числа и темнота

[Sonic86]

ИгорЪ в сообщении #630363 писал(а):

почему?

Вообще в начале исследования объектов А и В по умолчанию всегда предполагается отсутствие какой-либо связи между ними. А существование связи как раз следует доказывать. Хотя бы гипотетически попробуйте привести мало-мальски возможный физический механизм влияния А на В.

ИгорЪ в сообщении #630363 писал(а):

Увы нет. Это был просто п...ц.

Не ругайтесь, пожалуйста, а то модератору пожалуюсь.

[arseniiv]

ИгорЪ в сообщении #630144 писал(а):

В нашем языке нет слов и понятий подходящих к темной материи. Как в бушменском языке нет слова и понятия "виновность".

Даже если в последнем это действительно так, это понятие его носители могут понять. Хотя бы потому, что они люди, а первоначально у людей языка с большой кучей понятий не было. То же применимо и к первому — если оно тоже вообще имеет место.

В общем, попробуйте другой путь влияния или другое описание, не такое неоднозначное.

[Munin]

ИгорЪ в сообщении #630144 писал(а):

Я вас умоляю, графен - фундаментальная наука -ха, что из-за нобеля что-ли?

Нет, из-за его стабильности. Как напоминает Гейм, её никто не ожидал. Вы считаете, что стабильность двумерных кристаллов, которая была точно посчитана, это не фундаментальная наука?

ИгорЪ в сообщении #630144 писал(а):

Пентакварк? Масса нейтрино? Частные вещи в устоявшихся теориях.

Да вы что? По-вашему, КТП с сильной связью - устоявшаяся теория? Или вопрос о майорановости нейтрино, до сих пор не решённый - устоявшаяся теория?

ИгорЪ в сообщении #630144 писал(а):

Темная материя - да, но она не открыта!

Я не писал "тёмная материя", это вы писали. А я писал "тёмная энергия". Это вещь пофундаментальней.

ИгорЪ в сообщении #630144 писал(а):

Гипотеза этой ветки в грубой форме в том, что мы не способны открыть эту материю по причине джанка- неактивности 98% генома. В нашем языке нет слов и понятий подходящих к темной материи. Как в бушменском языке нет слова и понятия "виновность". Всё. Дошли до точки.

Ну, такие наивные вещи обсуждать неинтересно.

ИгорЪ в сообщении #630363 писал(а):

Увы нет. Это был просто п...ц.

О нём отзывались ровно в том же духе, как вы о пентакварках.

[banet]

olenellus в сообщении #630324 писал(а):

Но, конечно, Светлана Боринская жжёт напалмом:

Светлана Боринская, к.б.н., ИОГен РАН писал(а):

Вся ДНК так или иначе работает, и мое личное убеждение: если бы там было что-то ненужное, оно бы давно исчезло в ходе эволюции. Этот довод приводили и раньше, но теперь он получил экспериментальное подтверждение.

Не знаю как понимать Ваше: "...жжет напалмом", лично я, полагаю правильней понимать не "исчезает в ходе эволюции", а как раз неизбежно эволюционирует в соотношении свойств, естественно полностью обусловленные развитием предшествующих признаков, если только сам носитель ДНК как вид не исчез!
________________
Люблю придраться, "щет"!

[ИгорЪ]

Sonic86 в сообщении #630322 писал(а):

Ща давайте включим механизмы отращивания волос на теле, синтеза витамина С, агрессивности, массивной челюсти, хвостик отрастим и чего там еще..., а и сделаем РНК которая будет с тандемов белки строить и наука у нас как попрёт!!!

Вы думаете это всё в джанке? Очень сомневаюсь.

-- Сб окт 13, 2012 20:13:16 --

Sonic86 в сообщении #630374 писал(а):

Вообще в начале исследования объектов А и В по умолчанию всегда предполагается отсутствие какой-либо связи между ними. А существование связи как раз следует доказывать. Хотя бы гипотетически попробуйте привести мало-мальски возможный физический механизм влияния А на В.

я привел

-- Сб окт 13, 2012 20:16:41 --

Munin в сообщении #630402 писал(а):

Вы считаете, что стабильность двумерных кристаллов, которая была точно посчитана, это не фундаментальная наука?

