Это граничные условия 2-го рода (Неймана)?
1 рода (Дирихле) - изменяем матрицу жесткости и правых частей, их учет может быть выполнен на этапе составления матриц или после.
2 и 3 рода - для их учета к функционалу делается соответствующая добавка, содержащая интеграл по поверхностям границ с заданными граничными условиями 2 и 3 рода.
Для граничного условия 3 рода
функционал примет вид

, где

- исходный функционал без применения граничных условий 2 и 3 рода, а интегрирование производится по границам, для которых заданы ГУ 2 и 3 рода.
Интегрирование по всем границам сводится к интегрированию по границам конечных элементов. В итоге, при составлении матриц, если грань некоторого конечного элемента принадлежит границе с ГУ 2-3 рода, то в матрицы левых и правых частей добавляем соответствующие добавки.
Таким образом, для учета ГУ 2 рода необходимо сделать добавку только к правым частям, для ГУ 3 рода - в матрицу жесткости и правых частей.