографических данных начала рассыпаться, похоже, ещё во второй половине апреля:

Кабардино-Балкария -20,5% смертей к апрелю 2019 года;
Астраханская область -20,9% смертей к апрелю 2019 года;
Чечня -30,0% смертей к апрелю 2019 года;
Краснодарский край -34,1% смертей к апрелю 2019 года;
Карачаево-Черкесия -34,2% смертей к апрелю 2019 года;
Северная Осетия -35,7% смертей к апрелю 2019 года;
Дагестан -77,9% смертей к апрелю 2019 года;
Ингушетия -79,1% смертей к апрелю 2019 года.

Реальное число смертей по стране выросло приблизительно на 2,2-2,4% к апрелю 2019 года, но это всё ещё только предварительные оценки.

[azurit-art]

kry в сообщении #1464767 писал(а):

Москве +19,6%, в Ленинградской области +15,2%, в Московской области +13,4%

Даже с учетом 5%го колебания за последние 5 лет это весьма серьезные цифры.

[Tall]

azurit-art в сообщении #1464777 писал(а):

Даже с учетом 5%го колебания за последние 5 лет это весьма серьезные цифры.

А с учетом того, что все это ложится на ИВЛ (интересно посмотреть какой процент смертей связан с состояниями требующими ИВЛ и пациент лежал на ИВЛ сейчас и в другие года).

Задача на элементах https://elementy.ru/problems/2305/Bayes_versus_virus
я такое решать не умею, но эта задача непосредственно связана с тестом на антитела

Цитата:

1. Предположим, что у тестов на некий вирус «К» специфичность 98%. Вася решил сделать себе этот тест и получил положительный результат. Поскольку сейчас он чувствует себя отлично, Вася решил, что результаты теста означают, что он уже переболел вирусом «К» и риска заразиться заново нет. Чему равна вероятность того, что Вася на самом деле не болел, если известно, что в его городе переболело 2% населения?

[kry]

azurit-art в сообщении #1464777 писал(а):

Даже с учетом 5%го колебания за последние 5 лет это весьма серьезные цифры.

Да, при этом майские цифры будут значительно хуже: по первичным поступающим данным по стране будет от +10 до +16%, в 3 регионах (Москва, Ингушетия, Дагестан) прирост реальной смертности может превысить 50%.

Впрочем, в июне вполне вероятно смертность начнёт возвращаться в норму.

[EUgeneUS]

Tall в сообщении #1464782 писал(а):

я такое решать не умею,

Это типичная задача на байесовскую вероятность. Даже числа типовые. Обычно в этой задаче фигурирует анализ на антитела к ВИЧ (насколько понимаю, тогда числа получаются близкие к реальным).

Чтобы хоть как-то обсуждать и трактовать результаты тестов подобные задачи надо уметь решать "на отлично". Смутно припоминаю случай (в каком-то СМИ было) пациент сдал анализ на ВИЧ, он оказался положительным. Но позже выяснилось, что пациент не болен.
Он пытался отсудить от лаборатории что-то на тему возмещения вреда. Насколько помню, врач, проводивший анализ, на писал в результатах не "анализ: положителен", а "диагноз: ВИЧ".

-- 24.05.2020, 13:16 --

realeugene в сообщении #1464707 писал(а):

Dmitriy40 в сообщении #1464706

писал(а):
Есть: пропустить малую концентрацию антител например проще/вероятнее чем обнаружить отсутствующие. Априорно не факт, без углубления в технологии этих тестов.

1. ПЦР имеет исключительно высокую специфичность, но заметно отличающуюся от единицы чувствительность. То есть ложноположительных результатов исключительно мало, а ложноотрицательные бывают.

2. Тест на антитела (ИФА, насколько понимаю), наоборот, имеет исключительно высокую чувствительность и отличную от единицы специфичность.

АФАИК, это связано вот с чем:
1. Распределение вируса в организме может быть крайне неравномерным и сильно меняться с течением болезни. В организме могут существовать депо вируса. Например, после выздоровления от Эболы вирус может в течение нескольких месяцев (!) выделяться в семенной жидкости. С этим связана вероятность ложноотрицателых результатов ПЦР - вирус может просто не попасть в пробу, хотя в организме он присутствует.

2. Антилела же находятся в крови и распределены в ней более-менее равномерно. Поэтому если титр достаточный для чувствительности ИФА, анализ это покажет. Однако, антител куча всяких разных, некоторые из них могут быть "похожи" на антитела к вирусу. Поэтому у ИФА есть заметное количество ложноположительных анализов - тест реагирует на похожие антитела.

[GraNiNi]

GraNiNi в сообщении #1463185 писал(а):

Похоже, что Россия выходит на финишную прямую.
Решил посмотреть - где же финиш?

Прошло 10 дней, но финиш незаметно стал отдаляться.
Россия топчется на месте по показателю (Daily New Cases).
Если взять первые и вторые разности этого показателя, то видно, что идет скрытое замедление и даже новый рост инфекции.

