Как работают транспортные-РНК?

[Борис Лейкин]

Я бы, наверное, мог где-нибудь прочитать, но решил спросить.
А каким образом тРНК находят в клетке рибосомы, и как они вообще
передвигаются внутри цитоплазмы к нужному месту?
При помощи энзимов, что ли, там существует какой-то сложный механизм?

[Dan B-Yallay]

И меня этот вопрос очень интересует. Ж8)

Откуда тРНК знает куда ей плыть? Там же такой нехилый "бульон" варится.

[Max Godsie]

Вроде хемотаксис никто не отменял. =)
Потом существует хитрый цитоскелет клетки, который представлет из себя не только статический каркас, но и набор ферментов, которые выполняют роль "извозчиков". В конечном счёте всё сводится к формированию с затрой энергии нужного градиента концентрации какого-либо вещества или просто заряда в каждой точке внутри клетки, а далее если он правильно сформирован - всё само скатывается с горки вниз - потенциальную яму. Причём если выполняется, что горка - это начальное положение тРНК, а яма - когда тРНК попадёт в рибосому, то будьте уверены - тРНК найдёт сладкий путь к дому.
Имея в достатке АТФ формировать нужные градиенты очень реально - рассмотрите подробно, как функционируют калий-натриевая-АТФаза, которая качает K и Na по градиенту (кстати обратите внимание в большинстве учебников - от школьных по биологии до вузовских по цитологии появляется математическая ошибка - они пишут, то качает этот насос против градиента концентрации [они никто не знают, что есть градиент, а другие умные слова перекатывают друг у друга и ошибки копируют, так как первый ошибся] Градиент то направлен в сторону увеличения концентрации - именно туда перемещать вещество невыгодно, отсюда и затраты энергии) концентрации с затратой энергии АТФ (АТФ -> АДФ) и всё встанет на свои места. Пока работает закон сохранения энергии - все довольны. Лишь строй горки, а кататься всё само будет.

[Dan B-Yallay]

Нда
Не помню, чтобы на МехМате нас этому учили =^)

А у биологов спрашивал - никто вот так же доходчиво объяснить не хотел. Или не мог.

[Dims]

Max Godsie писал(а):

Градиент то направлен в сторону увеличения концентрации

Градиент по-английски просто "наклон, склон или уклон". Американские математики придумали понятие "наклон функции" и придумали, куда он направлен, а наши просто бездумно заимствовали слово. Американские биологи просто говорят, что насос работает против наклона, а наши думают, что это тот самый градиент, который они раньше спёрли у математиков.

Чтобы не было проблем, не надо говорить "градиент", "ротор", "дивергенция", а надо говорить по-русски "наклон", "вихрь" и "расходимость".

[Борис Лейкин]

Max Godsie писал(а):

Вроде хемотаксис никто не отменял. =)

Дошло.
Не тРНК находят рибосомы, а рибосомы тРНК при помощи хемотаксиса.
У тРНК же нет никаких таксисов?!

Не подскажите заодно, где написано про эти самые таксисы:
как всякие там рецепторы работают на молекулярном уровне.
Это мне вдруг стало интересно в связи с питанием простейших:
как они еду то находят, у них же нет мозгов ,
или жрут всё, что попадётся.

[ИСН]

Борис Лейкин, Ваш вопрос о питании простейших навёл меня на две мысли (первая - юмористическая, вторая - серьёзная):
"как кошка ухитряется выжить в городе, она же не умеет читать?"
и
"как огонь отличает, что горит, а что нет - у него же совсем нет мозгов?"

[Борис Лейкин]

ИСН писал(а):

"как огонь отличает, что горит, а что нет - у него же совсем нет мозгов?"

Чё, у огня тоже что ли рецепторы?

[Max Godsie]

Борис Лейкин писал(а):

Это мне вдруг стало интересно в связи с питанием простейших:
как они еду то находят, у них же нет мозгов ,
или жрут всё, что попадётся.

По-моему совсем неочевидно, что у простейших "нет мозгов". Вообще что такое мозг?
"Мозг = центральный отдел нервной системы у животных и человека, обеспечивающий наиболее совершенные формы регуляции всех жизненных функций организма и его уравновешивания со средой..."
Так ли мозг необходим, чтобы находить еду? Даже не берем простейших - возьмём царство растений. У них нет мозга, однако формы регуляции всех жизненных функций исправно работают. Эти формы мы не считаем совершенными, но они всё равно позволяют и находить пищу и вообще поддерживать гомеостаз такой, что они находяться в неравновесном состоянии с окружающей средой, но с почти постоянными параметрами процессов жизнедеятельности.
Если рассмотрим человека - у него системы, позволяющие находить пищу реализованы в макромасштабах: пучки нейронов с аксонами поразительной длины, соединения нейронов и т.д. Включите туда же и систему питания нервной системы и вы получите, что весь организм (для любой клетки верно, что) работает для того, чтобы находить пищу.
Если рассмотрим одноклеточных простейших - у них системы, позволяющие находить пищу реализованы в наномасштабах: белки-рецепторы на мембране, углеводные цепи торчащие из неё - всё работает на обнаружение окружающих объетов с конечной целью поддержания гомеостаза и безопасности. Амёбы реагируют на свет, состав среды, колебания в среде и ещё много цего. Определяют градиенты концентраций тех веществ в окружающей среде, которые используются в самой клетке. И т.д. и т.п. Если посмотреть список элементарных переменных среды, которые получает амёба и сравнить его с тем что получает ОСОЗНАННО человек - отличие будет не столь значительно.

