А почему не для всякого?
Я думаю, что это, например, потому, что Лагранжиан всегда задан на касательном расслоении какого-то многообразия

и соответствующий ему Гамильтониан будет определен на кокасательном расслоении

. Гамильтонову систему же можно определить на более общем- симплектическом многообразии

, которое, в частности, даже может быть компактным(в отличие от кокасательного расслоения, которое всегда некомпактно).
Я знаю одну такую систему, с применением в высокой науке. Берем

с Римановыми координатами

(

)и определяем скобку Пуассона(обратную симплектическую 2-форму)

.
Можно записать Гамильтониан

и скобки Пуассона

.
Тут
тензор ЭМ поля монополя Янга, вектор-потенциал которого имеет вид

(

-символ т'Хофта, а

)

(с точностью до каких-то коэффициентов.)
Можно посчитать, что

Над этой системой как-то колдуют(компактифицируют и еще чегой-то, потом квантуют и получают изоспин).
Так вот, хоть и локально, вы всегда можете нарисовать Лагранжиан для такой системы, глобально у Вас ничего не получится по уазанной выше причине(компактность- некомпактность).