Транскрипция ДНК-РНК - как выбирается нить?

[Theoristos]

Народ, просветите.
Молекула ДНК - две нити, направленные в разные направления, на одной нити один набор нуклеотидов, на другой некий комплиментарный. Как именно фермент выбирает с какой нити снимать копию РНК? И для всех ли частей ДНК копия снимается с одной нити, или там вперемешку?

[venco]

Theoristos в сообщении #731792 писал(а):

на одной нити один набор нуклеотидов, на другой некий комплиментарный

Вот по последовательности нуклеотидов они и отличаются. С одной стороны есть маркер начала, а с другой - нет.

[Neloth]

venco в сообщении #731843 писал(а):

С одной стороны есть маркер начала, а с другой - нет.

Может ли тогда один и тот же участок быть по-разному прочитан с разных сторон?

[Theoristos]

Neloth в сообщении #731846 писал(а):

Может ли тогда один и тот же участок быть по-разному прочитан с разных сторон?

Вот это мне тоже любопытно :)
Известны "перекрывающиеся" гены, со сдвигом на нуклеотид, а как насчёт "разнонаправленных"?
И маркер начала - это какая-то большая последовательность или нет? Не может ли она появится случайно?
И опять, в реальном геноме читабельные гены встречаются то тут то там на обоих нитях, или строго на одной?

[venco]

Neloth в сообщении #731846 писал(а):

venco в сообщении #731843 писал(а):

С одной стороны есть маркер начала, а с другой - нет.

Может ли тогда один и тот же участок быть по-разному прочитан с разных сторон?

Гены перекрываться могут, и, похоже, довольно часто. Я наобум открыл первую хромосому человека и сразу нашёл два таких гена: SAMD11 и NOC2L. Но! Общая часть обоих генов вырезается про сплайсинге и в белках не присутствует. И вообще, перекрывающихся участков, кодирующих белок пока не нашёл.
Скорее всего, сложность эволюции таких перкрывающихся участков делает их невыгодными, стимулирует дупликацию и независимую эволюцию отдельно друг от друга.
Кстати, белков с одной стороны, но со сдвигом, я также не нашёл. Перекрывающиеся гены есть, но не по экзонам,

[Neloth]

Theoristos в сообщении #732148 писал(а):

И маркер начала - это какая-то большая последовательность или нет?

Начало и концы трансляции — обычные последовательности, в некоторых случаях могут даже просто кодировать аминокислоту.
А вот с транскрипцией какая-то не очень ясная история. По всей видимости да, это большие несимметричные последовательности.

Theoristos в сообщении #732148 писал(а):

И опять, в реальном геноме читабельные гены встречаются то тут то там на обоих нитях, или строго на одной?

Да, это интересно. В каком плече хромосомы находится ген выяснить легко, а вот вопроса о том, в какой цепи какой ген расположен, по-видимому, касаются гораздо реже.

[venco]

Согласно GenBank на первой хромосоме человека 1831 ген на условно положительной нити, и 1739 на условно отрицательной.

-- Пн июн 03, 2013 14:18:36 --

Вот таблица кодонов:
http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_co ... odon_table

[Neloth]

venco в сообщении #732181 писал(а):

Скорее всего, сложность эволюции таких перкрывающихся участков делает их невыгодными, стимулирует дупликацию и независимую эволюцию отдельно друг от друга.

Или, насколько я понял, промотор сам по себе огромен, и комплиментарная ему последовательность просто так внутри гена возникает нечасто.

[venco]

Neloth в сообщении #732209 писал(а):

venco в сообщении #732181 писал(а):

Скорее всего, сложность эволюции таких перкрывающихся участков делает их невыгодными, стимулирует дупликацию и независимую эволюцию отдельно друг от друга.

Или, насколько я понял, промотор сам по себе огромен, и комплиментарная ему последовательность просто так внутри гена возникает нечасто.