Так что мозг не необходим для нахождения еды. Попробуйте! Возможно за ноу-хау в операции по ампутации собственного мозга удостоитесь какой-нибудь престижной премии.

[Борис Лейкин]

Max Godsie писал(а):

Так что мозг не необходим для нахождения еды. Попробуйте! Возможно за ноу-хау в операции по ампутации собственного мозга удостоитесь какой-нибудь престижной премии.

Mesozoa - примитивные многоклеточные
Клетки на нижней стороне Трихоплакса поглащают еду при помощи фагоцитоза.
Действительно мозг не нужен, даже пищеварительная система некоторым не нужна, чтобы есть
Мне не нужно ампутировать мозг, он у меня и так почти не работает.

[Cerebrum monocell]

Если ампутировать мозг всем, кто им не пользуется, то население земли очень значительно сократиться

Запоздало я правда, но вообще ещё кое что-забыли... после того как тРНК "скатывается по горке" в дело врубаются антикодоны АУГ - точка инициации (у тРНК они противоположны УАЦ, поэтому притягиваются), а в том месте, где аминокислоты ненужны кодон другой (УАА, УАГ, УГА - точка терминации), поэтому даже если тРНК "закатиться" туда, то притянется к другому антикодону. А понятия "таксис" на уровне макромолекул и рибосом как-то не обнаружено!
-------------------------------------------------------------------------------------
Это слова представителя…
Cerebrum monocell
(Тип Protozoo, подтип, класс, отряд, род пока не определены)

Основные признаки вида:
1 – Цитостом, порошица, аппарат гольджи, лизосомы и частично ЭПР образуют систему гомологичную желудочно-кишечному тракту многоклеточных организмов.
2 – Ядро преобразовано в сложную полифункциональную лучевую структуру.
3 – Имеются протофаланги – филогенетические производные мембран, образованных ресничками, покрывающими всё тело.
4 – Многослойный покров клетки, схожий с пелликулой эвгленид, но гораздо более сложный.
5 – И самое главное, третий тип двумембранных органелл (нейрондрии) образующих некое подобие нервной системы.
(!) – Данный вид считается способным к мнемотическим процессам, сходным с человеческими…

[Chromocenter]

Тут дело просто в химическом сродстве - нужного кодона к нужной транспортной РНК. А целенаправленного механизма тут, насколько я понимаю нет - просто плавают эти РНК в цитоплазме. А мозг конечно не нужен - рецепторов и путей передачи сигнала достаточно...

[Тать]

Вот человек пишет об этом интересно, хоть и несколько зло.
http://andnikol.h10.ru/strasti.htm
Но читать биологов без эмоций трудно: думающие, имеющие цель, делающие выбор молекулы вызывают недоумение. С другой стороны может это одного поля ягода с терминологией физиков: цвет, аромат, странность, очарование. Недостаток фантазии в изобретений названий. А может и времени, поскольку число новых частиц и их свойств растет. В биологиии ДНК, РНК похоже дело еще хуже.
Вот еще о работе тРНК
http://elementy.ru/news/164917 на мой взгляд это те же сказки про думающую химию. Хотя есть ссылка на авторов работы, можно прямо у них спросить что к чему.
Компьютерная модель: "В течение 260 дней американским исследователям удалось «снять» 20 миллионов кадров, отражающих лишь 2 наносекунды из жизни рибосомы"
Однако!

[Capella]

ИСН писал(а):

"как кошка ухитряется выжить в городе, она же не умеет читать?"

А вдруг умеет? У нас на сайте есть-же кот, который умеет читать и писать! И похоже уже не один

[Max Godsie]

Capella писал(а):

ИСН писал(а):

"как кошка ухитряется выжить в городе, она же не умеет читать?"

А вдруг умеет? У нас на сайте есть-же кот, который умеет читать и писать! И похоже уже не один

Вот давайте его(их?) и спросим, как его собратья, ещё не достигшие столь высоких успехов в этом вопросе, умудряются выживать в городе... Кстати заодно можно спросить и как он научился, ведь я встречал и отели для кошек, и салоны красоты, и даже роскошные рестораны, а вот кошачьих специализированных научных школ с человековедческим уклоном не встречал. Видно это гениальный самоучка.


А про тРНК и рибосомы спросим у первых или у вторых. Или у тех кто им путь подказывает. Выясниться небось, что они просто с GPS навигатором бегают или с компасом (в зависимости от версии клетки).