Может это связано с некоторым послаблением карантинных мер, может с неравномерностью развития эпидемии по регионам, но так или иначе, конечное количество инфицированных в России превысит ожидаемые 500 тыс и по тенденции, на сегодняшний день, может достичь уже 800 тыс.

[wrest]

GraNiNi в сообщении #1464983 писал(а):

Россия топчется на месте по показателю (Daily New Cases).

Ну так темпы роста-то замедяются. Скажем при миллионе накопленных кейсов, 10000 новых каждый день это нулевой рост
Вот как оно выглядит:

[EUgeneUS]

wrest
Интересно, что все линии до 11.05 практически совпадают. Однако, Москва впереди всех остальных регионов по количеству инфицированных (видимо, и по количеству инфицированных на 100 000 населения).
ИМХО, можно сделать следующие выводы:

1. Количество заболевших сильно зависит от количество "первоначально больных", то есть от количества случаев, завезенных извне в начале эпидемии.
2. На начальном этапе эпидемии, динамика определяется исключительно ограничительными мерами и долей выявления инфицированных, которые примерно одинаковы в среднем по России и в Москве. Этим определяется спад кривых до 11.05.
3. Расхождение кривых с 11.05, видимо, связано с формированием в Москве иммунной прослойки, которая еще не сформировалась в других регионах (из-за пока еще низкого количества инфицированных).

[wrest]

EUgeneUS в сообщении #1465014 писал(а):

3. Расхождение кривых с 11.05, видимо, связано с формированием в Москве иммунной прослойки, которая еще не сформировалась в других регионах (из-за пока еще низкого количества инфицированных).

Вряд ли. Скорее с более жетским карантином в Москве (электронные пропуска, приложение "социальный мониторинг", патрули и вот это вот всё), более полным выявлением инфицированных и их изоляцией за счет более массового тестирования.
Опять же сравнивая с Нью-Йорком -- там примерно та же история, в Нью-Йорке сейчас $R_0$ (они называют его $R_t$) заметно меньше чем по стране, и есть штаты, где продолжается рост новых выявлений. Но падение новых выявлений там медленное, в Москве пока вроде быстрее идёт. В Нью-Йорке ещё сообщили (уже пару недель тому) о создании "армии трейсеров", количеством 30 тыс.человек, которые будут опрашивать инфицированных, звонить контактам инфицированных и контактам контактов (не знаю на какую глубину) и говорить им что надо потестироваться. Всё жду когда об этом в Москве объявят. Или втихую как-то будут делать. А делать это все равно надо, в перспективе нескольких месяцев, когда "все откроется", но инфицирования будут продолжаться, до полной победы (вакцинации).

[Mihaylo]

EUgeneUS в сообщении #1465014 писал(а):

1. Количество заболевших сильно зависит от количество "первоначально больных", то есть от количества случаев, завезенных извне в начале эпидемии.

Это рассуждение верно только для настоящего состояния эпидемии в России. В конечном же итоге 2/3 населения должны переболеть ВЕЗДЕ, это общеизвестный факт. Просто где-то раньше, где-то через год. Если, конечно, вакцину не изобретут. Если взять какой-нибудь захолустный район, в него рано или поздно завезут столько же, сколько в свое время завезли в Москву из-за границы, только в захолустье это будет медленнее, вплоть до 10 лет. Предохраняющийся район не имеет иммунитета - впитывает заразу как губку.

[realeugene]

Mihaylo в сообщении #1465035 писал(а):

это общеизвестный факт

Нет.

[Mihaylo]

По всем утюгам говорят, что переболеют 2/3 или 60% населения мира. Распространение инфекции в замкнутый район не останавливается только на этой цифре 2/3 (60%), если время не ограничивать. Это установившееся значение. Неумолимое.

[realeugene]

Mihaylo в сообщении #1465039 писал(а):

По всем утюгам говорят

А ещё на каждом утюге напечатан астрологический прогноз.

[EUgeneUS]

realeugene
Эпидемии останавливаются только одним способом - снижением $R_0$ ниже единицы.
А вот это может происходить двумя способами (или их комбинацией)
а) появлением достаточной иммунной прослойки
б) введением карантинных мер.

Оценки величины иммунной прослойки, достаточной для прекращения эпидемии в 60% и даже 90% действительно озвучивались.

Карантинные меры, принимаемые во всех странах кроме Китая, Северной Кореи, Вьетнама, может быть - Южной Кореи, явно недостаточны для прекращения циркуляции вируса.
Карантинные меры, конечно, снижают, так скажем - требования к величине иммунной прослойки, которая будет достаточна для прекращения эпидемии, но они не могут длиться вечно.
Поэтому для прекращения эпидемии должно иметь иммунитет действительно от 60% или более процентов населения.
Вся надежда на разработку вакцин.

-- 25.05.2020, 21:17 --

Кстати, оценка в (примерно) 60% инфицированного населения получается очень просто, так как имеется оценка $R_0 = 2 ... 3$ для неиммунной популяции (и, насколько понимаю, при отсутствии ограничительных мер).