Интроны довольно легко меняются, так что нет проблем там появиться промотеру - он ведь в самом белке не присутствует. Недалеко от уже приведённых генов есть ген LOC100506504 целиком внутри противоположного PRKCZ, и опять же кодирующие белок участки не пересекаются.

[Theoristos]

venco в сообщении #732181 писал(а):

Гены перекрываться могут, и, похоже, довольно часто. Я наобум открыл первую хромосому человека и сразу нашёл два таких гена: SAMD11 и NOC2L.

Но это по одной ветке? Я спрашивал иную экзотику - два белка на двух разных ветвях комплиментарной ДНК. Мне кажется это отдельный интересный случай.

Цитата:

И вообще, перекрывающихся участков, кодирующих белок пока не нашёл.
Скорее всего, сложность эволюции таких перкрывающихся участков делает их невыгодными, стимулирует дупликацию и независимую эволюцию отдельно друг от друга.
Кстати, белков с одной стороны, но со сдвигом, я также не нашёл. Перекрывающиеся гены есть, но не по экзонам

Читал когда-то, что в неком вирусе на ограниченном участке нашли даже максимально возможное тройное перекрытие. Не знаю насколько верна и четка эта информация, возможно там было что-то сильно популяризовано.
Меня этот факт тоже сильно удивил.

-- Пн июн 03, 2013 20:51:25 --

venco в сообщении #732203 писал(а):

Согласно GenBank на первой хромосоме человека 1831 ген на условно положительной нити, и 1739 на условно отрицательной

Спасибо.

ps: и ещё дилетантский вопрос. Слышал, что есть механизм "перемешивания" генов в хромосомах (возможно только в половых клетках?), а могут ли они "перепрыгивать" с полож на отр. ветвь? Возможно разных хромосом.

И как различают какая из ветвей принята положительной?

[venco]

Theoristos в сообщении #732230 писал(а):

venco в сообщении #732181 писал(а):

Гены перекрываться могут, и, похоже, довольно часто. Я наобум открыл первую хромосому человека и сразу нашёл два таких гена: SAMD11 и NOC2L.

Но это по одной ветке?

На разных.

Theoristos в сообщении #732230 писал(а):

могут ли они "перепрыгивать" с полож на отр. ветвь? Возможно разных хромосом.

Да и да.
Почитайте ещё:
http://en.wikipedia.org/wiki/Mutation#C ... tion_types

Theoristos в сообщении #732230 писал(а):

И как различают какая из ветвей принята положительной?

Не понял вопроса. Выбрали одно направление и назвали его "положительным".

[Neloth]

venco в сообщении #732248 писал(а):

Не понял вопроса. Выбрали одно направление и назвали его "положительным".

Кстати о направлениях. Направление, в котором происходит транскрипция, сохраняется в пределах нити, или задается промотором для каждого гена отдельно?

[venco]

Направление на каждой нити своё - одна нить не симметрична и транскрипция работает только в одну сторону.
Эта несимметричность хорошо заметна в процессе ДНК репликации:
http://www.youtube.com/watch?v=OnuspQG0Jd0

[Theoristos]

venco в сообщении #732248 писал(а):

Не понял вопроса. Выбрали одно направление и назвали его "положительным".

В смысле выбрали, так как определенное направление можно объективно выделить, или просто постановили, например, что нить с геном X - та самая. И если найдут какого-то черубрашку с аналогичным геном в непонятном месте - знак нити будет + по определению.

[venco]

Theoristos в сообщении #732560 писал(а):

В смысле выбрали, так как определенное направление можно объективно выделить, или просто постановили, например, что нить с геном X - та самая. И если найдут какого-то черубрашку с аналогичным геном в непонятном месте - знак нити будет + по определению.

Если чебурашка другого вида, то его хромосомы не сравнимы с человеческими. Гены общие и аналогичные есть, но в других местах.
А в пределах одного вида направление хромосом выбрали достаточно произвольно. У человека, правда, направление выбрали так, чтобы центромеры были ближе к началу, но это не строгое правило.