Нет это частный эффект. УФ катастрофа была аналогична темной материи(ТМ) и привела к революции. У нас ТМ не приведёт к революции.

[Munin]

ИгорЪ в сообщении #630468 писал(а):

У нас ТМ не приведёт к революции.

Почём вы знаете? За сколько лет до статистики Бозе-Эйнштейна была открыта УФ катастрофа, а?

Как-то всем кликушам очень хочется предсказать будущее...

[ИгорЪ]

Я тут погуглил: формула Рэлея-Джинса, приводящая к УФ катастрофе и формула Планка, разрешившая её и открывшая дорогу квантовой физике, получены в 1900 году. А скрытую массу ещё в 1937 году открыли. До сих пор не знаем из чего она ... Космологический член (возможная темная энергия) введен Эйнштейном в 1915 году, смысл его мы до сих пор прячем за "свойствами вакуума". Так что революции уж точно не случилось.

[Munin]

ИгорЪ в сообщении #630630 писал(а):

Я тут погуглил

Достойно сожаления, насколько неудачно...

[olenellus]

Так как модераторы не хотят переносить сообщения из аналогичной закрытой темы сюда, то отвечу на заданный мне там вопрос здесь и сейчас.

Munin в сообщении #629185 писал(а):

olenellus в сообщении #629181 писал(а):

В статье указана доля ДНК, не относящейся к генам, для E. coli K12, которая равна 0,12. То есть, у кишечной палочки соотношение светлой части генома к тёмной есть 88% к 12%.

А почему так, неизвестно? Является ли это исключительным случаем среди одноклеточных, или наоборот, это мы, многоклеточные, исключительный случай?

Есть любопытная гипотеза, не привлекающая никаких лишних сущностей (таких как волшебные гигантские панели управления с миллионами переключателей из мусора, прокладки для почему-то необходимого у сложных организмов удержная генов на определённом расстоянии друг от друга, сложные сети взаимодействующего хроматина, почему-то неподвергающиеся отбору необходимые для функционирования организма генетические элементы). Правда, исходит она из лагеря нейтралистов (коим я симпатизирую за их строгий подход и высокую математизированность). Геномы разбухают обычно из-за неконтролируемого размножения геномных паразитов (мобильные элементы, такие как транспозоны, ретротранспозоны, ендогенные ретровирусы и т. п.), дупликации геномных участоков (из-за неравного корссинговера, например, по этим самым повторяющимся элементам, оставленным упомянутыми выше мобильными элементами), или из-за полногеномных дупликаций. Такие модификации (за исключением, возможно, полногеномных дупликаций), обычно попадают под слабый (почти нейтральный) отрицательный отбор. Из теории эволюции известно, что размер популяции является важным фактором эффективности отбраковывания таких мутаций. Чем меньше размер популяции, тем больше слабо отрицательных мутаций будет в геноме в равновесном случае (т. е. когда скорости их возникновения и удаления равны). Вернее, напрямую это зависит от так называемого эффективного размера популяции (впрочем, он обычно если и меньше реального размера, то лишь на порядок). Ключевым моментом является то, что при переходе от одноклеточности к многоклеточности резко падает эффективный размер популяции (фактически, клеток столько же, так как это зависит от ресурсов, а организмов в миллионы, а то и в триллионы раз меньше). Как результат, у многоклеточных разбухает геном, гены заполняются интронами, повышается сложность генной регуляции, структуры промоторов, растёт количество генов.

Подробнее с этой точкой зрения можно познакомиться в этой статье:
The Origins of Genome Complexity
Michael Lynch and John S. Conery
Science 21 November 2003: 302 (5649), 1401-1404. [DOI:10.1126/science.1089370]

Там есть любопытные графики зависимости размера генома от эффективного размера популяции (который не измеряется напрямую, а оценивается по степени гетерозиготности по нейтральным сайтам). Любопытен он тем, что на нём не наблюдается резкой границей между прокариотами и эукариотами.

