С диагоналями: нахождение искомых точек на них сводится к нахождению рациональных точек на эллиптической кривой

,
где

.
(Построение этой кривой само по себе не является тривиальной задачей. Здесь использована была т.н. параметризация Шуберта).
Далее, на диагонали всегда есть три точки - центр прямоугольника и две вершины, которые есть искомые точки.
Можно доказать, что на кривой

всегда существует 16 рациональных точек конечного порядка. И каждая либо соответствует одной из указанных 3 точек, либо не соответствуют никаким конечным точкам на диагонали. Стало быть, наличие хотя бы одной дополнительной искомой точки на

гарантирует ее бесконечный порядок и наличие бесконечного количества искомых точек на диагонали.
Доказывается, что такая дополнительная рациональная точка на

существует, например, если

, где

рационально.
Это

Таких

существует бесконечно много - вытекает из того, что ранг кривой

равен

.
(Правая часть

есть дискриминант квадратного уравнения

относительно

).
Остается воспользоваться теоремой Пуанкаре-Гурвица о плотности рациональных точек на связной компоненте эллиптичесой кривой при наличии хотя бы одной рациональной точки бесконечного порядка на этой компоненте. Таким образом, выбирается из рациональных решений

, сколь угодно
близкое к нулю, при этом

сколь угодно близко к

, а

сколь угодно близко к

. При этом одна сторона прямоугольника равна

, а вторая сколь угодно мало отличается от

. Так получаемые прямоугольники сколь угодно мало отличаются от единичного квадрата и на их диагоналях бесконечно много точек, все расстояния от которых до вершин рациональны.
Теперь остается научиться находить искомые точки не лежащие на сторонах, средних линиях и диагоналях прямоугольников со сторонами

и

, приближающих единичный квадрат.