Я думаю, что после прохождения пластинок их частоты будут разными
Судя по всему вы плохо себе представляете, что такое цветное стекло, т.е. почему оно цветное. Цветное стекло -- это стекло с окном прозрачности в соответствующем участке спектра (для синего - в синем и т.д.). Если пропускать через такое стекло белый свет, то длины волн вне окна прозрачности сильно поглощаются и на выходе мы будем иметь пеимущественно монохроматический свет. Если пропускать через цветное стекло (скажем, синее) монохроматический свет (пусть красный), то на выходе мы получим тоже красный луч, только ослабленный. Красный лучик не окрасится в синий цвет!
будет ли интерференция, если на пути одного из двух когерентных лучей поставить синюю тонкую пластинку, а на пути второго – красную?
В обоих случаях частота прошедшего света не изменится, изменится лишь интенсивность. Соответственно не нарушится и когерентность. Но если один из лучей ослабится заметно сильнее другого, то видимость интерференционной картинки сильно уменьшится (на ярком фоне тусклые полосы).