У самого возникла такая же проблема с MathType (word 2007)
В моем случае решилось все так:
1) Жмем так называемую Кнопку "Office", (в левом верхнем углу, круглая с эмблемой майкрософт офиса), выскакивает меню: Создать, Открыть, Сохранить, ... в самом низу есть кнопка "Параметры Word", жмем ее.
2) В открывшемся окне ставим галочку напротив "Показывать вкладку "Разработчик" на ленте" и жмем кнопку Ок.
3) В основном меню ворда, наряду с Главная, Вставка, Разметка страницы, ... появится вкладка Разработчик. Жмем на нее.
4) Затем жмем кнопку "Пакеты расширения", выскакивает окно "Шаблоны и надстройки".
5) Выбираем вкладку "Шаблоны". Ставим галочку напротив "MathType Commands 6 For Word.dotm" и жмем кнопку Ок.
После этого действия у меня появилась вкладка MathType в основном меню и функционал восстановился: нумерация формул, горячие клавиши. Хотя при этом выскочило сообщение, что мол какие-то проблемы с MathType, пришлось с этим смириться.