Вот ещё пара статей от Линча, где он продолжает линчевать ультрадарвинистов:
The Origins of Eukaryotic Gene Structure
Michael Lynch
Mol Biol Evol (February 2006) 23 (2): 450-468.
doi: 10.1093/molbev/msj050

The frailty of adaptive hypotheses for the origins of organismal complexity
Michael Lynch
PNAS May 15, 2007 vol. 104 no. Suppl 1 8597-8604

За выводом формул можно обратиться к книге:
Кимура М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности. — М., «Мир», 1985

[Munin]

Спасибо, очень занятно! Кстати, а может быть, причинно-следственная связь была в другую сторону: какие-то геномные паразиты захотели хорошей жизни, и устроили многоклеточность? (В духе "эгоистичного гена"...)

[olenellus]

Munin в сообщении #632750 писал(а):

Кстати, а может быть, причинно-следственная связь была в другую сторону: какие-то геномные паразиты захотели хорошей жизни, и устроили многоклеточность?

Эту реплику из зала мы, товарищи, сейчас отметём с негодованием. Как идеализм. On dit que olenellus, мол, против духовного мира. Это, товарищи, ярлык. Нам, товарищи, давно пора забыть такие манеры в научной дискуссии. Все мы знаем, что материальное идет впереди, а духовное идет позади.

[Munin]

(Оффтоп)

Это чо, это вы Докинза не признаёте?

(Оффтоп)

А мне идея понравилась: многоклеточность не как прогрессивное эволюционное приобретение, а как уродство, симптом заболевания - которое впоследствии от нечего делать стали использовать, пытаться выжать из него что-нибудь хорошее. Надо посмотреть, объясняет ли эта идея что-нибудь... По крайней мере, с многократным возникновением многоклеточности замечательно согласуется. И логично, что многоклеточные организмы уязвимы перед различными расстройствами механизмов многоклеточности...

[olenellus]

(Оффтоп)

Munin в сообщении #632814 писал(а):

Это чо, это вы Докинза не признаёте?

Я не признаю подход к предмету в духе "геномные паразиты захотели и устроили".

А к статьям надо относиться вдумчиво критически. Товарищ Линч, например, в последней статье (в PNAS) тенденциозно заявляет, что "... ignoring the fact that most species are unicellular..."
А ведь это неверное утверждение (куда смотрели рецензенты и редактор?). Даже если учесть некультивируемые виды бактерий (соотношению количества которых к культивируемым должен порадоваться ИгорЪ), одноклеточне по количеству видов уступают насекомым. Конечно, тут мы натыкаемся на старый спор о том, что такое вид. Но тем не менее, в такой форме, в какой оно было написано, это заявление неверно.

[Munin]

(Оффтоп)

olenellus в сообщении #632824 писал(а):

Я не признаю подход к предмету в духе "геномные паразиты захотели и устроили".

Нет, конечно, это переупрощение донельзя, но что-то типа "эволюционное приобретение, идущее изначально на пользу одним геномным паразитам, и поддержанное отбором именно за счёт выгоды для них" тут может быть...

olenellus в сообщении #632824 писал(а):

А ведь это неверное утверждение (куда смотрели рецензенты и редактор?). Даже если учесть некультивируемые виды бактерий (соотношению количества которых к культивируемым должен порадоваться ИгорЪ), одноклеточне по количеству видов уступают насекомым. Конечно, тут мы натыкаемся на старый спор о том, что такое вид. Но тем не менее, в такой форме, в какой оно было написано, это заявление неверно.

Однако, при некоторых пониманиях, что такое вид, оно становится верным, причём прежде всего при таких, которые пытаются найти единую почву для определения этого термина для всего (надцарства?) клеточной жизни: и многоклеточных, и половых одноклеточных, и бесполых одноклеточных. Например, подразумевающих некоторую оценку степени генетического разнообразия в не относительных единицах. Возможно, в статье генетиков такая фраза звучит в своём контексте, и достаточно корректна.

Насчёт насекомых: если для каждого вида насекомых предполагать несколько отдельных видов одноклеточных симбионтов, не совпадающих с таковыми для других насекомых, то одноклеточные симбионтов бьют. Не всё же на образец почвы только глядеть...