В какой кодировке нужно писать над_ и под_индексы, чтобы они не распознавались?
Это не ошибка распознавания. Это "шрифты слетели". Автор реферата использовал, помимо широко употребительного шрифта для текста, какой-то не самый распространённый шрифт, желая выделить обозначения в формулах (поскольку реферат по экономике - там любят переменные обозначать "русскими буквами", из соображений "понятности широкой публике" или мнемонических). Нераспространённость его была такова, что кириллизовали его не сразу, и на машине, где барышня распечатывала, был некириллизованный вариант этого шрифта. Соответственно, вместо кириллицы подставился "западноевропейский", и кодам кириллических букв сопоставились коды расширенной латиницы (с умляютами и т.п. обозначениями дополнительных букв(.