У человека 46 хромосом у шимпанзе - 48. По-видимому, когда-то в нашем далёком предке две хромосомы склеились в одну. И этот предок потерял способность скрещиваться с ближайшими родственниками по миру приматов.
Вообще говоря, нет: репродуктивная изоляция устроена иначе, и в том числе, разное число хромосом скрещиванию не помеха. Существует много
видов, в которых число хромосом не постоянное, и внутривидовому скрещиванию это не мешает. С другой стороны, существуют механизмы репродуктивной изоляции, не связанные с такими перестройками кариотипа - и они преобладают.
См.
Марков, Наймарк. Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий.
Там целая глава посвящена репродуктивной изоляции.